Posts Tagged ‘Diversité spécifique’

La pipistrelle de Kuhl n’est pas schizo !

samedi, décembre 26th, 2015

L’analyse génétique est un formidable outil pour identifier les espèces et révéler à nos yeux des diversités insoupçonnées, en particulier chez les groupes très divers à la morphologie peu évidente. C’est notamment le cas des chauves-souris. Si les perspectives offertes par l’étude de l’ADN peuvent nous rendre enthousiastes, il faut cependant savoir rester prudent au moment de tirer des conclusions. Dans une étude publiée début août dans la revue PLoS ONE (Andriollo et al. 2015), nous résolvons un problème soulevé depuis le début des années 2000 et qui laissait planer le doute quant à l’existence d’une diversité cachée chez la Pipistrelle de Kuhl.

Deux lignées mitochondriales profondément divergentes. Euh… vous pouvez-répéter ?

Le génome mitochondrial est une partie de l’ADN qui est contenu hors du noyau des cellules, et il est transmis uniquement par les femelles. Autrement dit, ce serait comme un nom de famille que l’on hériterait de sa mère. En 2003, un groupe de chercheurs espagnols étudiant l’ADN de pipistrelles a montré qu’il existe deux lignées mitochondriales complètement différentes chez Pipistrellus kuhlii (Pestano et al. 2003). Si différentes que c’est typiquement le genre de divergences que l’on observe entre deux espèces distinctes… Y aurait-t-il deux espèces en une ? Gare aux conclusions hâtives ! Pour savoir si les Martin et les Dupont se reproduisent entre eux, inutile de chercher si des Marpont ou des Dutin existent… il faut se glisser dans leurs affaires intimes !

Les chauves-souris n’ont pas Facebook… comment savoir qui couche avec qui ?

Pour apporter une réponse à cette question, nous avons donc analysé un autre type d’ADN, celui du noyau des cellules, et qui est hérité en parts égales de chacun des deux parents. Son étude est plus fastidieuse, mais elle est nécessaire pour répondre à la question biologique qui nous intéresse : les individus possédant des types d’ADN mitochondrial différents se reproduisent-ils entre eux (appartenant ainsi à une seule et même espèce), ou non (il s’agirait alors de deux espèces que l’on n’avait jamais su distinguer auparavant) ? L’ADN du noyau nous a permis d’élucider ce mystère : il y a davantage de différences entre les individus d’Europe et d’Afrique du Nord d’une même lignée mitochondriale (partageant le même « nom de famille ») qu’entre les individus d’Europe de lignées mitochondriales différentes (de « noms de familles » différents) ! Les individus européens se reproduisent donc entre eux, même s’ils portent des génomes mitochondriaux très différents. Si elle est inhabituelle, comment expliquer l’existence d’une telle diversité mitochondriale ?

(si la vidéo ne se lance pas correctement dans firefox, suivez le correctif décrit ici.)

Pas de nouvelle espèce ? C’est nul !

En effet, on montre qu’il n’y a qu’une seule espèce regroupant simplement des lignées très anciennes, mais le plus dur était de prouver que les individus qui les portaient se mélangeaient ! Par ailleurs, on ne revivra pas l’exemple de la Pipistrelle pygmée, longtemps confondue avec la Pipistrelle commune : aujourd’hui elle est bel et bien reconnue comme espèce distincte, mais du coup, cela a remis en doute toutes les études antérieures qui ne faisaient pas la différence entre ces deux espèces ! Enfin, cela nous apprend la prudence avant de crier à l’existence d’espèces cachées sur la seule base de marqueurs génétiques hérités d’un seul parent. Ces résultats « négatifs » ne vont donc pas compliquer le travail des protecteurs, puisque la classification des Pipistrellus kuhlii ouest européennes se rapporte bien à une seule espèce. C’est donc une bonne nouvelle, non ?

Tommy Andriollo, avec l’aimable relecture de Lucie Cauwet et Manuel Ruedi.

Références bibliographiques

Andriollo T., Naciri Y. & M. Ruedi (2015). Two mitochondrial barcodes for one biological species: the case of European Kuhl’s pipistrelles (Chiroptera). PLoS ONE, 10: e0134881. doi: 10.1371/journal.pone.0134881.

Pestano J., Brown R.P., Suarez N.M. & S. Fajardo (2003). Phylogeography of pipistrelle-like bats within the Canary Islands, based on mtDNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 26: 56-63. doi:10.1016/S1055-7903(02)00307-X.

