Archive for the ‘Taxinomie’ Category

La radiation des chauves-souris modernes, l’histoire d’une découverte inespérée en Afrique du Nord.

mercredi, mai 24th, 2017

2009, un mois après le commencement de ma thèse sur les chiroptères fossiles éocènes, j’embarquais avec l’équipe de paléontologie de Montpellier et le géologue Gilles Merzeraud à bord d’un bateau en direction de la Tunisie. Nous avions alors pour objectif de retourner dans la région de Kasserine pour poursuivre les prospections et découvrir de nouveaux sites fossilifères datant de l’Eocène inférieur-moyen. L’une des localités, Chambi, datée à la limite fin Eocène inférieur − début Eocène moyen (Mebrouk et al.1997, Adaci et al. 2007 ; Coster et al. 2012), avait déjà révélé de rares fossiles de chiroptères : une dent et un fragment de mandibule appartenant à un Philisidae ancien Dizzya exultans et une dent fragmentaire appartenant à un Rhinolophoïde indéterminé (Sigé 1985). Nous y sommes donc retournés avec la ferme intention d’y découvrir de nouveaux fossiles de chiroptères et ainsi alimenter ma thèse qui en avait bien besoin. Arrivés in situ au flanc du djebel (mont en arabe) Chambi, à l’aide des indications relevées dans la bibliographie, nous avons pu retrouver le fameux banc de calcaire induré issu de dépôts fluvio-lacustres qui contenait ces fossiles.

Banc de calcaire lacustre fossilifère situé au flanc du djebel Chambi, région de Kasserine, Tunisie.

Banc de calcaire lacustre fossilifère situé au flanc du djebel Chambi, région de Kasserine, Tunisie.

En parcourant le niveau et en observant la surface de la roche, nous avons immédiatement décelé le potentiel du site. Nous avons alors prélevé plus d’une centaine de kilos de bloc rocheux.

Chantier de fouille dans les Gour Lazib (Algérie).

De retour à Montpellier et après traitement du sédiment par attaques acides−lavage−tamisage, plus de 500 spécimens de chiroptères fossiles furent découvert, sauvant par la même occasion mes trois années de thèse. Ces spécimens sont, par contre, essentiellement composés de dents isolées et de quelques fragments de mandibules. Un beau et passionnant puzzle m‘attendait.

Échantillon du matériel retrouvé à Chambi (Tunisie) et au Glib Zegdou (Algérie)

L’étude de ce matériel, associé à des spécimens provenant d’une autre localité sub-contemporaine d’Algérie (Glib Zegdou, dans la région des Gour Lazib, Hammada du Dra), est maintenant publiée dans Géodiversitas, la revue du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris (Ravel et al. 2016). Ce nouveau matériel nous permet d’apprécier l’étonnante diversité morphologique des chiroptères d’Afrique du Nord en place dès la fin de l’Eocène inférieur. Ces chiroptères se distinguent par leur morphologie des formes archaïques que l’on retrouve sur les autres continents à la même époque (i.e., Onychonycteridae Simmons et al., 2008, Icaronycteridae Jepsen, 1966, Archaeonycteridae Revilliod, 1917, Hassianycteridae Habersetzer & Storch, 1987, Palaeochiropterygidae Revilliod, 1917 et Tanzanycteridae Gunnell et al., 2003). Une approche systématique a permis d’identifier dix nouveaux taxons en plus des deux espèces de Philisidae déjà connues (Ravel et al. 2015). Cette nouvelle faune montre de nombreuses similitudes avec les faunes abondantes plus récentes issues des karsts éocènes du Quercy dans le Sud-Ouest de la France (Maitre 2008 ; Maitre et al. 2014). Il est possible d’attribuer ces espèces à 5 familles modernes de chiroptères (dont 4 actuelles) : un Necromantidae (?Necromantis fragmentum Ravel, n. sp.), deux Hipposideridae Miller, 1907 (?Palaeophyllophora tunisiensis Ravel, n. sp. et Hipposideros (Pseudorhinolophus) africanum Ravel, n. sp.), trois Emballonuridae Gervais in de Castelnau, 1855 (Vespertiliavus kasserinensis Ravel, n. sp., ?Vespertiliavus aenigma Ravel, n. sp., et Pseudovespertiliavus parva Ravel n. gen., n. sp.), un Nycteridae (Khoufechia gunnelli Ravel n. gen., n. sp.) ainsi qu’un Ves­pertilionidae indéterminé. Deux autres taxons, Chambinycteris pusilli Ravel n. gen., n. sp. et Drakonycteris glibzegdouensis Ravel n. gen., n. sp., présentent une morphologie dentaire originale, ce qui ne permet pas de les attribuer de manière formelle à des familles connues.

