Archive for the ‘Echolocation’ Category

Sélection d’articles récents

vendredi, octobre 28th, 2016

Nous vous avons à nouveau compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

1- Une étude sur le régime alimentaire de la grande Noctule (Nyctalus lasiopterus) identifié par séquencage d’ADN. Les résultats mettent une évidence 31 espèces d’oiseaux migrateurs appartenant à 8 familles de Passeriformes [lien vers le résumé].

2- Un article sur l’utilisation de gites par deux espèces de chauves-souris forestières dans le Sud-Ouest de la Suisse. Les résultats de radio- télémétrie montrent que le murin de Bechstein (Myotis bechsteinii) utilise des cavités arboricoles tandis que la barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus) gîte exclusivement dans des gîtes d’origine anthropique localisés en France. L’étude met notamment en avant l’importance de programme de conservation transfrontaliers [lien vers le résumé].

3- Une publication sur la réduction des impacts du Murin de Natterer (Myotis nattereri) dans les églises via l’utilisation combinée de gîtes artificiels et de dissuasion acoustique. Les deux méthodes permettent de limiter les dommages à l’église tout en préservant les colonies de chauves-souris mais les auteurs mettent en garde sur les dangers potentiels de la dissuasion acoustique [lien vers l’article].

4- Une revue bibliographique qui met en évidence les différents événements de mortalité multiples (≥ 10 décès de chauves-souris) à travers le monde. Plus de la moitié des événements ont une origine humaine, comme la destruction intentionnelle avant les années 2000 ou les éoliennes et la maladie du nez blanc après les années 2000 [lien vers le résumé].

5- Une étude qui propose une nouvelle méthodologie pour estimer la taille des colonies sur la base d’enregistrement d’ultrasons. Cette méthode, reposant sur l’utilisation d’un logiciel acoustique open-source et d’un script automatique, est bon marché et facile à mettre en oeuvre [lien vers le résumé].

6- Un article sur le suivi d’hormones du stress (métabolites glucocorticoides) à partir du guano de différentes colonies d’Eptesicus isabellinus. Cet outil pourrait servir à mettre en évidence le stress environnemental subit par les chauves-souris. Des informations supplémentaires sont nécessaires pour identifier un lien entre les concentrations de ces métabolites et la survie [lien vers le résumé].

7- Une publication qui met en évidence la prédation du mulot sylvestre (Apodemus sylvaticus) sur des chauves-souris en hibernation au Pays-Bas. Les résultats suggèrent que le mulot sylvestre cherche activement et tue des chauves-souris en hibernation ou s’attaque à des individus affaiblis, avec des conséquences potentielles sur la conservation des chauves-souris [lien vers l’article].

8- Une étude sur le comportement acoustique des Pipistrelles communes (Pipistrellus pipistrellus) en chasse simultanée. Les résultats mettent en évidence des décalages de fréquences qui correspondent à une réaction d’attention au conspécifique mais qui ne supportent pas l’hypothèse d’un évitement du brouillage spectral (Spectral Jamming Avoidance) [lien vers l’article].

9- Un article sur l’impact potentiel du changement climatique et la perte d’eau sur les chauves-souris insectivores vivant dans le désert. Sur la base d’une réduction expérimentale de la surface d’un point d’eau, les auteurs mettent en évidence une réduction de l’accès à l’eau pour les espèces larges et peu manoeuvrables [lien vers le resumé].

10- Une revue bibliographique avec une méta-analyse sur les collisions entre chauves-souris et véhicules ainsi que l’effet barrière des routes sur les chauves-souris. Sur la base de données collectées en Europe, les espèces de bas-vol ainsi que les juvéniles sont plus vulnérables aux collisions. Les auteurs soulignent notamment l’importance de mieux comprendre l’impact des routes sur les chauves-souris pour minimiser leur impact [lien vers le resumé].

Références bibliographiques

1 Ibanez C, Popa-Lisseanu AG, Pastor-Bevia D, Garcia-Mudarra JL, Juste J (2016). Concealed by darkness: interactions between predatory bats and nocturnally migrating songbirds illuminated by DNA sequencing. Molecular Ecology, in press.

2 Kühnert E, Schönbächler C, Arlettaz R, Christe P (2016). Roost selection and switching in two forest-dwelling bats: implications for forest management. European Journal of Wildlife Research, 62, 497-500.

3 Zeale MRK, Bennitt E, Newson SE, Packman C, Browne WJ, Harris S, Jones G, Stone E (2016). Mitigating the impact of bats in historic churches: the response of Natterer’s bats Myotis nattereri to artificial roosts and deterrence. PLoS ONE, 11, e0146782.