Chiroptères en Albanie: zoom sur la thèse de Philippe Théou

dimanche, juillet 27th, 2014

L’Albanie, petit pays du sud ouest balkanique, n’est pas (encore !) très connu par le grand public, ni d’ailleurs par sa diversité d’habitats et en chiroptères. Et pourtant, pas moins de 32 espèces ont pour le moment été identifiées dans ce pays grand comme la Bretagne.


Cependant, malgré cette richesse spécifique, les connaissances sur les chauves souris d’Albanie sont encore très lacunaires. Entre 1950 et 1994, seulement trois publications apparaissent : Hanak V. et al. (1961), Hurka, K. (1962), Lamani F. (1970). A partir des années 1990, plusieurs chercheurs étrangers ont séjournés en Albanie, permettant d’identifier de nouvelles espèces pour le pays, et soulignant quelques observations intéressantes de colonies. Mais les connaissances sur la répartition et le suivi des populations sont restées très limitées.

C’est en partant de cette observation que la premiere thèse sur les chiroptères a débuté en septembre 2012, à l’Université de Tirana, avec comme objectif d’étudier la dynamique de population des espèces cavernicoles. Ce projet se focalise sur les quelques zones du territoire où des données historiques sont disponibles : le Parc National de Prespa (Papadatou et al, 2011), à la frontière de la Macédoine et de la Grèce, et quelques grottes et bunkers visités dans les années 60 et 90 par des chercheurs étrangers.

Pour la première fois en Albanie, un protocole de suivi est mis en place, et permet d’apporter des élèments de réponses vis-à-vis de l’actuelle situation des populations de chauves-souris dans le pays.


Pour prendre l’exemple du parc national de Prespa, il a tout d’abord fallu identifier les stations (grottes ou bunkers/tunnels) utilisés par les chiroptères. De 8 stations connues en 2011, le réseau est aujourd’hui composé de 43 stations utilisées au cours de l’année. Ces stations sont visitées de facon régulière, afin d’identifier les espèces présentes, le nombre d’individus, et l’utilisation faite du site. Ce travail étant realisé en coopération avec les chercheurs de Macedoine et de Grèce, l’objectif final est de connaître l’état des populations de chiroptères dans cette vaste zone, et d’améliorer la conservation de ces espèces grâce à une cooperation renforcée entre les différents partenaires de la région.


La collecte de données est encore en cours, mais l’on peut déjà souligner la découverte de colonies de Miniopterus schreibersii (plus de 3000 en tout), de Myotis cappaccinii (2000), de Rhinolophus hipposideros (plus de 300). Les premieres données concernant l’hibernation en Albanie soulignent l’utilisation des grottes de Prespa par au moins 6 espèces.


De plus, plusieurs observations intéressantes pour la région ont été réalisées, avec Tadarida teniotis, Plecotus kolombatovici ou encore Eptesicus serotinus.


En parallèle de cette recherche, plusieurs centaines de bunkers, grottes et maisons ont été visités depuis 2011, ce qui avec plusieurs heures d’enregistrement via le D1000X a permis d’augmenter considérablement les connaissances sur la repartition des espèces en Albanie. Cette collecte de données est accompagnée d’un soutien et d’une formation aux étudiants Albanais pour la recherche sur les chiroptères, ainsi que d’une communication vers le grand public, comme la réalisation de la première nuit de la chauve-souris pour le pays en 2013.

Philippe Théou pour le Chiroblog

Pour en savoir plus :
Site internet du projet
Page facebook du projet

Bibliographie :

Bego, F., Griffiths, H.I. (1994): Preliminary data on the bats (Mammalia, Chiroptera) of Albania. Stud. Speleol. 9: 21-25.

Hanak V., Lamani F., Muraj X. (1961) : Tê dhëna nga përhapja e lakuriqëve të natës. Bul. Univ. Shtetëtor Tiranës Seria Shk. Natyrore Nr.3 : 124-158.

Hurka, K. (1962): Beitrag zur Nycteribiiden -und Strebli denfauna Albaniens nebst Bemerkungen zur Fauna von Bulgarien; Ungarn und UdSSR. Acta Soc. Ent. Czechoslov. 59(2): 156-164.

Lamani F. (1970) : Lloje të raja lakuriqesh nate në vëndin tonë. Bul. Univ. Shtetëtor Tiranës Seria Shk. Natyrore Nr.2 : 143-150.

Papadatou E, Grémillet X, Bego F, Petkovski S, Stojkoska E, Avramoski O, Kazoglou Y (2011): Status survey and conservation action plan for the bats of Prespa. Society for the Protection of Prespa, Agios Germanos, pp 170.
Théou, P., Bego, F. (2013): Etude des populations de chiroptères de l’île de Sazani. Note naturaliste Initiative PIM. 12 pp.

