Archive for décembre, 2009

Identification des nouvelles espèces de chauves-souris (espèces dites ‘cryptiques’)

dimanche, décembre 27th, 2009

L’utilisation des données génétiques pour séparer les espèces de chauves-souris a réellement pris de l’ampleur à la fin des années 1990. En Europe, le premier cas où des données génétiques ont été utilisées pour démontrer la présence d’espèces cryptiques est celui des pipistrelles (Pipistrellus pipistrellus et P. pygmaeus). Depuis, plus de 10 nouvelles espèces cryptiques ont été découvertes et décrites grâce aux données génétiques (Kiefer & Veith 2001; Mayer & Von Helversen 2001; von Helversen et al. 2001; Kiefer et al. 2002; Ibañez et al. 2006; Mayer et al. 2007). Ce phénomène c’est avéré particulièrement vrai pour les chauves-souris présentes sur les îles comme la Sardaigne (Mucedda et al. 2002), les Açores (Salgueiro et al. 2004; Salgueiro et al. 2007) et la Corse (Castella et al. 2000), mais a également été démontré ces dernières années sur le continent (Ibañez et al. 2006; Mayer et al. 2007).

Deux récentes études génétiques ont montré qu’un nombre non négligeable d’espèces de chauves-souris en Europe représentaient vraisemblablement encore deux espèces ‘cryptiques’ ou plus (Ibañez et al. 2006; Mayer et al. 2007). Le cas de Myotis nattereri est un bon exemple montrant l’utilité des données génétiques. Dans leur étude, Ibañez et al. (2006) ont montré que cette espèce était divisée en trois groupes génétiquement très distincts qui se sont séparés il y a plusieurs millions d’années. Ces groupes représentent des espèces potentielles mais l’analyse d’un nombre plus important d’échantillons de différentes provenances est nécessaire avant de conclure. Par ailleurs, l’étude de Mayer et al. (2007) montre deux Myotis sp. (identifiés comme Myotis nattereri selon les critères morphologiques) en provenance d’Autriche et d’Italie du nord qui sont génétiquement très divergents des M. nattereri d’Europe centrale. Ces individus potentiellement représentent une nouvelle espèce cryptique au sein du ‘complexe’ M. nattereri. Clairement, cette espèce mérite une attention toute particulière. D’autres espèces comme Eptesicus serotinus, Plecotus auritus, Pipistrellus kuhlii ou Hypsugo savii sont également suspectées de cacher des espèces cryptiques (Mayer & Von Helversen 2001; Ibañez et al. 2006). Ces espèces cryptiques sont cependant parfois impossibles à identifier grâce aux caractères morphologiques sur le terrain (Dietz & Von Helversen 2004). C’est bien pour cette raison que ces espèces sont passées inaperçues jusqu’à maintenant ou l’utilisation de données génétiques à permis de les découvrir. Dans ce cas, l’utilisation de la génétiques pour assigner les individus à une espèce est direct et très efficace (Clare et al. 2007; Mayer et al. 2007).