4 O’Shea TJ, Cryan PM, Hayman DTS, Plowright RK, Streicker DG (2016). Multiple mortality events in bats: a global review. Mammal Review, 46, 175-190.

5 Kloepper LN, Linnenschmidt M, Blowers Z, Branstetter B, Ralston J, Simmons JA (2016). Estimating colony sizes of emerging bats using acoustic recordings. Royal Society Open Science, 3, 160022.

6 Kelm DH, Popa-Lisseanu AG, Dehnhard M, Ibáñez C (2016). Non-invasive monitoring of stress hormones in the bat Eptesicus isabellinus – Do fecal glucocorticoid metabolite concentrations correlate with survival? General and Comparative Endocrinology, 226, 27-35.

7 Haarsma A-J, Kaal R (2016). Predation of wood mice (Apodemus sylvaticus) on hibernating bats. Population Ecology, in press.

8 Gotze S, Koblitz JC, Denzinger A, Schnitzler HU (2016). No evidence for spectral jamming avoidance in echolocation behavior of foraging pipistrelle bats. Scientific Reports, 6, 30978.

9 Hall LK, Lambert CT, Larsen RT, Knight RN, McMillan BR (2016). Will climate change leave some desert bat species thirstier than others? Biological Conservation, 201, 284-292.

10 Fensome AG, Mathews F (2016). Roads and bats: a meta-analysis and review of the evidence on vehicle collisions and barrier effects. Mammal Review, 46, 311-323.

Caractérisation de l’activité des chiroptères sous un parc éolien en activité et au sein d’un site naturel sous l’emprise d’une activité minière en Nouvelle-Calédonie

lundi, avril 18th, 2016

La Nouvelle-Calédonie est un petit archipel d’une superficie de 18 575,5 km2dans le Pacifique, qui abrite 9 espèces de Chiroptères, incluant 4 espèces de renards volants (famille des Pteropodidae). L’enjeu de conservation de ces espèces est d’autant plus important qu’elles constituent la seule faune mammalienne terrestre indigène du pays.

Depuis le milieu des années 1980, le secteur minier et notamment la production de nickel est très important pour l’économie néo-calédonienne (Institut de la Statistique et des Etudes Economiques (ISEE), 2014). Il a transformé les paysages et les conditions de vie des habitants. Ce secteur industriel nécessite des apports énergétiques toujours plus importants et devrait continuer à participer au développement des énergies renouvelables dont l’éolien (IRD, 2012). Les réserves estimées de nickel assurent la possibilité d’extraction sur plusieurs décennies en fonction du rythme de prélèvement et des techniques employées. Le cycle d’activité des industries minières est quasiment ininterrompu.

Jusqu’à présent, aucune étude n’avait été menée sur les impacts de telles activités anthropiques sur les chiroptères. C’est pourquoi ce stage comprend trois axes majeurs de travail:

– Le premier volet tente de déterminer l’éventuel impact des éoliennes sur l’activité des chiroptères (hors renards volants) présents sur un parc éolien.

– Le second volet a pour but de décrire l’utilisation des 3 habitats dominants (Forêt, lisière et maquis) par les chiroptères et de participer à l’élaboration de recommandations sur la gestion des milieux. La zone d’étude est située dans une zone naturelle en instance de destruction pour une extension minière.

– Enfin, le dernier volet correspond à la rédaction de recommandations pour les méthodes de suivis et de prise en compte des chiroptères dans le cadre de projets de développement éolien et/ou minier. Ces recommandations portent sur les possibilités d’atténuation d’impacts ou de compensation pour la conservation de ces espèces. Et cela tant au niveau des études d’avant-projet que post-projet.

Un inventaire acoustique a été effectué du 11 au 13 et du 18 au 22 mai 2015 ainsi que du 1er au 5 et du 15 au 19 juin 2015. Ces dates correspondent hypothétiquement à la période de trêve hivernale (moindre activité des chiroptères de l’archipel), (Thouzeau et Brescia, 2014a ; Millon, com. pers.). Ainsi, il ne s’agit pas de la période idéale pour mener ce genre d’études. Néanmoins, il s’agit des contraintes allouées à la réalisation de ce stage et cela a été pris en compte dans le traitement des résultats. Comme l’activité des chiroptères peut dépendre de la structure du paysage (Millon et al, 2015) et des conditions climatiques (Kerbiriou et al., 2006), les différentes modalités sont échantillonnées les mêmes nuits, de manière à minimiser les biais. Sur le parc éolien, des réplicas de points d’écoutes ont ainsi été réalisés sous 8 éoliennes au total. Chaque éolienne échantillonnée est couplée à une zone témoin environnante afin de pouvoir constater l’éventuel impact des éoliennes sur l’activité des chiroptères. De même, sur le site minier, 5 réplicas ont été réalisés sur les 3 habitats principaux de la zone de l’espace minier : la forêt, la lisière et le maquis. Cette méthodologie est employée dans le but de décrire l’utilisation des habitats par les chiroptères.