Schieffler, V.I., Bego, F., Théou, P., Podany, M., Pospischil, R., Hubner, S., (2013): Ektoparasiten der Fledermäuse in Albanien – Artenspektrum und Ëirtsbindung. Nyctalus (N.F.), Berlin 18, Heft 1, S. 84-109.

Uhrin M, Horacek I, Šibl J, Bego F (1996): On the bats (Mammalia: Chiroptera) of Albania: survey of the recent records. Acta Soc. Zool. Bohem. 60: 63-71.

Zoom sur le Groupe Chiroptères de Guyane

dimanche, mars 23rd, 2014

Le Groupe Chiroptère de Guyane (GCG) a été créée en 2008 par les quelques passionnés de chauves-souris vivant sur le territoire guyanais.

Bénéficiant des travaux remarquables réalisés dans les stations scientifiques au cœur de la forêt tropicale (Station des Nouragues et de Paracou) par d’illustres chercheurs comme André Brosset, Pierre Charles-Dominique, Nancy Simmons ou Robert Voss, le GCG poursuit des objectifs modestes mais oh combien importants : l’étude des peuplements, l’élaboration d’une clé de détermination moderne des chiroptères de Guyane, leur détermination bioacoustique (en partenariat avec la SFEPM, l’ONF et Biotope), le suivi épidémiologique de la rage (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane) et des études génétiques par criblages moléculaires et barcoding (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane).

L’étude bioacoustique des chiroptères de Guyane est une des activitée principale de l’association. Cette action est primordiale pour compléter les connaissances des chiroptères de Guyane, car si les espèces de sous-bois de la forêt tropicale sont faciles à capturer et aujourd’hui relativement bien identifiées (essentiellement des Phyllostomidés), il existe tout un cortège qui utilise l’espace aérien au dessus de la canopée (Molossidés, Emballonuridés, Vespertillionidés) pour lesquels les données de présence restent fragmentaires.

Ainsi ce programme poursuit 3 objectifs :

– la caractérisation acoustique de l’ensemble des espèces de chiroptères, en particulier de haut vol,

– la caractérisation de l’abondance relative des espèces de haut vol,

– la formation des membres du GCG à cette technique.

Ce travail sur l’acoustique a permis de découvrir une nouvelle espèce de Pteronotus (Mormoopidés) qui est en cours de description. De plus, grâce à cette technique une nouvelle espèce (Lasiurus ega) présente dans les pays limitrophes (Suriname, Brésil) mais encore jamais observée en Guyane à pu être rajoutée à la liste des espèces présentes en Guyane. Ce qui fait 103 espèces en Guyane. D’autres espèces restent sans doute encore à découvrir.

Pteronotus sp. – Individu capturé sur le camp Atanaze sur le fleuve Approuague (c) Marguerite Delaval

L’épidémio-surveillance de la rage chez les chauves-souris constitue la deuxième activitée prenante de l’association. Le GCG travaille avec l’Institut Pasteur de Guyane pour l’étude de la rage Desmodine. La Guyane présente une situation épidémiologique particulière avec la transmission de la rage des chauves-souris hématophages (Desmodus rotundus ou vampire commun et Diaemus youngii vampire spécialisé sur les oiseaux) aux animaux domestiques et potentiellement à l’homme (un mort en 2008). Le GCG intervient pour capturer les vampires autour des élevages, ces vampires subissent un prélèvement de sang et de salive pour une recherche du virus de la rage. De plus, plusieurs colonies sont suivies plusieurs fois dans l’année où les individus sont marqués individuellement par des Pit tag.

Desmodus rotundus – Individu capturé sur la Grande Montagne Tortue – piste de Bélizon (c) Marguerite Delaval

Voilà donc en quelques lignes, quelques actions du GCG. Si des informations sur le GCG vous intéressent, les membres sont joignables et fédérés autour d’une liste de discussion (chiroguyane@yahoogroupes.fr) très dynamique. N’hésitez pas à nous rejoindre !

Marguerite et Vincent pour le GCC

Afribats: une plate-forme naturaliste internet sur les chauves-souris d’Afrique

lundi, décembre 9th, 2013

AfriBats est une plate-forme naturaliste collaborative qui a pour sujet les chauves-souris d’Afrique. C’est un réseau coordonné par Jakob Fahr et endorsé par l’UICN Bat Specialist Group et Bat Conservation International. Le but de ce projet est de mobiliser les connaissances des amateurs et professionnels pour mieux connaître et mieux protéger les Chiroptères Africains. Le continent Africain et les îles environnantes comptant presque de 300 espèces mais leur distribution géographique reste très peu connue. Plus d’un tiers des espèces sont menacées, avec la perte d’habitats, le dérangement et la destruction des gîtes, la chasse pour la viande de gibier, l’utilisation des terres et des pesticides. Les données collectées dans le cadre du projet sont des éléments précieux pour la conduite de projets scientifiques et d’actions de conservation.