L’étude est complétée par deux analyses cladistiques qui ont permis de clarifier la position phylogénétiques des taxons les mieux documentés et de proposer des scénarios de dispersion pour certains groupes. Les résultats mettent en évidence un axe majeur de dispersion des chiroptères Hipposi­deridae et Emballonuridae depuis l’Afrique du Nord vers le Sud de l’Europe durant l’Éocène moyen. A l’inverse, les Nycteridae, comprenant Chambinycteris pusilli Ravel n. gen., n. sp., semblent avoir une histoire bien ancrée en Afrique. La présence d’une telle concentration de fossiles et d’une telle diversité dans des dépôts fluvio-lacustres est surprenante pour des formes modernes cavernicoles jusque-là presque exclusivement inféodées aux dépôts karstiques (présence d’anciennes cavités ; Maitre 2014). Cependant une telle agrégation de restes appartenant à des chauves-souris cavernicoles peut s’expliquer par le lessivage d’un réseau ancien de grottes après une montée des eaux.

Anthony Ravel pour le Chiroblog

Article de référence :

Ravel A, Adaci M, Bensalah M, Charruault A-L, Essid EM, Ammar HK, Marzougui W, Mahboubi M, Mebrouk F, Merzeraud G, Vianney-Liaud M, Tabuce R & Marivaux L (2016). Origine et radiation initiale des chauves-souris modernes : nouvelles découvertes dans l’Éocène d’Afrique du Nord. Geodiversitas, 38 (3), 355-434. http://dx.doi.org/10.5252/g2016n3a3

Références bibliographiques :

Adaci M, Tabuce R, Mebrouk F, Bensalah M, Fabre P-H, Hautier L, Jaeger J-J, Lazzari V, Mahboubi M, Marivaux L, Otero O, Peigné S & Tong H (2007). Nouveaux sites à vertébrés paléogènes dans la région des Gour Lazib (Sahara nord-occidental, Algérie). Comptes Rendus Palevol, 6, 535-544. http://dx.doi.org/10.1016/j.crpv.2007.09.001

Coster P, Benammi M, Mahboubi M, Tabuce R, Adaci M, Marivaux L, Bensalah M, Mahboubi S, Mahboubi A, Mebrouk F, Maameri C & Jaeger J-J (2012). Chronology of the Eocene continental deposits of Africa: magnetostratigraphy and biostratigraphy of the El Kohol and Glib Zegdou Formations. Geological Society of America Bulletin, 124, 1590-1606. http://dx.doi.org/10.1130/B30565.1

Maitre E, Sigé B & Escarguel G (2008). A new family of bats in the Paleogene of Europe: Systematics and implications for the origin of emballonurids and rhinolophoids. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie, Abhandlungen, 250, 199-216. http://dx.doi.org/10.1127/0077-7749/2008/0250-0199

Maitre E (2014). Western European middle Eocene to early Oligocene Chiroptera: systematics, phylogeny and paleoecology based on new material from the Quercy (France). Swiss journal of Palaeontology, 133, 141-242. http://dx.doi.org/10.1007/s13358-014-0069-3

Mebrouk F, Mahboubi M, Bessedik M & Feist M (1997). L’apport des charophytes à la stratigraphie des formations continentales paléogènes de l’Algérie. Geobios, 30 (2), 171-177. http://dx.doi.org/10.1016/S0016-6995(97)80221-5

Ravel A, Adaci M, Bensalah M, Mahboubi M, Mebrouk F, Essid EM, Marzougui W, Ammar HK, Charruault A-L, Lebrun R, Tabuce R, Vianey-Liaud M & Marivaux L (2015). New philisids (Mammalia, Chiroptera) from the Early- Middle Eocene of Algeria and Tunisia: new insight into the phylogeny, paleobiogeography and paleoecology of the Philisidae. Journal of Systematic Palaeontology, 13 (8), 691-709. http://dx.doi.org/10.1080/14772019.2014.941422

Sigé B. (1985). Les chiroptères Oligocènes du Fayum, Égypte. Geologica et Palaeontologica, 19, 161-189.

 

La pipistrelle de Kuhl n’est pas schizo !

samedi, décembre 26th, 2015

L’analyse génétique est un formidable outil pour identifier les espèces et révéler à nos yeux des diversités insoupçonnées, en particulier chez les groupes très divers à la morphologie peu évidente. C’est notamment le cas des chauves-souris. Si les perspectives offertes par l’étude de l’ADN peuvent nous rendre enthousiastes, il faut cependant savoir rester prudent au moment de tirer des conclusions. Dans une étude publiée début août dans la revue PLoS ONE (Andriollo et al. 2015), nous résolvons un problème soulevé depuis le début des années 2000 et qui laissait planer le doute quant à l’existence d’une diversité cachée chez la Pipistrelle de Kuhl.

Deux lignées mitochondriales profondément divergentes. Euh… vous pouvez-répéter ?

