Archive for the ‘Protocole’ Category

Sélection d’articles récents

jeudi, mars 17th, 2016

Nous vous avons compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

1- Un article qui met en évidence une expansion de l’aire de distribution du Vespère de Savi (Hypsugo savii) en Europe centrale et du Sud-Est. En 20-25 ans, l’espèce se serait déplacée de 800 kilomètres, en colonisant préférentiellement des habitats urbains [lien vers le résumé].

2- Une étude qui met en évidence les cris sociaux du Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii). Ce type de cri, émis aussi bien au gîte que sur les territoires de chasse, présente la structure typique d’un « feeding buzz » [lien vers le résumé].

3- Une publication qui permet de mieux comprendre la manoeuvrabilité des chauves-souris en vol [lien vers le résumé].

4-5- Deux articles sur la propagation de la maladie du museau blanc en Amérique, discutant d’un possible ralentissement de la maladie sur la base de la structure génétique des populations [lien vers le résumé n°1 et le résumé n°2].

6- Une publication qui montre que les chauves-souris en hibernation réagissent peu au bruit de la circulation. Par ailleurs, les animaux répondent plus fortement aux sons émis en fin de journée [lien vers le résumé].

7- Un article sur l’attraction acoustique de chauves-souris (Kerivoula hardwickii) par des structures réflectives de plantes carnivores (Nepenthes hemsleyana). Cette relation est dite mutualiste car la chauve-souris bénéfie d’un gîte tandis que la plante carnivore bénéficie des nutriments contenus dans le guano de la chauve-souris [lien vers le résumé].

8- Une étude qui propose une phylogénie bien résolue de deux familles de chauves-souris – les Rhinolophidae et les Hipposideridae et identifie une nouvelle famille de chauves-souris, les Rhinonycteridae. Ces trois familles auraient divergé en Afrique il y a environ 42 millions d’années [lien vers le résumé].

9- Une étude qui propose une phylogénie bien résolue des Rhinolophidae, dont nos 5 espèces Européennes. Cette étude revèle également la presence de nombreuses espèces cryptiques en Afrique et de cas d’introgression, notament entre R. ferrumequinum et R. clivosus [lien vers le résumé].

10- Une publication sur le régime alimentaire du Rhinolophe euryale, qui identifie notamment la consommation de proies qui proviennent de l’extérieur des terrains de chasse de l’espèce [lien vers le résumé].


Références bibliographiques

1 Uhrin, M. et al. (2015). Status of Savi’s pipistrelle Hypsugo savii (Chiroptera) and range expansion in Central and south-eastern Europe: a review. Mammal Rev, 46, 1-16.
2 Russo, D. & Papadatou, E. (2014). Acoustic identification of free-flying Schreiber’s bat Miniopterus schreibersii by social calls. Hystrix, 25, 119-120.
3 Bergou, A.J. et al. (2015). Falling with style: bats perform complex aerial rotations by adjusting wing inertia . PLoS Biol, 13, e1002297 .
4 Petit, E.J. & Puechmaille, S.J. (2015). Will reduced host connectivity curb the spread of a devastating epidemic? Mol. Ecol., 24, 5491-5494.
5 Wilder, A.P., Kunz, T.H., & Sorenson, M.D. (2015). Population genetic structure of a common host predicts the spread of white-nose syndrome, an emerging infectious disease in bats. Mol. Ecol., 24, 5495–5506.
6 Luo, J. et al. (2014). Are torpid bats immune to anthropogenic noise? J Exp Biol, 217, 1072-1078.
7 Schöner, M.G. et al. (2015). Bats are acoustically attracted to mutualistic carnivorous plants. Curr. Biol., 25, 1-6.
8 Foley, N.M. et al. (2015). How and why overcome the impediments to resolution: lessons from rhinolophid and hipposiderid bats. Mol. Biol. Evol., 32, 313-333.
9 Dool, SE. et al. (2016). Nuclear introns outperform mitochondrial DNA in intra-specific phylogenetic reconstruction: lessons from horseshoe bats (Rhinolophidae: Chiroptera). Mol. Phylogenet. Evol., 97, 196-212 .
10 Arrizabalaga-Escudero, A. et al. (2015). Trophic requirements beyond foraging habitats: The importance of prey source habitats in bat conservation. Biol. Conserv., 191, 512-519 .