De nombreuses fonctionnalités sont disponibles sur le réseau AfriBats, notamment des cartes de distribution de l’UICN et des fiches espèces. Une des particularités du projet est le fonctionnement en plate-forme collaborative. Vous pouvez mettre en ligne vos clichés et vos enregistrements acoustiques de chauves-souris, les géolocaliser à l’aide des coordonnées GPS ou sur une carte. De plus, vous pouvez ajouter de nombreuses informations parallèles sur les observations (habitat, décompte, sexe, âge, longueur d’avant-bras et masse corporelle). En cas de doute sur l’identification, un outil basé sur les cartes de répartition – l’Identotron – suggère des identifications potentielles. En parallèle, la communauté AfriBats peut être sollicitée pour affiner votre observation, par exemple d’identification au niveau du genre à une identification au niveau spécifique.

Pour rejoindre le réseau et partager vos données, vous pouvez créer un nouveau compte ou vous enregistrer avec votre compte Google, Facebook, Flickl, Yahoo ou Twitter. Vous pouvez alors ajouter vos clichés depuis le disque dur ou depuis vos comptes Facebook, Flick ou Yahoo. Des applications pour iPhone et Androïd sont également disponibles. Si vous l’autorisez, les clichés seront partagés sur l’Encyclopedia of Life (Eol) et les données partagés sur le Global Biodiversity Information Facility (GBIF). En résumé, cette plate-forme naturaliste constitue un outil unique pour favoriser la diffusion des données et des connaissances, dans l’intérêt du grand public et aussi de la recherche scientifique.

Pour plus d’informations, téléchargez le flyer ou rendez-vous sur le site internet d’Afribats.

Yann & Jakob pour le Chiroblog

Epomophorus gambianus (Burkina Faso) (c) Jakob Fahr

Myotis welwitschii (Guinée) (c) Piotr Naskrecki

Pipistrellus tenuipinnis (Côte d’Ivoire) (c) Jakob Fahr

Mops condylurus (Bénin) (c) Jakob Fahr

Systématique et phylogéographie des chauves-souris frugivores d’Afrique (Chiroptera, Epomophorinae) – zoom sur les travaux de thèse de Nicolas Nesi

lundi, novembre 11th, 2013

Les Pteropodidae (ou Megachiroptères) constituent l’une des familles les plus diversifiées de chiroptères (environ 190 espèces). Ils présentent des caractéristiques morphologiques particulières telles qu’une face avec un museau allongé, de grands yeux, et de petites oreilles qui les distinguent facilement des autres chauves-souris. Cette famille contient les plus grandes chauves-souris connues (Pteropus vampyrus, envergure 1.7 m) mais également des espèces relativement petites (Syconycteris hobbit, avant-bras 50 mm). Contrairement aux autres chauves-souris qui s’orientent la nuit grâce à un système d’écholocation (« Microchiroptère »), les Pteropodidae possèdent une très bonne vision nocturne grâce à une membrane réfléchissante située au fond de l’œil qui amplifie la lumière (tapetum lucidum). Seul le genre Rousettus vivant dans les grottes, dispose d’un système d’écholocation qui repose sur l’émission d’ultrasons créés par des claquements de langue. Toutes les espèces de ce groupe ont un régime alimentaire frugivore et/ou nectarivore et sont présentent dans les régions tropicales et subtropicales de l’Ancien monde, de l’Afrique à l’Australie et les îles du Pacifique en passant par l’Inde et le Sud-Est asiatique.

En Afrique sub-saharienne on trouve 24 espèces de Pteropodidae appartenant à la sous-famille africaines des Epomophorinae plus 3 espèces appartenant à la sous-famille des Rousettinae. Les caractéristiques les plus remarquables des Epomophorinae sont la présence de plis palataux qui correspondent aux formes que prend la peau au niveau du palais. Le pattern des plis palataux est unique pour la grande majorité des espèces d’Epomophorinae ce qui permet leur identification sur le terrain (Bergmans, 1987 ; Fig. 1).