Le génome mitochondrial est une partie de l’ADN qui est contenu hors du noyau des cellules, et il est transmis uniquement par les femelles. Autrement dit, ce serait comme un nom de famille que l’on hériterait de sa mère. En 2003, un groupe de chercheurs espagnols étudiant l’ADN de pipistrelles a montré qu’il existe deux lignées mitochondriales complètement différentes chez Pipistrellus kuhlii (Pestano et al. 2003). Si différentes que c’est typiquement le genre de divergences que l’on observe entre deux espèces distinctes… Y aurait-t-il deux espèces en une ? Gare aux conclusions hâtives ! Pour savoir si les Martin et les Dupont se reproduisent entre eux, inutile de chercher si des Marpont ou des Dutin existent… il faut se glisser dans leurs affaires intimes !

Les chauves-souris n’ont pas Facebook… comment savoir qui couche avec qui ?

Pour apporter une réponse à cette question, nous avons donc analysé un autre type d’ADN, celui du noyau des cellules, et qui est hérité en parts égales de chacun des deux parents. Son étude est plus fastidieuse, mais elle est nécessaire pour répondre à la question biologique qui nous intéresse : les individus possédant des types d’ADN mitochondrial différents se reproduisent-ils entre eux (appartenant ainsi à une seule et même espèce), ou non (il s’agirait alors de deux espèces que l’on n’avait jamais su distinguer auparavant) ? L’ADN du noyau nous a permis d’élucider ce mystère : il y a davantage de différences entre les individus d’Europe et d’Afrique du Nord d’une même lignée mitochondriale (partageant le même « nom de famille ») qu’entre les individus d’Europe de lignées mitochondriales différentes (de « noms de familles » différents) ! Les individus européens se reproduisent donc entre eux, même s’ils portent des génomes mitochondriaux très différents. Si elle est inhabituelle, comment expliquer l’existence d’une telle diversité mitochondriale ?

(si la vidéo ne se lance pas correctement dans firefox, suivez le correctif décrit ici.)

Pas de nouvelle espèce ? C’est nul !

En effet, on montre qu’il n’y a qu’une seule espèce regroupant simplement des lignées très anciennes, mais le plus dur était de prouver que les individus qui les portaient se mélangeaient ! Par ailleurs, on ne revivra pas l’exemple de la Pipistrelle pygmée, longtemps confondue avec la Pipistrelle commune : aujourd’hui elle est bel et bien reconnue comme espèce distincte, mais du coup, cela a remis en doute toutes les études antérieures qui ne faisaient pas la différence entre ces deux espèces ! Enfin, cela nous apprend la prudence avant de crier à l’existence d’espèces cachées sur la seule base de marqueurs génétiques hérités d’un seul parent. Ces résultats « négatifs » ne vont donc pas compliquer le travail des protecteurs, puisque la classification des Pipistrellus kuhlii ouest européennes se rapporte bien à une seule espèce. C’est donc une bonne nouvelle, non ?

Tommy Andriollo, avec l’aimable relecture de Lucie Cauwet et Manuel Ruedi.

Références bibliographiques

Andriollo T., Naciri Y. & M. Ruedi (2015). Two mitochondrial barcodes for one biological species: the case of European Kuhl’s pipistrelles (Chiroptera). PLoS ONE, 10: e0134881. doi: 10.1371/journal.pone.0134881.

Pestano J., Brown R.P., Suarez N.M. & S. Fajardo (2003). Phylogeography of pipistrelle-like bats within the Canary Islands, based on mtDNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 26: 56-63. doi:10.1016/S1055-7903(02)00307-X.

Rétrospective 2014

jeudi, janvier 1st, 2015
2014 aura été une année riche pour le Chiroblog, avec 14 articles et 15 contributeurs sur des sujets très variés ! Après une sélection d’articles scientifiques en Février, nous vous avons proposé de nombreux sujets liés à la conservation des chiroptères : risques de l’ivermectine par Jade, micro-habitats d’arbres par Baptiste, pollution lumineuse par Aurélie, trajectographie par Charlotte, échantillonage acoustique en forêt par Jérémy ou encore prédation de lichis à Madagascar par Rado. Philippe nous a parlé de ses suivis de populations en Albanie, Fiona, Céline et Benjamin dans les petites îles méditerannéennes et Marguerite et Vincent présenté les activités du Groupe Chiroptères Guyane. Pour ce qui est de la systématique, Sébastien et Benjamin nous ont présenté la nouvelle espèce de Minioptère décrite pour le Maghreb et Antony nous a parlé de ses travaux sur les fossiles de Rhinolophes Troglodytes en Chine. Dans un registre comportemental, Sébastien nous a présenté le rôle de l’écholocation dans le choix du partenaire chez les Rhinolophes. Merci beaucoup à tous les contributeurs pour leur participation à la vie de blog. Nous attendons avec impatience les nouveaux articles pour l’année 2015 !
Yann pour l’équipe du Chiroblog