Au total, 159 heures d’enregistrements ont été analysés, soit :
– 31 échantillons des 3 premières heures et 30 minutes après le coucher du soleil,
– 5 échantillons de 15 heures (durée d’une nuit entière d’enregistrement).

Des contacts de 2 groupes d’espèces (celles des genres Chalinolobus et Miniopterus) ont été identifiés sur les 2 sites d’études. Chalinolobus neocaledonicus, est majoritairement présent sur le parc et le groupe actuellement indifférenciable Miniopterus australis/ M. macrocneme est majoritairement présent sur le site minier, et cela sur l’ensemble des différentes modalités échantillonnées.

Chalinolobus_neocaledonicus-crop

Chalinolobus neocaledonicus

Résultats de l’activité des chiroptères sur les 2 sites, toutes modalités confondues :

Parc éolien : 52 contacts/3h30 en moyenne
(42 contacts/3h30 de C. neocaledonicus et 10 contacts/3h30 de M.australis/ M.macrocneme).

Site minier : 119 contacts/3h30 en moyenne
(132 contacts/3h30 de C. neocaledonicus et 13 contacts/3h30 de M.australis/macrocneme).

Sonogrammes des espèces étudiées : (A) Chalinolobus neocaledonicus en milieu ouvert et (B) Miniopterus australis/macrocneme en lisière (fenêtre de 50 ms).

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Ce travail a permis de mettre en évidence l’activité notable dans le contexte néo-calédonien des chiroptères sur un site éolien et minier malgré la période inadéquate. La seule étude locale existante avait relevé une activité de 30 contacts/heure en milieu forestier et en période automnale, soit durant la période de gestation des espèces (Thouzeau & Brescia, 2014a). Il est alors possible d’imaginer que ces sites anthropiques sont largement fréquentés par les chauves-souris en période d’activité maximale et pourraient donc engendrer des impacts importants.

Cette étude est à la base de futures recommandations pour la conception de tels projets à l’échelle de l’archipel. Il s’agit d’une amorce justifiant de l’intérêt de mesures de conservation sur ces milieux anthropisés ainsi que de la sauvegarde des milieux favorables. Des recommandations générales et des méthodes d’évaluations d’impact ont été présentées afin de tenir compte de leurs effets sur les chauves-souris. Cependant, ces recommandations restent incomplètes et doivent être développées. Il est nécessaire de continuer à enquêter et réaliser de nouveaux suivis pendant la période de pleine activité. Grâce au cumul des enregistrements de chiroptères, il sera également possible de construire des modèles des caractéristiques des signaux, et enfin d’établir des logiciels d’analyse automatique applicables pour les espèces locales. Mais avant cela il est important de continuer à décrire et relever des mesures des signaux traités afin d’alimenter les connaissances existantes et, dans l’idéal, décrire des données bio-acoustiques pour l’ensemble des espèces du pays. Quelques enregistrements laissent à penser qu’il existe 2 typologies de signaux des Minioptères de la Grande Terre (actuellement indifférenciables). L’une avec une Fréquence terminale de 50,7 à 54,6 kHz et l’autre de 43,5 à 45 kHz. Ce stage aura permis, entre autre, l’identification de cris sociaux de Chalinolobus neocaledonicus jusqu’alors non recensés. Mais également la découverte d’une ensifère (sous-ordre des Ensifera: les sauterelles, grillons et courtilières) pouvant émettre jusqu’à 40 kHz, qui auparavant était confondue avec les émissions de Chalibolobus neocaedonicus. De plus, les résultats de contacts de Chalinolobus neocaledonicus ne sont pas en adéquation avec la biologie arboricole décrite de l’espèce (Kirsch et al., 2002 ; Thouzeau & Brescia 2014b). Dans notre étude cette espèce a surtout été enregistrée dans des milieux ouverts ou de lisière, et nous laisse ainsi penser qu’il reste des notions de sa biologie à découvrir.

Célia Colin

Références bibliographiques
Kirsch R.A., Tupinier Y., Beuneux G. & A. Rainho (2002). Contributions à l’inventaire chiroptèrologique de la Nouvelle-Calédonie. SFEPM. 129p.

