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Afribats: une plate-forme naturaliste internet sur les chauves-souris d’Afrique

lundi, décembre 9th, 2013

AfriBats est une plate-forme naturaliste collaborative qui a pour sujet les chauves-souris d’Afrique. C’est un réseau coordonné par Jakob Fahr et endorsé par l’UICN Bat Specialist Group et Bat Conservation International. Le but de ce projet est de mobiliser les connaissances des amateurs et professionnels pour mieux connaître et mieux protéger les Chiroptères Africains. Le continent Africain et les îles environnantes comptant presque de 300 espèces mais leur distribution géographique reste très peu connue. Plus d’un tiers des espèces sont menacées, avec la perte d’habitats, le dérangement et la destruction des gîtes, la chasse pour la viande de gibier, l’utilisation des terres et des pesticides. Les données collectées dans le cadre du projet sont des éléments précieux pour la conduite de projets scientifiques et d’actions de conservation.

De nombreuses fonctionnalités sont disponibles sur le réseau AfriBats, notamment des cartes de distribution de l’UICN et des fiches espèces. Une des particularités du projet est le fonctionnement en plate-forme collaborative. Vous pouvez mettre en ligne vos clichés et vos enregistrements acoustiques de chauves-souris, les géolocaliser à l’aide des coordonnées GPS ou sur une carte. De plus, vous pouvez ajouter de nombreuses informations parallèles sur les observations (habitat, décompte, sexe, âge, longueur d’avant-bras et masse corporelle). En cas de doute sur l’identification, un outil basé sur les cartes de répartition – l’Identotron – suggère des identifications potentielles. En parallèle, la communauté AfriBats peut être sollicitée pour affiner votre observation, par exemple d’identification au niveau du genre à une identification au niveau spécifique.

Pour rejoindre le réseau et partager vos données, vous pouvez créer un nouveau compte ou vous enregistrer avec votre compte Google, Facebook, Flickl, Yahoo ou Twitter. Vous pouvez alors ajouter vos clichés depuis le disque dur ou depuis vos comptes Facebook, Flick ou Yahoo. Des applications pour iPhone et Androïd sont également disponibles. Si vous l’autorisez, les clichés seront partagés sur l’Encyclopedia of Life (Eol) et les données partagés sur le Global Biodiversity Information Facility (GBIF). En résumé, cette plate-forme naturaliste constitue un outil unique pour favoriser la diffusion des données et des connaissances, dans l’intérêt du grand public et aussi de la recherche scientifique.

Pour plus d’informations, téléchargez le flyer ou rendez-vous sur le site internet d’Afribats.

Yann & Jakob pour le Chiroblog

Epomophorus gambianus (Burkina Faso) (c) Jakob Fahr

Myotis welwitschii (Guinée) (c) Piotr Naskrecki

Pipistrellus tenuipinnis (Côte d’Ivoire) (c) Jakob Fahr

Mops condylurus (Bénin) (c) Jakob Fahr

Un référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditerranéenne – zoom sur les travaux de diplôme d’EPHE d’Alexandre Haquart

lundi, novembre 25th, 2013

Ce travail a été mené dans le cadre d’un Diplôme à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Son but est de fournir des indices et des chiffres de référence pour les évaluations et les suivis environnementaux. Un protocole pour l’évaluation de l’activité acoustique des Chiroptères relevée au cours de nuits complètes d’enregistrement est proposé. Ce référentiel s’appuie sur une base de données de près d’un million de fichiers d’enregistrements qui ont été collectés entre 2007 et 2011 sur près de 2000 points en France par les experts du bureau d’étude Biotope au moyen d’enregistreurs automatiques d’ultrasons de type Anabat et SM2BAT.

La détectabilité acoustique des chauves-souris est variable en fonction de leurs fréquences d’émissions et des conditions météo (température, humidité) mais également en fonction de facteurs méthodologiques tels que la qualité du matériel et le gain. En parallèle, la fiabilité d’identification des séquences acoustiques au niveau spécifique est grandement variable en fonction notamment des espèces, de la qualité des enregistrements, de la longueur et de la nature des séquences. La variabilité des résultats induite par ces biais est d’autant plus forte que l’unité de mesure est fine et précise, c’est pourquoi des unités de mesures stables face aux facteurs « abiotiques » sont recherchées. Deux indices sont proposés : le pourcentage des points où l’espèce est présente et le nombre de minute d’activité par nuit lorsque l’espèce est présente.