Description d’une nouvelle espèce de Minioptère dans l’ouest Paléarctique

lundi, mai 5th, 2014

La dernière décennie a vu bon nombre de nouvelles espèces de Chiroptères décrites, y compris dans l’ouest du Paléarctique. Parmi ces espèces nouvellement décrites, une large majorité constitue ce que l’on appelle des espèces cryptiques, c’est-a-dire des espèces qui sont morphologiquement très proches d’une ou plusieurs autres espèces. Ces fortes similarités morphologiques sont les raisons pour lesquelles ces espèces ont échappées (au sens figuré du terme) aux taxonomistes traditionnels utilisant très souvent uniquement des caractères morphologiques pour identifier et différencier les espèces.

Dans l’étude tout juste publiée dans la Revue internationale Zootaxa, nous avons utilisé une approche intégrative combinant des analyses cranio-dentaires, des marqueurs moléculaires mitochondriaux et nucléaires ainsi que des données acoustiques pour démontrer la présence dans le genre Miniopterus d’une espèce cryptique en provenance du Maghreb. Cette espèce était auparavant reconnue en tant que Miniopterus schreibersii (Kuhl, 1817). Miniopterus maghrebensis sp. nov. est différencié de M. schreibersii sensu stricto sur la base de caractères crâniaux ainsi que des marqueurs moléculaires mitochondriaux et des microsatellites. Bien que de petites différences morphologiques externes et acoustiques aient été notées entre les deux espèces, ces critères à eux seuls ne permettent pas d’identifier de manière fiable les animaux sur le terrain. Sur la base d’identifications morphologiques et/ou génétiques de spécimens, M. maghrebensis sp. nov. s’étends du nord du Maroc jusqu’au sud des montagnes du Haut Atlas et au nord de la Tunisie. Cette nouvelle espèce cryptique est trouvée en sympatrie avec M. schreibersii s.str. près des régions côtières d’Afrique du Nord.

Le PDF de l’article entier avec entre autres des photos d’individus de la nouvelle espèce et des données acoustiques est disponible gratuitement en cliquant sur le lien suivant : http://www.mapress.com/zootaxa/2014/f/zt03794p124.pdf

Sébastien & Benjamin (au nom de tous les coauteurs).

Référence bibliographique
Puechmaille SJ, Allegrini B, Benda P, Gürün K, Šrámek J, Ibañez C, Juste J, Bilgin R (2014) A new species of the Miniopterus schreibersii species complex (Chiroptera: Miniopteridae) from the Maghreb Region, North Africa. Zootaxa, 3794, 108-124.

 

Systématique et phylogéographie des chauves-souris frugivores d’Afrique (Chiroptera, Epomophorinae) – zoom sur les travaux de thèse de Nicolas Nesi

lundi, novembre 11th, 2013

Les Pteropodidae (ou Megachiroptères) constituent l’une des familles les plus diversifiées de chiroptères (environ 190 espèces). Ils présentent des caractéristiques morphologiques particulières telles qu’une face avec un museau allongé, de grands yeux, et de petites oreilles qui les distinguent facilement des autres chauves-souris. Cette famille contient les plus grandes chauves-souris connues (Pteropus vampyrus, envergure 1.7 m) mais également des espèces relativement petites (Syconycteris hobbit, avant-bras 50 mm). Contrairement aux autres chauves-souris qui s’orientent la nuit grâce à un système d’écholocation (« Microchiroptère »), les Pteropodidae possèdent une très bonne vision nocturne grâce à une membrane réfléchissante située au fond de l’œil qui amplifie la lumière (tapetum lucidum). Seul le genre Rousettus vivant dans les grottes, dispose d’un système d’écholocation qui repose sur l’émission d’ultrasons créés par des claquements de langue. Toutes les espèces de ce groupe ont un régime alimentaire frugivore et/ou nectarivore et sont présentent dans les régions tropicales et subtropicales de l’Ancien monde, de l’Afrique à l’Australie et les îles du Pacifique en passant par l’Inde et le Sud-Est asiatique.

En Afrique sub-saharienne on trouve 24 espèces de Pteropodidae appartenant à la sous-famille africaines des Epomophorinae plus 3 espèces appartenant à la sous-famille des Rousettinae. Les caractéristiques les plus remarquables des Epomophorinae sont la présence de plis palataux qui correspondent aux formes que prend la peau au niveau du palais. Le pattern des plis palataux est unique pour la grande majorité des espèces d’Epomophorinae ce qui permet leur identification sur le terrain (Bergmans, 1987 ; Fig. 1).