Kerbiriou C., Julien J.-F., Ancrenaz K., Gadot A.S., Loïs G., Jiguet F. & R. Julliard (2006). Suivi des espèces communes après les oiseaux … les chauves-souris ? XI Rencontres « Chauves-souris » Muséum de Bourges 18-19 Mars, Bourges, France.

IRD (2012). « Atlas de la Nouvelle-Calédonie ». IRD Orstom. 269p.

Millon L., Julien J.-F., Julliard R. & C. Kerbiriou (2015). Bat activity in intensively farmed landscapes with wind turbines and offset measures. Ecological Engeneering, 75, 250-257.

Thouzeau A. & F. Brescia (2014a). Etude exploratoire des microchiroptères de Nouvelle-Calédonie. IAC. 31p.

Thouzeau A. & F. Brescia (2014b). Les microchiroptères de la Nouvelle-Calédonie. Non publié, 29p.

Webographie :

Site Internet de Institut de la Statistique et des Etudes Economiques de la Nouvelle-Calédonie (ISEE) (consulté le 28/03/2015)

Polllution lumineuse : zoom sur la thèse de Clémentine Azam

dimanche, avril 3rd, 2016

La pollution lumineuse générée par l’utilisation massive d’éclairage artificiel est, depuis une dizaine d’années, considérée comme une menace importante pour la biodiversité. Avec un développement de l’ordre de 6 % par an dans le monde (3 % en France), la pollution lumineuse affecte aujourd’hui près de 20 % de la superficie du globe.

Depuis le début de la crise économique de 2008, environ 10 000 communes ont mis en place un système d’extinction de l’éclairage public aux heures où peu d’habitants utilisent la voie publique (de minuit à cinq heures du matin environ). Cette mesure a été principalement mise en place pour réduire les coûts de l’éclairage public qui peuvent représenter jusqu’à 45 % de la facture d’électricité des communes. Or, alors que cette mesure s’intègre parfaitement dans les objectifs de développement durable des communes, en limitant la consommation d’énergie des territoires, aucune étude n’a jusqu’ici caractérisé si cette mesure pouvait efficacement limiter les impacts négatifs de l’éclairage artificiel sur la biodiversité.

C’est pourquoi nous avons effectué, dans le Parc Naturel Régional du Gâtinais Français, une expérience pour tester l’effet de cette mesure sur 6 espèces de 2 genres de chiroptères (Figure 1). Nous avons effectué un échantillonnage apparié en enregistrant simultanément l’activité de chiroptères sur un site éclairé d’un lampadaire à Sodium Haute Pression et un site contrôle non éclairé. Les deux sites de chaque paire, similaires d’un point de vue de l’habitat, étaient situés le long de haies ou de lisières forestières et éloignés d’environ 200 m. Vingt-quatre paires étaient situées dans des communes pratiquant l’extinction nocturne des lampadaires et douze paires étaient situées dans des communes qui laissent leurs lampadaires allumés toute la nuit.

Photo_lampadaireFigure 1. Photographie de l’un des sites d’étude situé dans la commune de Dannemois (91). Crédit photo: Clémentine Azam.

L’activité de chiroptères a été mesurée toute la nuit en enregistrant tous les contacts de chiroptères avec un détecteur d’ultrasons SM2, sur une période couvrant 30 minutes avant et 30 minutes après le coucher du soleil. Les enregistrements ont ensuite été traités par le logiciel de classification automatique Sonochiro © et la classification des contacts a été validée en vérifiant manuellement les séquences ambiguës avec le logiciel Syrinx 2.6. La session de terrain a été effectuée de Juin à Août, durant les nuits où les conditions météorologiques étaient favorables.

Effets de l’éclairage sur l’activité de chiroptères

Les trois espèces de pipistrelles détectées (P. pipistrellus, P. kuhlii, P. nathusius) ainsi que les deux espèces de noctules (N. noctula, N. leisleri) ont présenté des niveaux d’activité plus importants sur les sites éclairés toute la nuit que sur les sites contrôles non éclairés (Figure 2), ce qui confirme leurs comportements de chasse sous les lampadaires. A contrario, les murins Myotis sp. et les oreillards Plecotus sp. étaient significativement moins actifs sur les sites éclairés toute la nuit que sur les sites non éclairés (Figure 2), ce qui confirme leur caractère lucifuge. En revanche, nous n’avons pas observé d’effets de l’éclairage sur l’activité de la sérotine commune E. serotinus.

Fig2_Azam_GCB_300dpi

Figure 2. Nombre de contacts de chiroptères par nuit sur les sites contrôles non éclairés (« Unlit »), les sites allumés avec extinction (« Part ») et les sites éclairés toute la nuit (« Full ») pour (A) Myotis sp., (B) Plecotus sp., (C) Pipistrellus pipistrellus, and (D) Pipistrellus kuhlii. Les sigles « a » et « b » montrent les traitements lumineux qui ne sont pas significativement différents les uns des autres.