Les résultats d’activités sont présentés pour 30 espèces et groupes d’espèces de chiroptères en zone méditerranéenne. Les espèces qui se contactent le plus sont la Pipistrelle de Kuhl, la Pipistrelle commune et la Pipistrelle pygmée, elles se rencontrent sur environs 80% des points d’enregistrements, avec une moyenne de 50 à 60 minutes d’activité par nuit. La majorité des autres espèces sont contactées sur moins de 40% des points avec moins de 10 minutes d’activité par nuit lorsqu’elles sont présentes.

Une méthode est proposée pour tenter un parallèle entre l’activité des espèces et leurs effectifs de populations. Les résultats d’activité sont pondérés avec la distance de détectabilité des espèces (liée aux ultrasons) et les rayons d’actions connus des individus autour des colonies (liée à la biologie des espèces). D’après cette méthode, le nombre de chauves-souris en zone méditerranéenne serait proche de 10 millions d’individus (dont plus de 8 millions de Pipistrelles). La prise en compte de la détectabilité change l’ordre d’abondance observé entre les espèces. Une espèce très détectable comme le Molosse de Cestoni, se contacte fréquemment sur le terrain mais aurait les effectifs de population les plus faibles de la zone méditerranéenne. Les Rhinolophes, espèces très peu détectables, sont moins rares que les enregistrements ne le laissent paraitre.

Pour finir, une modélisation de l’effort d’échantillonnage est également réalisée afin d’évaluer l’effort nécessaire pour réaliser des inventaires complets. Il en ressort qu’une quinzaine de nuits d’enregistrements semblent fournir des inventaires satisfaisants.

Le document est téléchargeable sur http://www.le-vespere.org/Vesper_ressources.html

Alexandre pour le Chiroblog

Systématique et phylogéographie des chauves-souris frugivores d’Afrique (Chiroptera, Epomophorinae) – zoom sur les travaux de thèse de Nicolas Nesi

lundi, novembre 11th, 2013

Les Pteropodidae (ou Megachiroptères) constituent l’une des familles les plus diversifiées de chiroptères (environ 190 espèces). Ils présentent des caractéristiques morphologiques particulières telles qu’une face avec un museau allongé, de grands yeux, et de petites oreilles qui les distinguent facilement des autres chauves-souris. Cette famille contient les plus grandes chauves-souris connues (Pteropus vampyrus, envergure 1.7 m) mais également des espèces relativement petites (Syconycteris hobbit, avant-bras 50 mm). Contrairement aux autres chauves-souris qui s’orientent la nuit grâce à un système d’écholocation (« Microchiroptère »), les Pteropodidae possèdent une très bonne vision nocturne grâce à une membrane réfléchissante située au fond de l’œil qui amplifie la lumière (tapetum lucidum). Seul le genre Rousettus vivant dans les grottes, dispose d’un système d’écholocation qui repose sur l’émission d’ultrasons créés par des claquements de langue. Toutes les espèces de ce groupe ont un régime alimentaire frugivore et/ou nectarivore et sont présentent dans les régions tropicales et subtropicales de l’Ancien monde, de l’Afrique à l’Australie et les îles du Pacifique en passant par l’Inde et le Sud-Est asiatique.

En Afrique sub-saharienne on trouve 24 espèces de Pteropodidae appartenant à la sous-famille africaines des Epomophorinae plus 3 espèces appartenant à la sous-famille des Rousettinae. Les caractéristiques les plus remarquables des Epomophorinae sont la présence de plis palataux qui correspondent aux formes que prend la peau au niveau du palais. Le pattern des plis palataux est unique pour la grande majorité des espèces d’Epomophorinae ce qui permet leur identification sur le terrain (Bergmans, 1987 ; Fig. 1).


Figure 1: Plis palataux d’Epomops franqueti

La seconde particularité chez ce groupe est la présence de caractères sexuels secondaires chez les mâles adultes. Chez les espèces appartenant à la tribu des Epomophorini, les caractères sexuels secondaires correspondent à des touffes de poils colorées et érectiles au niveau des épaules (sauf chez H. monstrosus) et à des sacs pharyngaux utilisés pour émettre de puissants cris ressemblant aux chants des grenouilles durant la parade nuptiale (Fig. 2). Pour les espèces appartenant à la tribu des Myonycterini ils se traduisent par une collerette de poils colorés entourant le cou de l’animal (Fig. 3). Comme chez de nombreux autres groupes de chauves-souris, les Epomophorinae ont été associées à la circulation sauvage de virus émergents chez l’homme (Coronaviridae, Paramyxoviridae et Filoviridae notamment). Plus particulièrement, trois d’entre elles (Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata) ont été identifiées comme porteuses du virus de la fièvre hémorragique Ebola responsable de plusieurs épidémies humaines en Afrique centrale au cours des dernières décennies (Leroy et al., 2005).