Figure 1: Plis palataux d’Epomops franqueti

La seconde particularité chez ce groupe est la présence de caractères sexuels secondaires chez les mâles adultes. Chez les espèces appartenant à la tribu des Epomophorini, les caractères sexuels secondaires correspondent à des touffes de poils colorées et érectiles au niveau des épaules (sauf chez H. monstrosus) et à des sacs pharyngaux utilisés pour émettre de puissants cris ressemblant aux chants des grenouilles durant la parade nuptiale (Fig. 2). Pour les espèces appartenant à la tribu des Myonycterini ils se traduisent par une collerette de poils colorés entourant le cou de l’animal (Fig. 3). Comme chez de nombreux autres groupes de chauves-souris, les Epomophorinae ont été associées à la circulation sauvage de virus émergents chez l’homme (Coronaviridae, Paramyxoviridae et Filoviridae notamment). Plus particulièrement, trois d’entre elles (Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata) ont été identifiées comme porteuses du virus de la fièvre hémorragique Ebola responsable de plusieurs épidémies humaines en Afrique centrale au cours des dernières décennies (Leroy et al., 2005).

Figure 2: Epomops buettikoferi male adulte (Epomophorini, Côte d’Ivoire) avec ses épaulettes déployées.

Figure 3: Myonycteris leptodon male adulte (Myonycterini, Côte d’Ivoire) avec sa collerette.

Mon sujet de thèse a portée l’étude des relations évolutives des chauves-souris africaine de la sous-famille des Epomophorinae et sur l’analyse phylogéographique des espèces distribuées en Afrique de l’Ouest et Afrique centrale. Les objectifs étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces.

Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens collectés dans plusieurs pays d’Afrique (République centrafricaine, Gabon, Cameroun, Côte d’Ivoire, RDC…). L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal du génome nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus (voir Nesi et al. 2011). Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Le pattern mitochondrial polyphylétique trouvée dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus et l’étude des flux de gènes sous un modèle d’isolation/migration (IM) ont suggéré des évènements passées et/ou actuel d’hybridation inter-spécifique et une spéciation « en cours » chez la radiation de ce complexe.

Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (plus de 11000 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens représentant la quasi-totalité des espèces africaines connues, a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle classification des chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini) au lieu des quatre initialement reconnues. Stenonycteris est reconnus comme un genre différent du genre Rousettus et définie la nouvelle tribu des Stenonycterini incluant une seule espèce, S. lanosus. Ce résultat suggère que l’écholocation chez les Pteropodidae aurait été acquise de manière indépendante chez le genre Rousettus et le genre Stenonycteris, probablement en lien avec leur mode de vie cavernicole, ou bien que ce caractère fut perdu chez l’ancêtre commun de la tribu des Epomophorini et des Myonycterini probablement suite au changement d’un mode de vie cavernicole à forestier.

Des changements taxonomiques ont été décrits dans la plupart des genres (Myonycteris, Megaloglossus, Scotonycteris). Par exemple l’espèce Myonycteris leptodon a été réhabilitée et une nouvelle espèce, Megaloglossus azagnyi a été décrite en Afrique de l’Ouest (Nesi et al. 2013). Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de quatre espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Epomophorus gambianus, Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Nos résultats ont montré que les différentes espèces d’Epomophorinae, et notamment les réservoirs du virus Ebola, ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.

Nicolas pour le Chiroblog

Filet utilisé pour la capture des chauves-souris frugivores en forêt tropicales (Epomops).

Références bibliographiques

Bergmans, W., (1988). Taxonomy and Biogeography of African fruit bats (Mammalia, Megachiroptera). 1. General introduction; Material and Methods; Results: The genus Epomophorus Bennett, 1836. Beaufortia, 38, 75-146.

Javier, J. B., Alvarez, Y., Tabarés, E., Garrido-Pertierra, A., Ibáñez, C., Bautista, J.M., (1999). Phylogeography of African fruitbats (Megachiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 13, 596-604.

Leroy, E., Kumulungui, B., Pourrut, X., Rouquet, P., Hassanin, A., Yaba, P., Délicat, A., Paweska, J.T., Gonzalez, J-P., Swanepoel, R. (2005). Fruit bat as reservoirs of Ebola virus. Nature, 438, 575-6.

Nesi, N., Nakouné, E., Cruaud, C., & Hassanin, A. (2011). DNA barcoding of African fruit bats (Mammalia, Pteropodidae). The mitochondrial genome does not provide a reliable discrimination between Epomophorus gambianus and Micropteropus pusillus. Comptes rendus biologies, 334(7), 544–54.

Nesi, N., Kadjo, B., Pourrut, X., Leroy, E., Pomgombo Shongo C., Cruaud C., Hassanin A., (2013). Molecular systematics and phylogeography of the tribe Myonycterini (Mammalia, Pteropodidae) inferred from mitochondrial and nuclear markers. Molecular phylogenetics and Evolution, 66, 126-37.