Effets de l’extinction nocturne sur l’activité des chiroptères

Pour les murins, l’effet négatif de l’éclairage persiste toujours sur les sites où les lampadaires s’éteignent à minuit (Figure 2), ce qui suggère que cette mesure n’est pas efficace pour limiter l’impact de la pollution lumineuse pour ce groupe d’espèce. Par contre, il semble que l’extinction nocturne des lampadaires soit bénéfique aux oreillards qui ont présenté des niveaux d’activités supérieurs sur les sites éclairés avec extinction que sur les sites non éclairés et éclairés toute la nuit (Figure 2). Cela suggère qu’ils profiteraient de l’extinction des lampadaires pour aller glaner les insectes accumulés sous les lampadaires, immobiles sur le sol ou sur les parois des maisons. Cependant, au vu du nombre limité de contacts pour ce groupe d’espèce, il est préférable de rester prudent avec ce résultat.

Nous n’avons observé aucun effet de l’extinction des lampadaires sur l’activité des pipistrelles de Kuhl et de Nathusius, et des noctules communes et de Leisler (Figure 2). Cependant, la pipistrelle commune a été significativement moins active sur les sites éclairés avec extinction que sur les sites éclairés toute la nuit, ce qui suggère que ces sites sont moins sélectionnés par l’espèce au regard de de la quantité d’insectes attirés sous les lampadaires allumés toute la nuit.

En conclusion, nos résultats suggèrent que les schémas actuels d’extinction nocturne ne sont pas très efficaces pour limiter l’impact de l’éclairage artificiel sur les chauves-souris. Cela est notamment dû au fait que les heures d’extinction ne correspondent pas forcément aux rythmes d’activités des chiroptères, qui sont pour la plupart actives en début de nuit. Cependant, cette mesure pourrait être efficace si l’extinction commencait plus tôt dans la nuit (avant 23h); en particulier le long de corridors écologiques qui sont essentiels au maintien de la biodiversité dans les paysages urbanisés.

Auteur : Clémentine Azam

Collaborateurs : Christian Kerbiriou, Arthur Vernet, Yves Bas, Laura Plichard, Julie Maratrat, Jean-François Julien et Isabelle Le Viol.

Référence de l’article

Azam C, Kerbiriou C, Vernet A, et al (2015) Is part-night lighting an effective measure to limit the impacts of artificial lighting on bats? Global Change Biology. 21:4333–4341. doi: 10.1111/gcb.13036

Voir aussi:

Day J, Baker J, Schofield H, et al (2015) Part-night lighting: implications for bat conservation. Animal Conservation. doi: 10.1111/acv.12200

La presse en parle !

Sélection d’articles récents

jeudi, mars 17th, 2016

Nous vous avons compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

1- Un article qui met en évidence une expansion de l’aire de distribution du Vespère de Savi (Hypsugo savii) en Europe centrale et du Sud-Est. En 20-25 ans, l’espèce se serait déplacée de 800 kilomètres, en colonisant préférentiellement des habitats urbains [lien vers le résumé].

2- Une étude qui met en évidence les cris sociaux du Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii). Ce type de cri, émis aussi bien au gîte que sur les territoires de chasse, présente la structure typique d’un « feeding buzz » [lien vers le résumé].

3- Une publication qui permet de mieux comprendre la manoeuvrabilité des chauves-souris en vol [lien vers le résumé].

4-5- Deux articles sur la propagation de la maladie du museau blanc en Amérique, discutant d’un possible ralentissement de la maladie sur la base de la structure génétique des populations [lien vers le résumé n°1 et le résumé n°2].

6- Une publication qui montre que les chauves-souris en hibernation réagissent peu au bruit de la circulation. Par ailleurs, les animaux répondent plus fortement aux sons émis en fin de journée [lien vers le résumé].

7- Un article sur l’attraction acoustique de chauves-souris (Kerivoula hardwickii) par des structures réflectives de plantes carnivores (Nepenthes hemsleyana). Cette relation est dite mutualiste car la chauve-souris bénéfie d’un gîte tandis que la plante carnivore bénéficie des nutriments contenus dans le guano de la chauve-souris [lien vers le résumé].

8- Une étude qui propose une phylogénie bien résolue de deux familles de chauves-souris – les Rhinolophidae et les Hipposideridae et identifie une nouvelle famille de chauves-souris, les Rhinonycteridae. Ces trois familles auraient divergé en Afrique il y a environ 42 millions d’années [lien vers le résumé].