Sélection d’articles, hiver/printemps 2015

lundi, juin 22nd, 2015

Nous vous avons compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

– Un article sur les méthodes d’échantillonnage et de préservation de l’ADN pour des analyses moléculaires. La biopsie alaire (« wing punch »), préservée dans du silica gel, est la méthode qui donne la quantité d’ADN la plus importante et qui est donc recommandée [Télécharger le PDF].

– Une étude sur un méchanisme inconnu d’orientation dans l’obscurité. La majorité des Pteropodidae (renards volants) sont dépourvus de l’écholocation classique, basée sur la génération de « pulses » à l’aide du larynx ou de la langue. Une équipe de scientifiques vient de mettre en évidence chez deux espèces de Pteropodidae l’utilisation de « clics » à l’aide des ailes pour détecter et discriminer des objets dans le noir complet [lien vers le résumé].

– Une étude sur l’influence d’une nouvelle génération d’éclairage artificiel sur l’activité des chauves-souris. La nouvelle génération de lampes « white metal halide » s’avère très attractive pour les chauves-souris mais avec des conséquences au niveau des écosystèmes qui restent à déterminer [lien vers le résumé].

– Un article sur la mortalité des chiroptères tropicaux dans une ferme d’éoliennes du Brésil. 336 carcasses de 9 espèces différentes furent retrouvées, avec une majorité de Tadarida brasiliensis (245), une espèce migratrice volant à haute altitude [lien vers le résumé].

Références bibliographiques
Barros M.A.S., de Magalhães R.G. & A.M. Rui (2015). Species composition and mortality of bats at the Osório Wind Farm, southern Brazil. Studies on Neotropical Fauna and Environment, 50, 31–39.

Boonman A., Bumrungsri S. & Y. Yovel (2014). Nonecholocating Fruit bats produce biosonar clicks with their wings. Current Biology, 24, 2962–2967.

Corthals A., Martin A., Warsi O.M., Woller-Skar M., Lancaster W., Russell A. & L.M. Dávalos (2015). From the field to the lab: best practices for field preservation of bat specimens for molecular analyses. PLoS One, 10:e0118994.

Stone E.L., Wakefield A., Harris S. & G. Jones (2015). The impacts of new street light technologies: experimentally testing the effects on bats of changing from low-pressure sodium to white metal halide. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 370.

Rétrospective 2014

jeudi, janvier 1st, 2015
2014 aura été une année riche pour le Chiroblog, avec 14 articles et 15 contributeurs sur des sujets très variés ! Après une sélection d’articles scientifiques en Février, nous vous avons proposé de nombreux sujets liés à la conservation des chiroptères : risques de l’ivermectine par Jade, micro-habitats d’arbres par Baptiste, pollution lumineuse par Aurélie, trajectographie par Charlotte, échantillonage acoustique en forêt par Jérémy ou encore prédation de lichis à Madagascar par Rado. Philippe nous a parlé de ses suivis de populations en Albanie, Fiona, Céline et Benjamin dans les petites îles méditerannéennes et Marguerite et Vincent présenté les activités du Groupe Chiroptères Guyane. Pour ce qui est de la systématique, Sébastien et Benjamin nous ont présenté la nouvelle espèce de Minioptère décrite pour le Maghreb et Antony nous a parlé de ses travaux sur les fossiles de Rhinolophes Troglodytes en Chine. Dans un registre comportemental, Sébastien nous a présenté le rôle de l’écholocation dans le choix du partenaire chez les Rhinolophes. Merci beaucoup à tous les contributeurs pour leur participation à la vie de blog. Nous attendons avec impatience les nouveaux articles pour l’année 2015 !
Yann pour l’équipe du Chiroblog

Optimisation de l’échantillonage acoustique : zoom sur le Master de Jérémy Froidevaux

vendredi, décembre 19th, 2014

Inventorier l’ensemble des espèces de chauves-souris présentes en forêt se révèle être un véritable défi. Puisque les chauves-souris utilisent l’espace tri-dimensionnel de la forêt pour chasser (Jung et al. 2012) et ceci à différentes périodes de la nuit (Hayes 1997), la planification d’un échantillonnage acoustique doit tenir compte des différents paramètres spatio-temporels.