Les actualités principales en bimensuel.

mercredi, décembre 7th, 2011

Nous espérons pouvoir vous délivrer un récapitulatif sur l’actualité des chauves-souris dans le monde toutes les deux semaines.

Pour les bonnes nouvelles, les résultats du concours photo pour l’année de la chauve-souris sont en ligne. Félicitations à tous les lauréats ! De plus, nous avons concocté une petite sélection d’articles:

– un papier dans Nature qui confirme le lien entre le champignon Geomyces destructans et le Syndrôme du Museau Blanc (« White Nose Syndrome ») [lien vers le résumé en Anglais].

– un papier dans Nature Communications qui étudie la spéciation chez le plus petit mammifère du Monde, la chauve-souris bourdon (cf. article détaillé d’hier à propos de ce papier sur le Chiroblog), [télécharger le PDF],

– un papier sur le Murin de Natterer (Myotis nattereri), un complexe qui comprendrait 4 espèces dans le Paléarctique Ouest ! [lien vers le résumé en Anglais]

– un deuxieme papier sur le complexe d’espèces du Murin de Natterer qui présente la distribution des ces nouvelles espèces découvertes en France et la possible présence d’une espèce nouvelle pour la science en Corse [télécharger le PDF],

– un papier sur l’effet d’une grande route sur l’activité et la diversité des Chiros [lien vers le résumé en Anglais].

C’est tout pour aujourd’hui, à bientôt pour un nouveau point sur l’actualité des chauves-souris !

Pour l’équipe du Chiroblog,

Yann, Meriadeg & Séb

PS : Pour les utilisateurs de Twitter, RDV sur @bat_yann, @henlakebats et @SmileyBat pour plus d’infos chiros !

Sur l’origine des espèces : le plus petit mammifère du monde, la chauve-souris bourdon démêle les mécanismes de la spéciation

mardi, décembre 6th, 2011

Un des grands défis de la biologie est de comprendre comment les espèces évoluent. Aujourd’hui, environ 150 ans après la publication de Darwin « Sur l’Origine des espèces » nous ne comprenons toujours pas vraiment le processus de spéciation. Cela tient en partie au fait que la plupart des études classiques sur la spéciation sont basées sur les espèces qui ont déjà divergé, et par conséquent, nous devons spéculer en arrière dans le temps pour en déduire les causes de la spéciation. En effet, deux des exemples les plus connus de « spéciation sympatrique », les cichlidés du lac Victoria et les Rhinolophes de Wallace, suggèrent que l’écologie sensorielle (comment un animal perçoit et interagit avec son environnement) joue un rôle majeur dans le processus de spéciation, que les populations soient géographiquement isolées ou non. Cependant, dans ces études, les chercheurs n’ont pas pu étudier les facteurs impliqués dans les premières phases du processus de spéciation.

Chauves-souris bourdon, plus petit mammifère au monde; photo prise en Birmanie en 2006 par l’équipe sur le terrain.

«Notre étude est unique dans le sens ou elle capture la spéciation « en action » dans des populations qui sont en train de diverger écologiquement. Ces populations sont celles du plus petit mammifère au monde, la chauve-souris bourdon (Craseonycteris thonglongyai) que l’on trouve uniquement en Thaïlande et en Birmanie. Ces populations représentent une expérience naturelle unique qui permet de « capturer » les processus évolutif a une échelle de temps permettant d’identifier la nature de ces processus qui entraînent la spéciation dans la nature » explique le Dr Emma Teeling qui a dirigé l’équipe de recherche au cours de cette étude.

En étudiant les processus du début de la spéciation à différentes échelles de temps évolutives, cette étude montre que dans le cas de cette espèce, un flux de gènes limité, résultant de la distance géographique, est nécessaire pour promouvoir la spéciation écologique sensorielle.

« Pour ce faire, nous avons examiné la structure spatiale, la structure génétique et les traits écologiques sensoriels entre et au sein des deux seules populations connues du plus petit mammifère du monde, la chauve-souris bourdon (Craseonycteris thonglongyai). Nous avons généré et recueilli un large jeu de données moléculaires, écologiques et acoustiques et montrons que la distance géographique joue un rôle essentiel dans la limitation des flux de gènes plutôt que la divergence d’écholocation. Nos résultats appuient l’idée que l’écologie sensorielle agit comme un mécanisme de renforcement dans le processus de spéciation plutôt que d’être le principal moteur comme cela était précédemment supposé dans d’autres études empiriques bien documentées. Nos résultats posent la question de savoir si la spéciation sympatrique se produit réellement, ou si un certain niveau d’isolement géographique et donc de flux de gènes restreint est toujours nécessaire afin d’engager le processus de spéciation », explique le Dr Sébastien Puechmaille, auteur principal de cette étude.