9- Une étude qui propose une phylogénie bien résolue des Rhinolophidae, dont nos 5 espèces Européennes. Cette étude revèle également la presence de nombreuses espèces cryptiques en Afrique et de cas d’introgression, notament entre R. ferrumequinum et R. clivosus [lien vers le résumé].

10- Une publication sur le régime alimentaire du Rhinolophe euryale, qui identifie notamment la consommation de proies qui proviennent de l’extérieur des terrains de chasse de l’espèce [lien vers le résumé].


Références bibliographiques

1 Uhrin, M. et al. (2015). Status of Savi’s pipistrelle Hypsugo savii (Chiroptera) and range expansion in Central and south-eastern Europe: a review. Mammal Rev, 46, 1-16.
2 Russo, D. & Papadatou, E. (2014). Acoustic identification of free-flying Schreiber’s bat Miniopterus schreibersii by social calls. Hystrix, 25, 119-120.
3 Bergou, A.J. et al. (2015). Falling with style: bats perform complex aerial rotations by adjusting wing inertia . PLoS Biol, 13, e1002297 .
4 Petit, E.J. & Puechmaille, S.J. (2015). Will reduced host connectivity curb the spread of a devastating epidemic? Mol. Ecol., 24, 5491-5494.
5 Wilder, A.P., Kunz, T.H., & Sorenson, M.D. (2015). Population genetic structure of a common host predicts the spread of white-nose syndrome, an emerging infectious disease in bats. Mol. Ecol., 24, 5495–5506.
6 Luo, J. et al. (2014). Are torpid bats immune to anthropogenic noise? J Exp Biol, 217, 1072-1078.
7 Schöner, M.G. et al. (2015). Bats are acoustically attracted to mutualistic carnivorous plants. Curr. Biol., 25, 1-6.
8 Foley, N.M. et al. (2015). How and why overcome the impediments to resolution: lessons from rhinolophid and hipposiderid bats. Mol. Biol. Evol., 32, 313-333.
9 Dool, SE. et al. (2016). Nuclear introns outperform mitochondrial DNA in intra-specific phylogenetic reconstruction: lessons from horseshoe bats (Rhinolophidae: Chiroptera). Mol. Phylogenet. Evol., 97, 196-212 .
10 Arrizabalaga-Escudero, A. et al. (2015). Trophic requirements beyond foraging habitats: The importance of prey source habitats in bat conservation. Biol. Conserv., 191, 512-519 .

Sélection d’articles, hiver/printemps 2015

lundi, juin 22nd, 2015

Nous vous avons compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

– Un article sur les méthodes d’échantillonnage et de préservation de l’ADN pour des analyses moléculaires. La biopsie alaire (« wing punch »), préservée dans du silica gel, est la méthode qui donne la quantité d’ADN la plus importante et qui est donc recommandée [Télécharger le PDF].

– Une étude sur un méchanisme inconnu d’orientation dans l’obscurité. La majorité des Pteropodidae (renards volants) sont dépourvus de l’écholocation classique, basée sur la génération de « pulses » à l’aide du larynx ou de la langue. Une équipe de scientifiques vient de mettre en évidence chez deux espèces de Pteropodidae l’utilisation de « clics » à l’aide des ailes pour détecter et discriminer des objets dans le noir complet [lien vers le résumé].

– Une étude sur l’influence d’une nouvelle génération d’éclairage artificiel sur l’activité des chauves-souris. La nouvelle génération de lampes « white metal halide » s’avère très attractive pour les chauves-souris mais avec des conséquences au niveau des écosystèmes qui restent à déterminer [lien vers le résumé].

– Un article sur la mortalité des chiroptères tropicaux dans une ferme d’éoliennes du Brésil. 336 carcasses de 9 espèces différentes furent retrouvées, avec une majorité de Tadarida brasiliensis (245), une espèce migratrice volant à haute altitude [lien vers le résumé].

Références bibliographiques
Barros M.A.S., de Magalhães R.G. & A.M. Rui (2015). Species composition and mortality of bats at the Osório Wind Farm, southern Brazil. Studies on Neotropical Fauna and Environment, 50, 31–39.

Boonman A., Bumrungsri S. & Y. Yovel (2014). Nonecholocating Fruit bats produce biosonar clicks with their wings. Current Biology, 24, 2962–2967.

Corthals A., Martin A., Warsi O.M., Woller-Skar M., Lancaster W., Russell A. & L.M. Dávalos (2015). From the field to the lab: best practices for field preservation of bat specimens for molecular analyses. PLoS One, 10:e0118994.