Partant de ces constats, nous avons voulu déterminer le meilleur schéma d’échantillonnage acoustique en termes d’exhaustivité (càd, nombre d’espèces de chauves-souris détecté) et d’efficacité (càd, nombre de nuits investies). Nous avons donc testé différents designs d’échantillonnage (càd, positions spatiales des détecteurs installés en forêts : trouée forestière, forêt intérieure, canopée) associés à différentes durées d’échantillonnages (4 premières heures après le coucher du soleil vs 2h après le coucher et 2h avant le lever du soleil vs la nuit entière).

Nous avons mis en place un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié pour mener notre étude : sites d’échantillonnage (●), localisés dans différentes parcelles forestières (○) dans 8 km2 dominés par l’écosystème forestier (□) (Canton d’Argovie, Suisse)

Au total, 96 sites (32 par microhabitat forestier) ont été échantillonnés entre 6 à 12 fois pendant l’été 2013. Nous avons évalué la performance de 21 schémas d’échantillonnage en comparant la richesse spécifique et l’effort d’échantillonnage à l’aide de courbes d’accumulation d’espèces.

Courbes d’accumulation d’espèces de 4 designs pour une durée d’echantillonage de 8h

Avec plus de 145 000 séquences de cris d’écholocation enregistrées sur le terrain provenant de 16 espèces différentes, nous montrons dans cette étude qu’il est nécessaire d’échantillonner les trois microhabitats forestiers (trouée, foret intérieure et canopée) représentant la structure tridimensionnelle de la forêt, pendant la nuit entière. Lorsque le nombre de détecteurs est limité, l’échantillonnage au sein de la forêt intérieure et la trouée forestière s’avère être la meilleure solution alternative.

Installation du Batlogger au sein de la canopée © Florian Zellweger

À l’heure où les chiroptères sont utilisés comme bio-indicateurs des impacts du changement climatique (Jones et al. 2009), nos résultats constituent une étape importante pour la mise en œuvre de protocoles efficaces permettant de réaliser des inventaires chauves-souris au plus proche de l’exhaustif.

L’article au format PDF est disponible gratuitement sur le site d’Ecology and Evolution : Froidevaux, J. S. P., Zellweger, F., Bollmann, K., & Obrist, M. K. (2014). Optimizing passive acoustic sampling of bats in forests. Ecology and Evolution. doi:10.1002/ece3.1296

Jérémy pour le Chiroblog

Références bibliographiques

Hayes, J.P. (1997) Temporal variation in activity of bats and the design of echolocation-monitoring studies. Journal of Mammalogy, 78, 514-524.

Jones, G., Jacobs, D.S., Kunz, T.H., Willig, M.R. & Racey, P.A. (2009) Carpe noctem: the importance of bats as bioindicators. Endangered Species Research, 8, 93-115.

Jung, K., Kaiser, S., Boehm, S., Nieschulze, J. & Kalko, E.K.V. (2012) Moving in three dimensions: effects of structural complexity on occurrence and activity of insectivorous bats in managed forest stands. Journal of Applied Ecology, 49, 523-531.

Un référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditerranéenne – zoom sur les travaux de diplôme d’EPHE d’Alexandre Haquart

lundi, novembre 25th, 2013

Ce travail a été mené dans le cadre d’un Diplôme à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Son but est de fournir des indices et des chiffres de référence pour les évaluations et les suivis environnementaux. Un protocole pour l’évaluation de l’activité acoustique des Chiroptères relevée au cours de nuits complètes d’enregistrement est proposé. Ce référentiel s’appuie sur une base de données de près d’un million de fichiers d’enregistrements qui ont été collectés entre 2007 et 2011 sur près de 2000 points en France par les experts du bureau d’étude Biotope au moyen d’enregistreurs automatiques d’ultrasons de type Anabat et SM2BAT.