Si les études citées ci-dessus ne mentionnent pas la présence d’espèces cryptiques pour certaines espèces, cela ne veut pas dire qu’elles n’existent pas. Tant que toutes les espèces n’auront pas fait l’objet d’un échantillonnage géographique exhaustif, il sera impossible d’infirmer la présence de nouvelles espèces cryptiques, même au sein des espèces les plus communes. En effet, suite à des analyses acoustiques de pipistrelles dans le sud de la France, il n’est pas impossible que derrière les noms de Pipistrellus pipistrellus ou Pipistrellus pygmaeus, se cache encore une espèce non décrite. En France métropolitaine, les nouvelles espèces décrites depuis la fin des années 1990 sont au nombre de quatre, Pipistrellus pygmaeus, Plecotus macrobullaris, Myotis alcathoe et Myotis escalerai. Sur le terrain, ces espèces ne sont pas toujours faciles à différencier de leur espèce ‘sœur’, morphologiquement très proches. La récolte conjointe de données morphologiques, génétiques et d’écholocation est une étape primordiale vers une meilleure connaissance et reconnaissance des espèces présentes sur notre territoire. Alors que la reconnaissance de deux espèces chez les pipistrelles communes (Pipistrellus pipistrellus et Pipistrellus pygmaeus) remonte à plus de 10 ans, la discrimination morphologique des deux espèces n’est pas toujours évidente, voir parfois même difficile. De nombreux critères morphologiques permettant de discriminer les deux espèces ont été reportés (‘Y’ alaire, ratio de phalanges, bosse entre les narines, etc.) mais il semble qu’aucun d’entre eux ne soit fiable à 100% dans l’ensemble de l’aire de répartition des deux espèces (obs. pers.). Il est donc très important de regarder et noter le maximum de caractères morphologiques pour augmenter la fiabilité de l’identification. Par ailleurs, il est primordial de replacer l’espèce dans un contexte régional plutôt que de se fier à des critères morphologiques provenant d’autres régions ou pays (parfois non fiables). Ceci souligne la nécessité de rendre les résultats d’études morphologiques régionales disponibles, soit par le biais de publications, soit par le biais de sites internet.

En France métropolitaine, les espèces qui parfois posent des problèmes d’identification sont les suivantes :

1- Myotis mystacinus/M. alcathoe (accessoirement, M. brandtii). Certains des critères dentaires reportés dans la littérature ne s’avèrent pas fiables à 100% (Y. Le Bris & A. Le Houédec, com. pers., obs. pers.). Nous essayerons de rédiger un article propre à ce problème prochainement.

2- Pipistrellus pipistrellus/P. pygmaeus. Plusieurs critères morphologiques discriminant les deux espèces ont été proposés mais très peu de données sont disponibles sur leur fiabilité et validité dans différentes régions. Un article récapitulant ces critères ainsi que leur validité/fiabilité serait le bienvenue.

3- Myotis nattereri/M. escalerai. A ce jour, les connaissances sur M. escalerai restent très parcellaires et mis à part le fait qu’il s’agit à priori d’une espèce exclusivement cavernicole en période de reproduction, il n’existe pas de publication décrivant les différences morphologiques entre les deux espèces (Ibanez et al. se contentant de mentionner que M. escalerai se différencie de M. nattereri par ses poils distincts sur la frange de l’uropatagium [… these bats can be distinguished by distinct fringing hairs in the tail membrane], donnée non utilisable en l’absence de description plus détaillée). Il reste néanmoins à vérifier la description de Cabrera en 1904 dans lequel certains critères pourraient être donnés (ce qui ne semble pas le cas du fait que Ibanez et al. n’en mentionne rien). Une recherche à ce sujet ainsi qu’un bilan des données dont nous disposons actuellement serait très utile pour correctement identifier les individus sur le terrain sans avoir à passer par les analyses génétiques, seul moyen actuel de discriminer les deux espèces de manière fiable.

Si vous êtes intéressé pour rédiger un article à propos des espèces cryptiques mentionnées ci-dessous, n’hésitez pas à vous lancer. Si vous pensez que d’autres espèces posent des problèmes d’identification, reportez ces problèmes afin que nous puissions en discuter.

Séb.

Références

Castella, V., Ruedi, M., Excoffier, L., Ibañez, C., Arlettaz, R. & Hausser, J. 2000. Is the Gibraltar Strait a barrier to gene flow for the bat Myotis myotis (Chiroptera: Vespertilionidae)? Molecular Ecology 9: 1761-1772.

Clare, E.L., Lim, B.K., Engstrom, M.D., Eger, J.L. and Hebert, P.D.N. (2007). DNA barcoding of Neotropical bats: species identification and discovery within Guyana. Molecular Ecology Notes 7: 184-190.