Figure 1: Plis palataux d’Epomops franqueti

La seconde particularité chez ce groupe est la présence de caractères sexuels secondaires chez les mâles adultes. Chez les espèces appartenant à la tribu des Epomophorini, les caractères sexuels secondaires correspondent à des touffes de poils colorées et érectiles au niveau des épaules (sauf chez H. monstrosus) et à des sacs pharyngaux utilisés pour émettre de puissants cris ressemblant aux chants des grenouilles durant la parade nuptiale (Fig. 2). Pour les espèces appartenant à la tribu des Myonycterini ils se traduisent par une collerette de poils colorés entourant le cou de l’animal (Fig. 3). Comme chez de nombreux autres groupes de chauves-souris, les Epomophorinae ont été associées à la circulation sauvage de virus émergents chez l’homme (Coronaviridae, Paramyxoviridae et Filoviridae notamment). Plus particulièrement, trois d’entre elles (Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata) ont été identifiées comme porteuses du virus de la fièvre hémorragique Ebola responsable de plusieurs épidémies humaines en Afrique centrale au cours des dernières décennies (Leroy et al., 2005).

Figure 2: Epomops buettikoferi male adulte (Epomophorini, Côte d’Ivoire) avec ses épaulettes déployées.

Figure 3: Myonycteris leptodon male adulte (Myonycterini, Côte d’Ivoire) avec sa collerette.

Mon sujet de thèse a portée l’étude des relations évolutives des chauves-souris africaine de la sous-famille des Epomophorinae et sur l’analyse phylogéographique des espèces distribuées en Afrique de l’Ouest et Afrique centrale. Les objectifs étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces.

Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens collectés dans plusieurs pays d’Afrique (République centrafricaine, Gabon, Cameroun, Côte d’Ivoire, RDC…). L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal du génome nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus (voir Nesi et al. 2011). Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Le pattern mitochondrial polyphylétique trouvée dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus et l’étude des flux de gènes sous un modèle d’isolation/migration (IM) ont suggéré des évènements passées et/ou actuel d’hybridation inter-spécifique et une spéciation « en cours » chez la radiation de ce complexe.

Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (plus de 11000 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens représentant la quasi-totalité des espèces africaines connues, a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle classification des chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini) au lieu des quatre initialement reconnues. Stenonycteris est reconnus comme un genre différent du genre Rousettus et définie la nouvelle tribu des Stenonycterini incluant une seule espèce, S. lanosus. Ce résultat suggère que l’écholocation chez les Pteropodidae aurait été acquise de manière indépendante chez le genre Rousettus et le genre Stenonycteris, probablement en lien avec leur mode de vie cavernicole, ou bien que ce caractère fut perdu chez l’ancêtre commun de la tribu des Epomophorini et des Myonycterini probablement suite au changement d’un mode de vie cavernicole à forestier.

Des changements taxonomiques ont été décrits dans la plupart des genres (Myonycteris, Megaloglossus, Scotonycteris). Par exemple l’espèce Myonycteris leptodon a été réhabilitée et une nouvelle espèce, Megaloglossus azagnyi a été décrite en Afrique de l’Ouest (Nesi et al. 2013). Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de quatre espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Epomophorus gambianus, Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Nos résultats ont montré que les différentes espèces d’Epomophorinae, et notamment les réservoirs du virus Ebola, ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.

Nicolas pour le Chiroblog

Filet utilisé pour la capture des chauves-souris frugivores en forêt tropicales (Epomops).

Références bibliographiques

Bergmans, W., (1988). Taxonomy and Biogeography of African fruit bats (Mammalia, Megachiroptera). 1. General introduction; Material and Methods; Results: The genus Epomophorus Bennett, 1836. Beaufortia, 38, 75-146.

Javier, J. B., Alvarez, Y., Tabarés, E., Garrido-Pertierra, A., Ibáñez, C., Bautista, J.M., (1999). Phylogeography of African fruitbats (Megachiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 13, 596-604.

Leroy, E., Kumulungui, B., Pourrut, X., Rouquet, P., Hassanin, A., Yaba, P., Délicat, A., Paweska, J.T., Gonzalez, J-P., Swanepoel, R. (2005). Fruit bat as reservoirs of Ebola virus. Nature, 438, 575-6.

Nesi, N., Nakouné, E., Cruaud, C., & Hassanin, A. (2011). DNA barcoding of African fruit bats (Mammalia, Pteropodidae). The mitochondrial genome does not provide a reliable discrimination between Epomophorus gambianus and Micropteropus pusillus. Comptes rendus biologies, 334(7), 544–54.

Nesi, N., Kadjo, B., Pourrut, X., Leroy, E., Pomgombo Shongo C., Cruaud C., Hassanin A., (2013). Molecular systematics and phylogeography of the tribe Myonycterini (Mammalia, Pteropodidae) inferred from mitochondrial and nuclear markers. Molecular phylogenetics and Evolution, 66, 126-37.