La détectabilité acoustique des chauves-souris est variable en fonction de leurs fréquences d’émissions et des conditions météo (température, humidité) mais également en fonction de facteurs méthodologiques tels que la qualité du matériel et le gain. En parallèle, la fiabilité d’identification des séquences acoustiques au niveau spécifique est grandement variable en fonction notamment des espèces, de la qualité des enregistrements, de la longueur et de la nature des séquences. La variabilité des résultats induite par ces biais est d’autant plus forte que l’unité de mesure est fine et précise, c’est pourquoi des unités de mesures stables face aux facteurs « abiotiques » sont recherchées. Deux indices sont proposés : le pourcentage des points où l’espèce est présente et le nombre de minute d’activité par nuit lorsque l’espèce est présente.

Les résultats d’activités sont présentés pour 30 espèces et groupes d’espèces de chiroptères en zone méditerranéenne. Les espèces qui se contactent le plus sont la Pipistrelle de Kuhl, la Pipistrelle commune et la Pipistrelle pygmée, elles se rencontrent sur environs 80% des points d’enregistrements, avec une moyenne de 50 à 60 minutes d’activité par nuit. La majorité des autres espèces sont contactées sur moins de 40% des points avec moins de 10 minutes d’activité par nuit lorsqu’elles sont présentes.

Une méthode est proposée pour tenter un parallèle entre l’activité des espèces et leurs effectifs de populations. Les résultats d’activité sont pondérés avec la distance de détectabilité des espèces (liée aux ultrasons) et les rayons d’actions connus des individus autour des colonies (liée à la biologie des espèces). D’après cette méthode, le nombre de chauves-souris en zone méditerranéenne serait proche de 10 millions d’individus (dont plus de 8 millions de Pipistrelles). La prise en compte de la détectabilité change l’ordre d’abondance observé entre les espèces. Une espèce très détectable comme le Molosse de Cestoni, se contacte fréquemment sur le terrain mais aurait les effectifs de population les plus faibles de la zone méditerranéenne. Les Rhinolophes, espèces très peu détectables, sont moins rares que les enregistrements ne le laissent paraitre.

Pour finir, une modélisation de l’effort d’échantillonnage est également réalisée afin d’évaluer l’effort nécessaire pour réaliser des inventaires complets. Il en ressort qu’une quinzaine de nuits d’enregistrements semblent fournir des inventaires satisfaisants.

Le document est téléchargeable sur http://www.le-vespere.org/Vesper_ressources.html

Alexandre pour le Chiroblog

Actualités en Avril 2013

lundi, avril 15th, 2013

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois d’Avril 2013 :

– Un article sur le potentiel des toits végétalisés comme habitats pour les chauves-souris.
Sur la base de suivis acoustiques réalisés au coeur de Londres, les toits végétalisés apparaissent
plus favorables pour les chauves-souris comparés à des toits conventionnels [Télécharger le PDF].

– Un article sur la variabilité saisonnière de l’activité des chauves-souris à différentes hauteurs.
L’étude réalisée avec des enregistrements Anabat dans une forêt anglaise conseille de placer des enregistreurs d’ultrasons
à différentes hauteurs pour réaliser des inventaires acoustiques durant la période active des chauves-souris [Lire l’abstract].

– Un article sur les facteurs favorisant la mortalité des chauves-souris par des éoliennes en région Méditerranéenne.
94% des victimes se produiraient entre Août et Octobre, par des températures au-dessus de 13°C et une vitesse de vent inférieure à 5 m/s [Lire l’abstract].

– Un second article sur les chauves-souris victimes des éoliennes avec une étude basée en Grèce.
La principale recommandation de l’étude est d’augmenter la vitesse minimale de vent requise
pour le démarrage des éoliennes à 5 m/s, seuil qui limite les dommages causés aux chauves-souris
avec un impact minime sur la production d’électricité [Lire l’abstract].