Figure 2: Epomops buettikoferi male adulte (Epomophorini, Côte d’Ivoire) avec ses épaulettes déployées.

Figure 3: Myonycteris leptodon male adulte (Myonycterini, Côte d’Ivoire) avec sa collerette.

Mon sujet de thèse a portée l’étude des relations évolutives des chauves-souris africaine de la sous-famille des Epomophorinae et sur l’analyse phylogéographique des espèces distribuées en Afrique de l’Ouest et Afrique centrale. Les objectifs étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces.

Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens collectés dans plusieurs pays d’Afrique (République centrafricaine, Gabon, Cameroun, Côte d’Ivoire, RDC…). L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal du génome nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus (voir Nesi et al. 2011). Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Le pattern mitochondrial polyphylétique trouvée dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus et l’étude des flux de gènes sous un modèle d’isolation/migration (IM) ont suggéré des évènements passées et/ou actuel d’hybridation inter-spécifique et une spéciation « en cours » chez la radiation de ce complexe.

Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (plus de 11000 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens représentant la quasi-totalité des espèces africaines connues, a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle classification des chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini) au lieu des quatre initialement reconnues. Stenonycteris est reconnus comme un genre différent du genre Rousettus et définie la nouvelle tribu des Stenonycterini incluant une seule espèce, S. lanosus. Ce résultat suggère que l’écholocation chez les Pteropodidae aurait été acquise de manière indépendante chez le genre Rousettus et le genre Stenonycteris, probablement en lien avec leur mode de vie cavernicole, ou bien que ce caractère fut perdu chez l’ancêtre commun de la tribu des Epomophorini et des Myonycterini probablement suite au changement d’un mode de vie cavernicole à forestier.

Des changements taxonomiques ont été décrits dans la plupart des genres (Myonycteris, Megaloglossus, Scotonycteris). Par exemple l’espèce Myonycteris leptodon a été réhabilitée et une nouvelle espèce, Megaloglossus azagnyi a été décrite en Afrique de l’Ouest (Nesi et al. 2013). Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de quatre espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Epomophorus gambianus, Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Nos résultats ont montré que les différentes espèces d’Epomophorinae, et notamment les réservoirs du virus Ebola, ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.

Nicolas pour le Chiroblog

Filet utilisé pour la capture des chauves-souris frugivores en forêt tropicales (Epomops).

Références bibliographiques

Bergmans, W., (1988). Taxonomy and Biogeography of African fruit bats (Mammalia, Megachiroptera). 1. General introduction; Material and Methods; Results: The genus Epomophorus Bennett, 1836. Beaufortia, 38, 75-146.

Javier, J. B., Alvarez, Y., Tabarés, E., Garrido-Pertierra, A., Ibáñez, C., Bautista, J.M., (1999). Phylogeography of African fruitbats (Megachiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 13, 596-604.

Leroy, E., Kumulungui, B., Pourrut, X., Rouquet, P., Hassanin, A., Yaba, P., Délicat, A., Paweska, J.T., Gonzalez, J-P., Swanepoel, R. (2005). Fruit bat as reservoirs of Ebola virus. Nature, 438, 575-6.

Nesi, N., Nakouné, E., Cruaud, C., & Hassanin, A. (2011). DNA barcoding of African fruit bats (Mammalia, Pteropodidae). The mitochondrial genome does not provide a reliable discrimination between Epomophorus gambianus and Micropteropus pusillus. Comptes rendus biologies, 334(7), 544–54.

Nesi, N., Kadjo, B., Pourrut, X., Leroy, E., Pomgombo Shongo C., Cruaud C., Hassanin A., (2013). Molecular systematics and phylogeography of the tribe Myonycterini (Mammalia, Pteropodidae) inferred from mitochondrial and nuclear markers. Molecular phylogenetics and Evolution, 66, 126-37.

Sélection d’articles en Octobre

mardi, octobre 15th, 2013

Une riche sélection d’articles scientifiques vous attend pour ce mois d’Octobre 2013 :

– Un article sur le Syndrome du Museau Blanc avec des analyses histopathologiques sur des chauves-souris européennes infectées par Geomyces destructans. L’étude confirme le fait que le champignon Geomyces destructans est à l’origine des lésions sur les ailes des animaux européens– avec un impact bien moindre du champignon sur les chauves-souris d’Europe comparées à leur congenères d’Amérique du Nord [Télécharger le PDF].

– Un article sur la taxonomie du genre Myotis à l’échelle mondiale. L’étude met en évidence – à l’aide d’arbres phylogénétiques et de modèles biogéographiques – les origines et la radiation du genre à l’échelle mondiale [lien vers le résumé].