Stone E.L., Wakefield A., Harris S. & G. Jones (2015). The impacts of new street light technologies: experimentally testing the effects on bats of changing from low-pressure sodium to white metal halide. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 370.

Rétrospective 2014

jeudi, janvier 1st, 2015
2014 aura été une année riche pour le Chiroblog, avec 14 articles et 15 contributeurs sur des sujets très variés ! Après une sélection d’articles scientifiques en Février, nous vous avons proposé de nombreux sujets liés à la conservation des chiroptères : risques de l’ivermectine par Jade, micro-habitats d’arbres par Baptiste, pollution lumineuse par Aurélie, trajectographie par Charlotte, échantillonage acoustique en forêt par Jérémy ou encore prédation de lichis à Madagascar par Rado. Philippe nous a parlé de ses suivis de populations en Albanie, Fiona, Céline et Benjamin dans les petites îles méditerannéennes et Marguerite et Vincent présenté les activités du Groupe Chiroptères Guyane. Pour ce qui est de la systématique, Sébastien et Benjamin nous ont présenté la nouvelle espèce de Minioptère décrite pour le Maghreb et Antony nous a parlé de ses travaux sur les fossiles de Rhinolophes Troglodytes en Chine. Dans un registre comportemental, Sébastien nous a présenté le rôle de l’écholocation dans le choix du partenaire chez les Rhinolophes. Merci beaucoup à tous les contributeurs pour leur participation à la vie de blog. Nous attendons avec impatience les nouveaux articles pour l’année 2015 !
Yann pour l’équipe du Chiroblog

Optimisation de l’échantillonage acoustique : zoom sur le Master de Jérémy Froidevaux

vendredi, décembre 19th, 2014

Inventorier l’ensemble des espèces de chauves-souris présentes en forêt se révèle être un véritable défi. Puisque les chauves-souris utilisent l’espace tri-dimensionnel de la forêt pour chasser (Jung et al. 2012) et ceci à différentes périodes de la nuit (Hayes 1997), la planification d’un échantillonnage acoustique doit tenir compte des différents paramètres spatio-temporels.

Partant de ces constats, nous avons voulu déterminer le meilleur schéma d’échantillonnage acoustique en termes d’exhaustivité (càd, nombre d’espèces de chauves-souris détecté) et d’efficacité (càd, nombre de nuits investies). Nous avons donc testé différents designs d’échantillonnage (càd, positions spatiales des détecteurs installés en forêts : trouée forestière, forêt intérieure, canopée) associés à différentes durées d’échantillonnages (4 premières heures après le coucher du soleil vs 2h après le coucher et 2h avant le lever du soleil vs la nuit entière).

Nous avons mis en place un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié pour mener notre étude : sites d’échantillonnage (●), localisés dans différentes parcelles forestières (○) dans 8 km2 dominés par l’écosystème forestier (□) (Canton d’Argovie, Suisse)

Au total, 96 sites (32 par microhabitat forestier) ont été échantillonnés entre 6 à 12 fois pendant l’été 2013. Nous avons évalué la performance de 21 schémas d’échantillonnage en comparant la richesse spécifique et l’effort d’échantillonnage à l’aide de courbes d’accumulation d’espèces.

Courbes d’accumulation d’espèces de 4 designs pour une durée d’echantillonage de 8h

Avec plus de 145 000 séquences de cris d’écholocation enregistrées sur le terrain provenant de 16 espèces différentes, nous montrons dans cette étude qu’il est nécessaire d’échantillonner les trois microhabitats forestiers (trouée, foret intérieure et canopée) représentant la structure tridimensionnelle de la forêt, pendant la nuit entière. Lorsque le nombre de détecteurs est limité, l’échantillonnage au sein de la forêt intérieure et la trouée forestière s’avère être la meilleure solution alternative.

Installation du Batlogger au sein de la canopée © Florian Zellweger

À l’heure où les chiroptères sont utilisés comme bio-indicateurs des impacts du changement climatique (Jones et al. 2009), nos résultats constituent une étape importante pour la mise en œuvre de protocoles efficaces permettant de réaliser des inventaires chauves-souris au plus proche de l’exhaustif.

L’article au format PDF est disponible gratuitement sur le site d’Ecology and Evolution : Froidevaux, J. S. P., Zellweger, F., Bollmann, K., & Obrist, M. K. (2014). Optimizing passive acoustic sampling of bats in forests. Ecology and Evolution. doi:10.1002/ece3.1296

Jérémy pour le Chiroblog

Références bibliographiques

Hayes, J.P. (1997) Temporal variation in activity of bats and the design of echolocation-monitoring studies. Journal of Mammalogy, 78, 514-524.