Sélection d’articles en Octobre

mardi, octobre 15th, 2013

Une riche sélection d’articles scientifiques vous attend pour ce mois d’Octobre 2013 :

– Un article sur le Syndrome du Museau Blanc avec des analyses histopathologiques sur des chauves-souris européennes infectées par Geomyces destructans. L’étude confirme le fait que le champignon Geomyces destructans est à l’origine des lésions sur les ailes des animaux européens– avec un impact bien moindre du champignon sur les chauves-souris d’Europe comparées à leur congenères d’Amérique du Nord [Télécharger le PDF].

– Un article sur la taxonomie du genre Myotis à l’échelle mondiale. L’étude met en évidence – à l’aide d’arbres phylogénétiques et de modèles biogéographiques – les origines et la radiation du genre à l’échelle mondiale [lien vers le résumé].

– Une autre étude taxonomique, sur des espèces de la famille des Phyllostomidae. Cette étude se base sur des génomes mitochondriaux pour reconstruire la taxonomie des principales « branches » de la famille [lien vers le résumé].

– Une étude basée sur de nombreux marqueurs moléculaires qui identifie la structure actuelle des populations ainsi que les réfuges glaciaires du Petit Rhinolophe lors des récentes glaciations et la recolonisation de l’espèce dans le Paléarctique Ouest [lien vers le résumé].

– Une publication sur les perspectives de l’utilisation de l’ADN pour contrôler les chauves-souris (de l’espèce jusqu’à l’individu) en hibernation, notamment pour limiter le dérangement [Télécharger le pdf].

– Un travail qui étudie les conséquences génétiques de changements climatiques passés (glaciations) et futurs (réchauffement climatique) sur la distribution de l’oreillard gris [lien vers le résumé].

– La taxonomie de Myotis nattereri s’est trouvée récemment bouleversée, l’espèce serait en fait un complexe d’espèces avec notamment le Myotis sp. A. Cette petite note – basée sur des recherches de spécimens dans des Muséums – propose un nouveau nom pour ce taxon [Télécharger le PDF].


Références bibliographiques

Skin lesions in European hibernating bats associated with Geomyces destructans, the etiologic agent of White-Nose Syndrome. Wibbelt G, Puechmaille SJ, Ohlendorf B, Mühldorfer C, Bosch T, Görföl T, Passior K, Kurth A, Lacremans D and Forget F. PLoS ONE, 2013; 8(9): e74105. [doi:10.1371/journal.pone.0074105]

Ruedi, M., Stadelmann, B., Gager, Y., Douzery, E. J. P., Francis, C. M., Lin, L.-K., … Cibois, A. (2013). Molecular phylogenetic reconstructions identify East Asia as the cradle for the evolution of the cosmopolitan genus Myotis (Mammalia, Chiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 69(3), 437–449.

Botero-Castro, F., Tilak, M., Justy, F., Catzeflis, F., Delsuc, F., & Douzery, E. J. P. (2013). Next-generation sequencing and phylogenetic signal of complete mitochondrial genomes for resolving the evolutionary history of leaf-nosed bats (Phyllostomidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 69(3), 728–739.

Non-invasive genetics can help find rare species: a case study with Rhinolophus mehelyi and R. euryale (Rhinolophidae: Chiroptera) in western Europe. Puechmaille S and Teeling E. Mammalia, in press. [doi:10.1515/mammalia-2013-0040]

Phylogeography and postglacial recolonisation of Europe by Rhinolophus hipposideros: evidence from multiple genetic markers. Dool, S, Puechmaille S, Dietz C, Juste J, Ibáñez C, Hulva P, Roue S, Petit E, Jones G, Russo D, Toffoli R, Viglino A, Martinoli A, Rossiter SJ and Teeling E. Molecular Ecology, 2013; 22(15): 4055-4070. [doi:10.1111/mec.12373]

The shaping of genetic variation in edge-of-range populations under past and future climate change.
Razgour O, Juste J, Ibáñez C, Kiefer A, Rebelo H, Puechmaille SJ, Arlettaz R, Burke T, Dawson DA, Beaumont M and Jones G. Ecology Letters, 2013; 16(10): 1258-1266. [doi:10.1111/ele.12158]

Vespertilion (Myotis) latipennis (Crespon, 1844) : un nom pour la nouvelle espèce Myotis sp. A du groupe nattereri ? Allegrini B and Puechmaille SJ. Le Vespère, 2013; 3 181-183.