Dietz, C. and Von Helversen, O. (2004). Illustrated identification key to the bats of Europe.

Ibañez, C., Garcia-Mudarra, J.L., Ruedi, M., Stadelmann, B. and Juste, J. (2006). The Iberian contribution to cryptic diversity in European bats. Acta Chiropterologica 8(2): 277-297.

Kiefer, A., Mayer, F., Kosuch, J., Helversen, O.v. and Veith, M. (2002). Conflicting molecular phylogenies of Eurpean long-eared bats (Plecotus) can be explained by criptic divesity. Molecular Phylogenetics and Evolution 25: 557-566.

Kiefer, A. and Veith, M. (2001). A new species of long-eared bat from Europe (Chiroptera: Verspertilionidae). Myotis 39: 5-16.

Mayer, F., Dietz, C. and Kiefer, A. (2007). Molecular species identification boosts bat diversity. Frontiers in Zoology 4: 4.

Mayer, F. and Von Helversen, O. (2001). Cryptic diversity in European bats. Proceedings of the Royal Society of London, B 268: 1825-1832.

Mucedda, M., Kiefer, A., Pidinchedda, E. and Veith, M. (2002). A new species of long-eared bat (Chiroptera, Vespertilionidae) from Sardinia (Italy). Acta Chiropterologica 4(2): 121-135.

Salgueiro, P., Coelho, M.M., Palmeirim, J.M. and Ruedi, M. (2004). Mitochondrial DNA variation and population structure of the island endemic Azorean bat (Nyctalus azoreum). Molecular Ecology 13: 3357-3366.

Salgueiro, P., Ruedi, M., Coelho, M.M. and Palmeirim, J.M. (2007). Genetic divergence and phylogeography in the genus Nyctalus (Mammalia, Chiroptera): implications for population history of the insular bat Nyctalus azoreum. Genetica 130(2): 169-181.

von Helversen, O., Heller, K.-G., Mayer, F., Nemeth, A., Volleth, M. and Gombkötö, P. (2001). Cryptic mammalian species: a new species of whiskered bat (Myotis alcathoe n. sp.) in Europe. Naturwissenschaften 88: 217-223.

Le champignon du ‘White-Nose Syndrome’ (Geomyces destructans) découvert en Europe

mardi, décembre 8th, 2009

Suite à notre article de Mars 2009 dans lequel nous suspections la présence en France du champignon associé au White Nose Syndrome (WNS), nous avons fait des prélèvements et effectué diverses analyses en laboratoire. Les résultats qui seront très prochainement publiés dans le journal Emerging Infectious Diseases confirment clairement la présence du champignon Geomyces destructans chez une espèce Européenne, Myotis myotis. Cette étude est la première à mettre en évidence ce champignon en dehors du Nord-Est des Etats-Unis. Elle discute les conséquences d’une telle découverte et souligne la nécessité d’étudier le champignon eu Europe. Un nouvel article donnant plus de détails sur cette étude sera posté sur ce site dès la publication de l’article original dans Emerging Infectious Diseases.

Duvet blanc sur le museau d'une <i>Myotis myotis</i>, du à l'infection par le champignon parasite <i>Geomyces destructans</i>.

Duvet blanc sur le museau d'un grand Murin, attribué au champignon géomyce destructeur.

Autres articles liés au WNS postés en cours d’année sur ce même site :

WNS en France ?

Géo-localisation des cas suspects de Syndrome du Museau Blanc

Infos pratiques sur le WNS et les visites de sites d’hivernage à chauves-souris

Suspicion d’apparition du Syndrome du Nez Blanc en France, conseils pour les prélèvements

Protocole de prélèvement non invasif sur chiroptères

Si vous observez des cas possibles de WNS ou que vous voulez plus d’informations sur le WNS, n’hésitez pas à poster un commentaire ou nous contacter directement par e-mail si urgent.

Séb.