– Une autre étude taxonomique, sur des espèces de la famille des Phyllostomidae. Cette étude se base sur des génomes mitochondriaux pour reconstruire la taxonomie des principales « branches » de la famille [lien vers le résumé].

– Une étude basée sur de nombreux marqueurs moléculaires qui identifie la structure actuelle des populations ainsi que les réfuges glaciaires du Petit Rhinolophe lors des récentes glaciations et la recolonisation de l’espèce dans le Paléarctique Ouest [lien vers le résumé].

– Une publication sur les perspectives de l’utilisation de l’ADN pour contrôler les chauves-souris (de l’espèce jusqu’à l’individu) en hibernation, notamment pour limiter le dérangement [Télécharger le pdf].

– Un travail qui étudie les conséquences génétiques de changements climatiques passés (glaciations) et futurs (réchauffement climatique) sur la distribution de l’oreillard gris [lien vers le résumé].

– La taxonomie de Myotis nattereri s’est trouvée récemment bouleversée, l’espèce serait en fait un complexe d’espèces avec notamment le Myotis sp. A. Cette petite note – basée sur des recherches de spécimens dans des Muséums – propose un nouveau nom pour ce taxon [Télécharger le PDF].


Références bibliographiques

Skin lesions in European hibernating bats associated with Geomyces destructans, the etiologic agent of White-Nose Syndrome. Wibbelt G, Puechmaille SJ, Ohlendorf B, Mühldorfer C, Bosch T, Görföl T, Passior K, Kurth A, Lacremans D and Forget F. PLoS ONE, 2013; 8(9): e74105. [doi:10.1371/journal.pone.0074105]

Ruedi, M., Stadelmann, B., Gager, Y., Douzery, E. J. P., Francis, C. M., Lin, L.-K., … Cibois, A. (2013). Molecular phylogenetic reconstructions identify East Asia as the cradle for the evolution of the cosmopolitan genus Myotis (Mammalia, Chiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 69(3), 437–449.

Botero-Castro, F., Tilak, M., Justy, F., Catzeflis, F., Delsuc, F., & Douzery, E. J. P. (2013). Next-generation sequencing and phylogenetic signal of complete mitochondrial genomes for resolving the evolutionary history of leaf-nosed bats (Phyllostomidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 69(3), 728–739.

Non-invasive genetics can help find rare species: a case study with Rhinolophus mehelyi and R. euryale (Rhinolophidae: Chiroptera) in western Europe. Puechmaille S and Teeling E. Mammalia, in press. [doi:10.1515/mammalia-2013-0040]

Phylogeography and postglacial recolonisation of Europe by Rhinolophus hipposideros: evidence from multiple genetic markers. Dool, S, Puechmaille S, Dietz C, Juste J, Ibáñez C, Hulva P, Roue S, Petit E, Jones G, Russo D, Toffoli R, Viglino A, Martinoli A, Rossiter SJ and Teeling E. Molecular Ecology, 2013; 22(15): 4055-4070. [doi:10.1111/mec.12373]

The shaping of genetic variation in edge-of-range populations under past and future climate change.
Razgour O, Juste J, Ibáñez C, Kiefer A, Rebelo H, Puechmaille SJ, Arlettaz R, Burke T, Dawson DA, Beaumont M and Jones G. Ecology Letters, 2013; 16(10): 1258-1266. [doi:10.1111/ele.12158]

Vespertilion (Myotis) latipennis (Crespon, 1844) : un nom pour la nouvelle espèce Myotis sp. A du groupe nattereri ? Allegrini B and Puechmaille SJ. Le Vespère, 2013; 3 181-183.

Des chiroptères et des hommes : zoom sur les travaux de Pierline Tournant

dimanche, janvier 15th, 2012

Le petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) était autrefois une espèce répandue en Europe. Elle a cependant connu une importante réduction de ses effectifs, dont les causes ne sont pas encore bien identifiées. Parmi diverses hypothèses, celle de la diminution et de la fragmentation des habitats spécifiques de l’espèce a été retenue. En effet, le petit rhinolophe a la particularité de se déplacer en suivant les éléments linéaires du paysage, telles que les haies ou lisères de bois. La connectivité paysagère semble donc être un facteur prépondérant dans le maintien de l’espèce.

Dans ce contexte, mon projet de thèse consiste, dans une première partie, à caractériser la connectivité fonctionnelle de l’habitat du petit rhinolophe à l’aide de la méthode des graphes paysagers afin d’évaluer son rôle dans la distribution de l’espèce en Franche-Comté. La seconde partie de la thèse porte sur une étude de la structure génétique spatiale des colonies qui permettra d’analyser finement le rôle du paysage sur la diffusion des gènes, et donc sur la capacité des colonies à maintenir un certain brassage génétique.

