RELATIONS ECOLOGIQUES VIRUS / CHIROPTERES – Coronavirus, CoV-SRAS et autres virus de la chirofaune de Thaïlande: Détection, Caractérisation et Ecologie.

SOUTENANCE DE THESE

Vous êtes cordialement invité à la soutenance de thèse de M. Meriadeg Le Gouil, le vendredi 12 Décembre 2008, à 10h, à l’auditorium de la grande galerie de l’évolution (jardin des plantes du MNHN, côté rue Geoffroy St. Hilaire).
Un apéritif sera offert à l’issue de la soutenance pour prolonger la discussion.

Résumé
L’épidémie de syndrome respiratoire atypique sévère (SRAS) de 2002 – 2003 qui, à partir du Guandong en Chine, se propage jusqu’en Afrique du Sud ou au Canada, est le premier phénomène d’émergence du XXIème siècle. A l’origine de cette épidémie, un Coronavirus dont l’écologie implique les chiroptères. La diversité spécifique de ces animaux en Asie du Sud-Est est l’une des plus forte au monde. Dans l’optique de mieux comprendre l’écologie des Coronavirus en milieu sauvage et de déterminer si des virus proches de celui du SRAS circulent en Thaïlande, ces virus sont recherchés chez les chiroptères. Plus de 2000 prélèvements sont analysés (concernant 9 espèces réparties dans 4 familles de Carnivora et 27 espèces réparties dans 8 familles de Chiroptera). D’autres virus sont également recherchés et des cultures de cellules de chiroptères sont réalisées pour les tentatives d’isolement.
Cette étude révèle deux Coronavirus nouveaux, mis en évidence par biologie moléculaire (amorces originales) dont l’un est le groupe frêre du clade portant le Coronavirus responsable du SRAS. L’existence de ce virus en Asie du Sud-Est autorise quelques hypothèses sur l’origine du SRAS en Chine. En outre, plusieurs prélèvements provoquent des effets cytopathiques sur cultures cellulaires originales et l’un d’entre eux montre des particules sphériques de taille et d’aspect compatibles avec une morphologie virale.
Les phénomènes d’émergence sont au coeur de l’actualité sanitaire de ces 30 dernières années et les chiroptères hébergent de nombreux virus (rage, Ebola, Nipah, SRAS …). La connaissance de l’écologie et de la génétique des virus et de leurs hôtes sauvages est une priorité dans la lutte contre l’apparition et pour le contrôle de la dispersion des maladies.

Abstract
The severe atypical respiratory syndrome (SARS) outbreak in 2002 – 2003 which, from Guandong in China, spread to South Africa or Canada, is the first emergence phenomenon of the twenty-first century. The origin of this epidemic is a Coronavirus and involves bats as wild host. The diversity of these animals in Southeast Asia is one of the highest in the world. In order to better understand the ecology of Coronavirus genus in wildlife and whether viruses similar to that of SARS circulate in Thailand, these viruses are sought among Chiroptera. Over 2,000 samples were analyzed (about 9 species distributed in 4 families of Carnivora and 27 species from 8 Chiroptera families). Other viruses are also being sought and bat cell cultures is carried out for isolation attempts.
This study reveals two new Coronavirus, identified by molecular biology (original primers) one of whom is the sister taxa of the SARS Coronavirus clade. The existence of this virus in Southeast Asia allows some theories on the origin of SARS in Asia. In addition, several samples cause cytopathic effects on bat cell cultures and one of them shows spherical particles of size and appearance consistent with a viral morphology.
Emergence phenomena are one of the crucial health topics of these past 30 years and bat host many viruses (rabies, Ebola, Nipah, SARS …). Knowledge of viruses and hosts ecology and genetics in wildlife is a priority in the fight against new outbreaks and for control the spread of diseases.

Chaîne probable des évènements ayant conduits à l'infection humaine par le Coronavirus du SRAS. Probable transmission chain that leads to human SARS Coronavirus infection.

Chaîne probable des évènements ayant conduit à l'infection humaine par le Coronavirus du SRAS. Probable transmission chain that leads to human SARS Coronavirus infection.

(english version of this figure)

Cette figure adaptée est inclue dans le chapitre 8 « Bat-Borne Viral Diseases » de  »Human, Health and Forest – A Global Overview of Issues, Practices and Policy » un ouvrage auquel a participé l’auteur et édité par Carol J. Pierce Colfer. This adapted figure has been included in the chapter 8 « Bat-Borne Viral Diseases » (Jean-Paul Gonzalez, Meriadeg Ar Gouilh, Jean-Marc Reynes and Eric Leroy, 2008) of  »Human, Health and Forest – A Global Overview of Issues, Practices and Policy », a book edited by Carol J. Pierce Colfer.

Le jury est composé des personnes suivantes:

  1. Jean-Claude Manuguerra (co-directeur de thèse):
    Docteur Vétérinaire, docteur de l’université Paris XI, directeur de la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU), Institut Pasteur, Paris.
  2. Bernard Dutrillaux (co-directeur de thèse):
    Directeur de recherche de classe exceptionnelle, USM 601 MNHN; UMR5202 CNRS/MNHN; Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité. Muséum National d’Histoire Naturelle
  3. Astrid Vabret (rapporteur):
    Docteur médical, docteur universitaire; Praticien Hospitalier, Centre Hospitalo-Universitaire de Caen; Professeur associé UFR Médecine, Laboratoire de virologie. Université de Caen Basse-Normandie / EA2128  » Interactions hôtes et microorganismes pathogènes des épithéliums »
  4. Hervé Bourhy (rapporteur):
    Docteur Vétérinaire, docteur de l’université Paris VI, Pierre et Marie Curie; Directeur UPRE  »Dynamique des lyssavirus et Adaptation à l’hôte » (DyLAH). Centre National de Référence de la Rage, Centre Collaborateur OMS de référence et de Recherche. Institut Pasteur.
  5. François Moutou (examinateur):
    Docteur Vétérinaire, Unité Epidémiologie AFSSA-LERPAZ.
  6. Jean Paul Gonzalez (examinateur):
    Docteur médical, docteur universitaire.
    Jusqu’en août 2008: Directeur de recherche. Institut de Recherche pour le Développement, IRD; Unité 178:  »Conditions et territoires d’émergence des maladies », implantation principale: Faculty of Science, Mahidol University, Bangkok, Thailand.
    à partir de Septembre 2008: Directeur général du Centre International de Recherche Médicale de Franceville (CIRMF), Gabon.
  7. Eric Leroy (examinateur):
    Docteur vétérinaire, docteur de l’université Paris VI, Pierre et Marie Curie; Directeur de recherche, UMR190,  »Emergence des Pathologies Virales » (EPV). Institut de Recherche pour le Développement – Université de la Méditerrannée (Marseille). Site du Gabon: Unité des Maladies Virales Emergentes, CIRMF BP 769, Franceville, Gabon.

Merry.

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