Convergences évolutives (2) : les Myotis !

vendredi, mars 1st, 2013

La série d’articles consacrées aux convergences évolutives se poursuit. Après les chauves-souris pêcheuses, un second article consacré aux Myotis. Ce genre de chauve-souris est réparti à l’échelle mondiale et comprend plus de 100 espèces. Les murins étaient jusqu’à récemment classés en 3 groupes majeurs d’après leur écomorphologie (Findley 1972) : les glaneurs terrestres, les mangeurs de plancton aérien et les « pêcheurs » à la surface de l’eau. Au sein de ces 3 groupes, les caractéristiques morpho-anatomiques (morphologie + anatomie) reflétaient partiellement l’exploitation de la ressource. Par exemple, M. daubentonii d’Eurasie et M. lucifugus d’Amérique étaient regroupés dans le groupe des Myotis « pêcheurs » par leurs grandes pattes et leurs pieds robustes. L’utilisation de données génétiques est à l’origine d’un bouleversement majeur de la classification et des relations de parenté basées sur les données écomorphologiques. Ainsi, M. daubentonii se révèle être un proche cousin de M. bechsteinii d’Europe dans le groupe nouvellement défini des murins du Paléarctique, M. lucifugus étant lui associé à d’autres espèces dans le groupe américain. Sur la base de convergences écomorphologiques (écologie + morphologie), des espèces avaient été regroupées, considérées comme issues d’un même ancêtre commun proche alors qu’il s’agissait d’équivalents écologiques apparus parallèlement dans différentes régions biogéographiques (Ruedi et Mayer 2001).

Yann pour le Chiroblog

Références bibliographiques

Findley, J.S. 1972. Phenetic relationships among bats of the genus Myotis. Systematic Zoology 21: 31-52.

Ruedi, M. et F. Mayer. 2001. Molecular systematics of bats of the genus Myotis (Vespertilionidae) suggests deterministic ecomorphological convergences. Molecular Phylogenetics and Evolution 21: 436-448.

Actualités en Octobre 2012

vendredi, octobre 5th, 2012

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois d’Octobre 2012 :

– Une article qui résoud un mystère de 65 ans durant lesquels on ne connaissait qu’un seul exemplaire de Paracoelops megalotis, une petite chauve-souris de la famille des Hipposidéridés collectée en 1947 au Vietnam. Personne depuis n’avait jamais réussi à capturer un autre exemplaire de l’espèce qui représente un genre unique. Une re-examination du spécimen type de Paracoelops megalotis a permis de déceller des erreurs importantes dans la description et sa comparaison avec des chauves-souris récemment capturées au Vietnam a permit de conclure que l’espèce n’était autre que Hipposideros pomona, une espèce relativement fréquente en Asie du Sud-Est [télécharger le PDF].

– Une nouvelle phylogénie sur les Murins (Myotis) d’Amérique Centrale et Tropicale a été publiée dans la revue Plos One
[télécharger le PDF]. Sur la base de critères moléculaires, trois nouvelles lignées nt été décrites, elle s’ajoutent aux 15 déjà connues.

– Une publication parue dans le Canadian Journal of Zoology met en évidence l’hybridisation possible
entre les espèces Pipistrellus pipistrellus et P. pygmaeus [lien vers le résumé].

– Un article qui met en évidence l’apprentissage de signaux acoustiques spécifiques aux groupes chez l’Emballonuridae Saccopteryx bilineata, utiles pour la reconnaissance entre individus [lien vers le résumé]

L’équipe du Chiroblog

Références bibliographiques


Thong V.D., Dietz C., Denzinger A., Bates P.J.J., Puechmaille S.J., Callou C. and Schnitzler H-U. (2012). Resolving a mammal mystery: the identity of Paracoelops megalotis (Chiroptera: Hipposideridae). Zootaxa, 3505, 75-85.

Knörnschild, M., Nagy, M., Metz, M., Mayer, F., & von Helversen, O. (2012). Learned vocal group signatures in the polygynous bat Saccopteryx bilineata. Animal Behaviour, 84(4), 761–769. doi:10.1016/j.anbehav.2012.06.029

– Larsen RJ, Knapp MC, Genoways HH, Khan FAA, Larsen PA, et al. (2012) Genetic Diversity of Neotropical Myotis (Chiroptera: Vespertilionidae) with an Emphasis on South American Species. PLoS ONE 7(10): e46578. doi:10.1371/journal.pone.0046578

Sztencel-Jabłonka, A., & Bogdanowicz, W. (2012). Population genetics study of common (Pipistrellus pipistrellus ) and soprano (Pipistrellus pygmaeus) pipistrelle bats from central Europe suggests interspecific hybridization. Canadian Journal of Zoology, 90(10), 1251–1260. doi:10.1139/z2012-092

Actualités en Mai 2012

mardi, mai 15th, 2012

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois de mai 2012 :

– Une publication parue dans PloS One qui développe l’utilisation de minibarcodes d’ADN
pour détecter le régime alimentaire du murin montagnard Plecotus macrobullaris [lien vers le résumé et le PDF].

– Une nouvelle classification de la famille des Emballonuridae de l’Ancien Monde
publiée dans Molecular Phylogenetics and Evolution [lien vers le résumé].

– Une nouvelle espèce du Genre Hipposideros viens d’être décrite et son nom, Hipposideros griffini rend homage au Professeur Donald Redfield Griffin (1915–2003) qui a initié de nombreuses recherches sur l’écholocation chez les chauves-souris [lien vers le résumé].