A terme, ces résultats visent à prédire l’impact de modifications de la connectivité du paysage sur les populations de petits rhinolophes, dans le cadre par exemple, de la mise en place d’infrastructures de transport.

Pierline (doctorante en écologie du paysage, Université de Franche-Comté)

A la recherche du Petit Rhinolophe

Petit Rhinolophe dans son gîte

Collecte d'échantillons (guano) pour analyses génétiques

Les actualités principales en bimensuel.

mercredi, décembre 7th, 2011

Nous espérons pouvoir vous délivrer un récapitulatif sur l’actualité des chauves-souris dans le monde toutes les deux semaines.

Pour les bonnes nouvelles, les résultats du concours photo pour l’année de la chauve-souris sont en ligne. Félicitations à tous les lauréats ! De plus, nous avons concocté une petite sélection d’articles:

– un papier dans Nature qui confirme le lien entre le champignon Geomyces destructans et le Syndrôme du Museau Blanc (« White Nose Syndrome ») [lien vers le résumé en Anglais].

– un papier dans Nature Communications qui étudie la spéciation chez le plus petit mammifère du Monde, la chauve-souris bourdon (cf. article détaillé d’hier à propos de ce papier sur le Chiroblog), [télécharger le PDF],

– un papier sur le Murin de Natterer (Myotis nattereri), un complexe qui comprendrait 4 espèces dans le Paléarctique Ouest ! [lien vers le résumé en Anglais]

– un deuxieme papier sur le complexe d’espèces du Murin de Natterer qui présente la distribution des ces nouvelles espèces découvertes en France et la possible présence d’une espèce nouvelle pour la science en Corse [télécharger le PDF],

– un papier sur l’effet d’une grande route sur l’activité et la diversité des Chiros [lien vers le résumé en Anglais].

C’est tout pour aujourd’hui, à bientôt pour un nouveau point sur l’actualité des chauves-souris !

Pour l’équipe du Chiroblog,

Yann, Meriadeg & Séb

PS : Pour les utilisateurs de Twitter, RDV sur @bat_yann, @henlakebats et @SmileyBat pour plus d’infos chiros !

Vigie-nature chauves-souris : sentinelles de la biodiversité

lundi, mai 2nd, 2011

Tout savoir sur le Vigie-Nature Chauves-souris.

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Echobank : la librarie en ligne des enregistrements d’ultrasons de Chiroptères du monde

dimanche, novembre 21st, 2010

La base de données constitue aujourd’hui un outil essentiel pour stocker et organiser une information qui ne cesse de s’accumuler. Les biologistes moléculaires connaissent très bien Genbank, un site internet qui permet de rechercher des séquences génétiques (entre autres services). Un projet similaire est en gestation pour la création d’une librairie en ligne des enregistrements d’ultrasons de Chiroptères du monde ! Alanna Maltby est à l’initiative de ce projet dénommé Echobank et soutenu par Gareth Jones, Helen Chattergee et Kate Jones. Cette base de données contient à ce jour des enregistrements d’ultrasons pour 300 espèces de 100 genres et 18 familles compilé par 15 chercheurs. Ce travail a servi à une étude sur l’évolution de l’écholocation à l’aide d’un super-arbre des relations de parenté des Chiroptères, les travaux ont été présentés lors du colloque international de Prague. Très peu d’informations sur l’avancement du projet sont actuellement disponibles à ce jour sur la toile, Daniel Simmons aurait travaillé sur le projet en 2009-2010 maintenant relayé par Huma Pearce comme le laisse sous-entendre la page d’accueil du site internet de Kate Jones. Cet outil permettra très certainement une amélioration des connaissances grâce à la mise en commun et l’accessibilité de nombreux fichiers, souvent difficiles à acquérir.

Yann

15th International Bat Research Conference – Prague

mercredi, août 25th, 2010

La ville de Prague (République Tchèque) accueille en cette dernière semaine du mois d’Août le 15ème Congrès International de Recherche sur les chauves-souris. Avec plus de 500 participants, c’est le plus grand rassemblement mondial à ce jour des passionnés de chauves-souris. Ces rencontres se destinent à réaliser un « état de l’art » de la recherche sur les chauves-souris, 40 ans après le lancement du 1er congrès en Tchécoslovaquie (actuellement République Tchèque). Plusieurs articles seront postés cette semaine pour vous faire part de ces rencontres et du futur de la recherche en Chiroptérologie. Enjoy!

Yann