Une autre conclusion intéressante de cette étude est l’identification d’un gène de « l’écholocation » (RBP-J) qui montre des signes de sélection divergente correspondant à la divergence d’écholocation présente au sein la population thaïlandaise. C’est la première association identifiée de ce gène avec des capacités d’écholocation. Ce gène est impliqué dans la formation des cellules ciliées de la cochlée (organe récepteur des sons dans l’oreille interne). Comme les chauves-souris utilisent les fréquences les plus élevées (supérieures à 200 kHz) de tous les mammifères, leur système auditif, en particulier les cellules ciliées de l’organe de Corti où le son est reçu et amplifié, a besoin d’adaptations particulières.

«Nous montrons également que la compétition interspécifique avec une autre espèce de chauve-souris, Myotis siligorensis, est surement la cause de l’adaptation locale sensorielle, par opposition à la dérive aléatoire ou les facteurs abiotiques comme la température et l’humidité», explique le Dr Sébastien Puechmaille.

Du point de vue de la conservation, cette étude est la première à étudier la structure de population et l’histoire évolutive du plus petit mammifère du monde, la chauve-souris bourdon, Craseonycteris thonglongyai. « Cette espèce de chauve-souris charismatique est rare et menacée, limitée à une région de 2000 km2 à la région frontalière entre la Thaïlande et la Birmane et est considéré comme l’une des dix espèces évolutivement distinctes et globalement menacées (Evolutionary Distinct and Globally Endangered, EDGE, species)« , souligne le Dr Emma Teeling.

Les analyses phylogénétiques de marqueurs transmis par la lignée maternelle, paternelle, ou héritée par les deux parents ainsi que les données écologiques démontrent la présence de deux espèces de chauve-souris bourdon, une en Thaïlande et une en Birmanie, qui se sont séparées il y a environ 0,4 millions d’années. Les capacités de dispersion limitées des individus combinées à une aire de répartition très limitée (moins de 2000 km2) suggèrent que les deux espèces sont menacées et nécessitent des plans de gestion et de conservation distincts.

Ce papier est publié le 6 Décembre 2011 est disponible de manière gratuite dans la revue Nature Communications (http://www.nature.com/ncomms/journal/v2/n12/pdf/ncomms1582.pdf). La reference de cet article est :

Puechmaille, S.J., Ar Gouilh, M., Piyapan, P., Yokubol, M., Khin Mie Mie, Bates, P.J.J., Satasook, C., Tin Nwe, Si Si Hla Bu, Mackie, I.J., Petit E.J., and Teeling E.C. (2011). The evolution of sensory divergence in the context of limited gene flow in the bumblebee bat. Nature Communications 2, 573, DOI: 10.1038/ncomms1582. [L’évolution de la divergence sensorielle dans un contexte de flux de gènes limités chez la chauve-souris bourdon].

Ce travail représente un projet irlandais, financé par la SFI, une fondation Irlandaise pour la Science et décerné au Dr. Emma Teeling. Ce projet a été mené en collaboration entre des chercheurs en France, en Thaïlande, en Birmanie, au Royaume-Uni et en Irlande afin d’aborder une question fondamentale en biologie avec des implications pour la conservation.

Séb.

Une classification en perpétuel mouvement !

mardi, janvier 25th, 2011

La systématique, ou classification scientifique des espèces, consiste à décrire les espèces pour les regrouper sur la base de différents critères comme la morphologie, l’écologie, l’écholocation et aussi les données moléculaires. Une des voies empruntée par cette discipline, la cladistique (héritée des travaux de Willy Hennig), repose sur l’idée que le partage de caractères (dit dérivés) par plusieurs espèces provient très souvent de leur parenté. Les années 80, avec la découverte de la polymérase et l’invention de la PCR, ont vu l’émergence de la biologie moléculaire et des données génétiques pour aider à résoudre les relations de parenté des Chiroptères. C’est ainsi que de nombreux complexes d’espèces cryptiques (= « cachées ») ont été révélés, notamment en Europe. A l’échelle mondiale, de nouvelles espèces sont décrites chaque année, à la suite des révisions des collections de musées, d’une analyse approfondie sur le terrain et aussi grâce aux expéditions dans des contrées encore peu explorées. Ce travail de description des espèces est primordial, notamment du fait de ses implications dans le domaine de la conservation. Avec la description de nouvelles espèces, des espèces considérées fréquentes et réparties à large échelle se voient séparées en plusieurs espèces à aire de répartition diminuée. Ces nouvelles espèces sont donc fréquemment considérées plus vulnérables. Le travail des biologistes consiste ensuite à étudier ces espèces en détail sur le terrain afin de définir des priorités et des stratégies de conservation. Cette connaissance de la classification des espèces est d’autant plus nécessaire que de nombreuses menaces pèsent sur ces animaux. La fragmentation, l’altération ou la destruction des habitats et le processus de changement climatique, constituent deux facteurs principaux d’extinction d’espèces.