L’équipe du Chiroblog

Références bibliographiques
Amorim, F., Rebelo, H., & Rodrigues, L. (2012). Factors Influencing Bat Activity and Mortality at a Wind Farm in the Mediterranean Region. Acta Chiropterologica, 14(2), 439–457. doi:10.3161/150811012X661756

Georgiakakis, P., Kret, E., Cárcamo, B., Doutau, B., Kafkaletou-Diez, A., Vasilakis, D., & Papadatou, E. (2012). Bat Fatalities at Wind Farms in North-Eastern Greece. Acta Chiropterologica, 14(2), 459–468. doi:10.3161/150811012X661765

Pearce, H., & Walters, C. L. (2012). Do Green Roofs Provide Habitat for Bats in Urban Areas? Acta Chiropterologica, 14(2), 469–478. doi:10.3161/150811012X661774

Staton, T., & Poulton, S. (2012). Seasonal Variation in Bat Activity in Relation to Detector Height: A Case Study. Acta Chiropterologica, 14(2), 401–408. doi:10.3161/150811012X661710


 

Actualités en Mars 2012

lundi, mars 19th, 2012

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois de Mars 2012 :

– Une nouvelle classification de la sous-famille des Molossinae (Molossidae) comprenant l’analyse
de caractères moléculaires, vient d’être publiée dans le Journal of Mammalogy [télécharger le PDF].

– Une nouvelle phylogénie sur les Murins (Myotis) des Caraïbes a été publiée dans la revue Mammalian Biology
[lien vers le résumé]. Sur la base de critères morphologiques et moléculaires, une troisième espèce endémique des Caraïbes a été découverte.

– Une publication parue dans PloS One fait le point sur l’utilisation d’éléments chimiques, les isotopes stables,
comme méthode pour prédire le site de reproduction des chauves-souris européennes
[lien vers le résumé et le PDF].

L’équipe du Chiroblog

Références bibliographiques

– Ammerman, L. K., Lee, D. N., & Tipps, T. M. (2012). First molecular phylogenetic insights into the evolution of free-tailed bats in the subfamily Molossinae (Molossidae, Chiroptera). Journal of Mammalogy, 93(1), 12-28. doi:10.1644/11-MAMM-A-103.1

– Larsen, R. J., Larsen, P. A., Genoways, H. H., Catzeflis, F. M., Geluso, K., Kwiecinski, G. G., Pedersen, S. C., et al. (2012). Evolutionary history of Caribbean species of Myotis, with evidence of a third Lesser Antillean endemic. Mammalian Biology – Zeitschrift für Säugetierkunde, 77(2), 124-134. doi:10.1016/j.mambio.2011.11.003

– Popa-Lisseanu, A. G., Sörgel, K., Luckner, A., Wassenaar, L. I., Ibáñez, C., Kramer-Schadt, S., Ciechanowski, M., et al. (2012). A triple-isotope approach to predict the breeding origins of European bats. PloS ONE, 7(1), e30388. doi:10.1371/journal.pone.0030388

Le champignon du ‘White-Nose Syndrome’ (Geomyces destructans) découvert en Europe

mardi, décembre 8th, 2009

Suite à notre article de Mars 2009 dans lequel nous suspections la présence en France du champignon associé au White Nose Syndrome (WNS), nous avons fait des prélèvements et effectué diverses analyses en laboratoire. Les résultats qui seront très prochainement publiés dans le journal Emerging Infectious Diseases confirment clairement la présence du champignon Geomyces destructans chez une espèce Européenne, Myotis myotis. Cette étude est la première à mettre en évidence ce champignon en dehors du Nord-Est des Etats-Unis. Elle discute les conséquences d’une telle découverte et souligne la nécessité d’étudier le champignon eu Europe. Un nouvel article donnant plus de détails sur cette étude sera posté sur ce site dès la publication de l’article original dans Emerging Infectious Diseases.

Duvet blanc sur le museau d'une <i>Myotis myotis</i>, du à l'infection par le champignon parasite <i>Geomyces destructans</i>.

Duvet blanc sur le museau d'un grand Murin, attribué au champignon géomyce destructeur.

Autres articles liés au WNS postés en cours d’année sur ce même site :

WNS en France ?