-La classification du groupe ‘turpis’ chez les Hipposideros viens d’être revue avec à la clé deux sous-espèces elevées au rang d’espèces à part entière et une nouvelle sous-espèce décrite [lien vers le PDF].

– Une publication parue dans Nature communications qui décrit la grande diversité des Paramyxoviridae chez les chauves-souris (et chez les rongeurs) [télécharger la communication]. Comme d’autres familles virales (les Coronaviridae par exemple) les Paramyxoviridae, comportant les genres Henipavirus (Virus Nipah et Hendra), mais aussi Rubulavirus (virus ourlien: « les oreillons ») et Morbillivirus (virus de la rougeole, et virus de la peste-des-petits-ruminants) se sont diversifiés chez de multiples groupes de mammifères et particulièrement chez les grands groupes comme les rongeurs et les chiroptères. Nous reviendrons plus en détail sur cet article dans un post à venir.

Par ailleurs, nous vous rappelons les 3èmes rencontres internationales chauves-souris de Berlin ainsi que le Bat Distribution Viewer qui permet de visionner les cartes de répartition des espèces de chiroptères du monde entier.

L’équipe du Chiroblog

Références bibliographiques

– Alberdi, A., Garin, I., Aizpurua, O., & Aihartza, J. (2012). The Foraging Ecology of the Mountain Long-Eared Bat Plecotus macrobullaris Revealed with DNA Mini-Barcodes. PLoS ONE, 7(4), e35692.

– Ruedi, M., Friedli-Weyeneth, N., Teeling, E. C., Puechmaille, S. J., & Goodman, S. M. (2012). Biogeography of Old World emballonurine bats (Chiroptera: Emballonuridae) inferred with mitochondrial and nuclear DNA. Molecular phylogenetics and evolution, 64(1), 211-204. doi:10.1016/j.ympev.2012.03.019

– Thong, V.D., Puechmaille S.J., Denzinger A., Csorba G., Dietz C., Bates P.J.J., Teeling E.C. and Schnitzler H-U. (2012). A new species of Hipposideros (Chiroptera: Hipposideridae) from Vietnam. Journal of Mammalogy, 93(1), 1-11.

-Thong, V.D., Puechmaille S.J., Denzinger A., Bates P.J.J., Dietz C., Csorba G., Soisook P., Teeling E.C., Matsumura S., Furey N. and Schnitzler H-U. (2012). Systematics of the Hipposideros turpis complex with a description of a new subspecies from Vietnam. Mammal Review, 42(2), 166-192.

– Drexler, J. F., Corman, V. M., Müller, M. A., Maganga, G. D., Vallo, P., Binger, T., Gloza-Rausch, F., et al. (2012). Bats host major mammalian paramyxoviruses. Nature Communications, 3, 796.

Africhiro : une expédition chiroptérologique en Afrique

dimanche, avril 8th, 2012

Il reste de nombreuses connaissances à acquérir sur la chiroptérofaune d’Afrique de l’Ouest, notamment sur la répartition et l’écologie de ces Mammifères. Avec l’accord des autorités locales et l’appui scientifique de Jakob Fahr, une prospection d’une durée de 5 mois de novembre 2010 à mars 2011, dans trois pays d’Afrique de l’Ouest a été menée. Une collaboration a été dévéloppé en Mauritanie avec le Parc National du Diawling, au Sénégal avec le Ministère des Eaux et Forêts et la LPO Mission Internationale et au Mali avec le Ministère des Eaux et Forêts et Mille Traces en France basée en Vercors.

Ainsi, 407 individus sur 54 soirées de capture, de 34 espèces différentes ont pu être capturés (avec les autorisations adéquates), mesurés et identifiés lors de cette étude. De plus, 25 gîtes accueillant des colonies de chauves-souris ont pu être décrits. Des résultats concernant la génétique et l’acoustique des chauves-souris étudiées sont en cours.

Si le travail d’acquisition des connaissances sur les espèces de chauves-souris est nécessaire en Afrique de l’Ouest, il sera indispensable d’y coupler un programme de mise en protection de certains gîtes, notamment de colonies à effectifs notables. De plus, une sensibilisation sur ces Mammifères auprès de la population locale demeure un aspect incontournable de la conservation des Chiroptères en Afrique de l’Ouest, spécialement pour les espèces troglophiles.

Plus d’infos pour le blog créé pour ce projet : africhiro.canalblog.com

Nicolas & Vanessa

Colonie de Rhinolophus fumigatus de 1200 individus au sein d’un baobab au Sénégal, dans la région de Joal-Fadiouth.

Une espèce emblématique de la chiroptérofaune d’Afrique de l’Ouest: Lavia frons ou chauve-souris à ailes orangées.