En 12 ans, entre la synthèse de Koopman (1993) et celle de Simmons (2005), c’est plus de 191 espèces nouvelles qui ont été décrites pour la Science, avec le compteur qui est passé de 925 à 1116 espèces (Figure 1). A ce jour, plus de 1232 espèces de chauves-souris seraient maintenant dénombrées (Simmons comm. pers.).

Figure 1: Evolution du nombre de description d'espèces chez les chiroptères de 1993 à 2010.

Yann & Meriadeg

Références bibliographiques

Koopman, K. F. 1993. Order Chiroptera. Pp. 137-241 in Wilson, D. E., and D. M. Reeder, eds. Mammal species of the world. A taxonomic and geographic reference, 2nd ed. Smithsonian Institution Press, Washington, DC.

Simmons, N. B. 2005. Order Chiroptera. Pp. 312-529 in Wilson, D. E., and D. M. Reeder, eds. Mammal species of the World. A taxonomic and geographic reference, 3rd edition. Johns Hopkins University Press, Washington.

Spéciation part 2.

mercredi, septembre 1st, 2010

La spéciation peut se faire selon différents modèles.
La spéciation allopatrique, issue de la division d’une espèce en deux par un évènement géographique, est un modèle de spéciation souvent considéré. L’équipe de Baker (Texas Tech University) l’aurait mis en évidence chez un Phyllostomidae, séparé en deux espèces avec la division de son aire de répartition par le soulèvement des Andes. L’arrêt des échanges entre les deux populations mène progressivement à la formation de deux espèces.
Un autre modèle de spéciation existe, la spéciation sympatrique, où de nouvelles espèces apparaissent dans une même aire géographique. Les ultrasons constituent un axe de recherche majeur dans ce domaine. Une étude menée par Stephen Rossiter (Queen Mary University of London) sur des Rhinolophes asiatiques (Rhinolophus spp.) caractériserait l’apparition (à partir d’un ancêtre commun) de nouvelles espèces due à l’utilisation de différentes fréquences d’émission. Ces dernières seraient responsables de l’utilisation de différentes niches écologiques basées sur différentes proies. Par ailleurs, la communication entre individus serait affectée et il en résulterait progressivement un arrêt des échanges entre les groupes menant à terme à leur séparation totale.

Mais la théorie est souvent bien différente de la pratique, beaucoup de choses restent à découvrir sur la spéciation. C’est un phénomène très complexe où chaque histoire serait unique.

Yann

Spéciation Part 1.

mercredi, septembre 1st, 2010

Après l’exposé de Nancy Simmons sur le nombre d’espèces dans le monde, Manuel Ruedi (Muséum d’Histoire Naturelle de Genève) a ouvert une journée d’échanges dédiée aux dynamiques de spéciation (processus évolutifs par lequels une nouvelle espèce apparaît) et à la taxonomie (caractérisation des espèces). De part la très grande diversité spécifique, les Chiroptères constituent un modèle d’étude privilégié pour la recherche sur la spéciation. La difficulté d’étudier la spéciation réside tout d’abord dans la difficulté à définir une espèce : « A fly in a wine glass ». Aucun consensus n’existe, une définition possible est « un groupe d’individus partageant un même pool de gènes et isolés d’autres groupes ».

Les limites d’étude de la spéciation sont nombreuses pour les scientifiques :
A. Difficultés à identifier le système de reproduction à cause de la difficulté à identifier les sexes sans captures, manque d’informations sur une possible paternité multiple et la structuration des communautés sociales (harems ?)
B. Manque de recherche sur la reconnaissance des partenaires par les sons (eg. cris sociaux) et éventuellement d’autres sens (toucher et odeur ?)
C. Connaissances très parcellaires sur les barrières inter et intra-spécifiques en général.

L’étude de la spéciation s’appuie sur différents axes de recherches : l’étude des morphotypes (morphologie), des sonotypes (ultrasons) et de nombreuses investigations dans le domaine de la biologie moléculaire (haplotypes, caryotypes et fixation des réarrangements chromosomiques, distance génétique entre séquences de gènes). La force d’une étude réside dans l’utilisation intégrée de ces différentes méthodes.

Yann