Géo-localisation des cas suspects de Syndrome du Museau Blanc

Infos pratiques sur le WNS et les visites de sites d’hivernage à chauves-souris

Suspicion d’apparition du Syndrome du Nez Blanc en France, conseils pour les prélèvements

Protocole de prélèvement non invasif sur chiroptères

Si vous observez des cas possibles de WNS ou que vous voulez plus d’informations sur le WNS, n’hésitez pas à poster un commentaire ou nous contacter directement par e-mail si urgent.

Séb.

Conduite à tenir en cas de rencontre de cadavres de chiroptères

jeudi, juillet 2nd, 2009

Avec les évènements liés à l’apparente arrivée du syndrome du museau blanc (SMB – WNS) en France, et le signalement de cas de mortalité dans des colonies de chiroptères, il semble judicieux de rappeler les règles de prudence lors de la découverte de cadavres de chauves-souris. Si la rage représente le risque le plus important, d’autres agents pathogènes peuvent aussi être transmis, ou simplement disséminés à l’occasion d’un contact avec des animaux trouvés morts. Il faut donc éviter le contact direct avec les cadavres de chiroptères, aussi bien pour les humains que pour les animaux domestiques.

Cadavre de Tadarida plicata.

Cadavre de Tadarida plicata, sous une colonie, Thaïlande. ©/LCC Meriadeg Le Gouil

Les cadavres ne doivent en aucun cas être manipulés sans gants (en latex à usage unique) et la loi interdit de les récolter. Le port de masques filtrants (type FFP2, FFP3 ou au minimum, masque à poussière) est conseillé dans tout type de dortoir à chiroptères. Les personnes disposant d’autorisations pour effectuer des recherches, des comptages ou des collectes de cadavres se protègent de cette manière des éventuelles maladies transportées par les chiroptères. Les cadavres sont placés dans des sacs individuels en plastique fermé. Ces sacs sont disposés dans un ou plusieurs autres sacs pour accroître le niveau de confinement et ainsi éviter les fuites de fluides potentiellement contaminants (sang, urine, lysat, jus). Les cadavres sont ensuite refroidis à 4°c le plus rapidement possible, pour améliorer les conditions de conservation. Suivant les tests ultérieurs a effectuer et la fraîcheur des cadavres, des températures plus basses (entre -20° pour un congélateurs classique et -195°c pour l’azote liquide) peuvent être nécessaires (en contenants appropriés). Les cadavres sont ensuite acheminés vers le laboratoire où ils sont stockés en conditions stabilisées ou directement utilisés pour les analyses. Les deux facteurs les plus important a respecter sont la mise à basse température le plus rapidement possible après la mort de l’animal et la propreté des cadavres.

Meriadeg.

Géo-localisation des cas de Syndrome du Museau Blanc présumés en France.

vendredi, mars 13th, 2009

La première version de la carte interactive est maintenant disponible. Cette application permet de référencer et de partager vos observations sur l’apparition et la progression éventuelle du Syndrome du Museau Blanc. Renseignez les champs ‘genre’ et ‘espèce’. Indiquez vos observations particulières dans le champ ‘description’, ainsi que votre nom si vous le souhaitez ou votre identifiant sur ce blog. Indiquez également dans ce champs si un prélèvement a été effectué et dans quelles conditions (prélèvement et conservation). Enfin, le dernier champ vous permet de rentrer les coordonnées du lieu d’observation, ou le lieu-dit/ville le/la plus proche (par exemple: lieu, ville, région, pays). Cliquez ensuite sur « chercher les coordonnées de ce point » puis sur « Ajouter cette observation ».

Le développement de la deuxième version est en cours. Merci de votre patience. N’hésitez pas à poser des questions en cliquant ici ou sur « commentaire » ci-dessous.

Pour une question évidente de fiabilité des informations, vous devez être inscrit sur le blog pour pouvoir ajouter une référence: S’inscrire.

Les champs marqués d'un astérisque sont requis. Remplir les champs ci-dessous. Un utilitaire peu servir à donner les coordonnées d'une localité choisie (ci-dessous). Il est aussi possible de se servir de google map pour déterminer les coordonnées d'un point donné et les coller dans le dernier champ ci-dessous au format: 47.9959494, -4.09977. Chercher les coordonnées de ce point

laisser un commentaire ou poser un question.

pour l’équipe de maintenance du blog;

Merry