Jones, G., Jacobs, D.S., Kunz, T.H., Willig, M.R. & Racey, P.A. (2009) Carpe noctem: the importance of bats as bioindicators. Endangered Species Research, 8, 93-115.

Jung, K., Kaiser, S., Boehm, S., Nieschulze, J. & Kalko, E.K.V. (2012) Moving in three dimensions: effects of structural complexity on occurrence and activity of insectivorous bats in managed forest stands. Journal of Applied Ecology, 49, 523-531.

Description d’une nouvelle espèce de Minioptère dans l’ouest Paléarctique

lundi, mai 5th, 2014

La dernière décennie a vu bon nombre de nouvelles espèces de Chiroptères décrites, y compris dans l’ouest du Paléarctique. Parmi ces espèces nouvellement décrites, une large majorité constitue ce que l’on appelle des espèces cryptiques, c’est-a-dire des espèces qui sont morphologiquement très proches d’une ou plusieurs autres espèces. Ces fortes similarités morphologiques sont les raisons pour lesquelles ces espèces ont échappées (au sens figuré du terme) aux taxonomistes traditionnels utilisant très souvent uniquement des caractères morphologiques pour identifier et différencier les espèces.

Dans l’étude tout juste publiée dans la Revue internationale Zootaxa, nous avons utilisé une approche intégrative combinant des analyses cranio-dentaires, des marqueurs moléculaires mitochondriaux et nucléaires ainsi que des données acoustiques pour démontrer la présence dans le genre Miniopterus d’une espèce cryptique en provenance du Maghreb. Cette espèce était auparavant reconnue en tant que Miniopterus schreibersii (Kuhl, 1817). Miniopterus maghrebensis sp. nov. est différencié de M. schreibersii sensu stricto sur la base de caractères crâniaux ainsi que des marqueurs moléculaires mitochondriaux et des microsatellites. Bien que de petites différences morphologiques externes et acoustiques aient été notées entre les deux espèces, ces critères à eux seuls ne permettent pas d’identifier de manière fiable les animaux sur le terrain. Sur la base d’identifications morphologiques et/ou génétiques de spécimens, M. maghrebensis sp. nov. s’étends du nord du Maroc jusqu’au sud des montagnes du Haut Atlas et au nord de la Tunisie. Cette nouvelle espèce cryptique est trouvée en sympatrie avec M. schreibersii s.str. près des régions côtières d’Afrique du Nord.

Le PDF de l’article entier avec entre autres des photos d’individus de la nouvelle espèce et des données acoustiques est disponible gratuitement en cliquant sur le lien suivant : http://www.mapress.com/zootaxa/2014/f/zt03794p124.pdf

Sébastien & Benjamin (au nom de tous les coauteurs).

Référence bibliographique
Puechmaille SJ, Allegrini B, Benda P, Gürün K, Šrámek J, Ibañez C, Juste J, Bilgin R (2014) A new species of the Miniopterus schreibersii species complex (Chiroptera: Miniopteridae) from the Maghreb Region, North Africa. Zootaxa, 3794, 108-124.

 

Zoom sur le Groupe Chiroptères de Guyane

dimanche, mars 23rd, 2014

Le Groupe Chiroptère de Guyane (GCG) a été créée en 2008 par les quelques passionnés de chauves-souris vivant sur le territoire guyanais.

Bénéficiant des travaux remarquables réalisés dans les stations scientifiques au cœur de la forêt tropicale (Station des Nouragues et de Paracou) par d’illustres chercheurs comme André Brosset, Pierre Charles-Dominique, Nancy Simmons ou Robert Voss, le GCG poursuit des objectifs modestes mais oh combien importants : l’étude des peuplements, l’élaboration d’une clé de détermination moderne des chiroptères de Guyane, leur détermination bioacoustique (en partenariat avec la SFEPM, l’ONF et Biotope), le suivi épidémiologique de la rage (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane) et des études génétiques par criblages moléculaires et barcoding (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane).

L’étude bioacoustique des chiroptères de Guyane est une des activitée principale de l’association. Cette action est primordiale pour compléter les connaissances des chiroptères de Guyane, car si les espèces de sous-bois de la forêt tropicale sont faciles à capturer et aujourd’hui relativement bien identifiées (essentiellement des Phyllostomidés), il existe tout un cortège qui utilise l’espace aérien au dessus de la canopée (Molossidés, Emballonuridés, Vespertillionidés) pour lesquels les données de présence restent fragmentaires.

Ainsi ce programme poursuit 3 objectifs :

– la caractérisation acoustique de l’ensemble des espèces de chiroptères, en particulier de haut vol,

– la caractérisation de l’abondance relative des espèces de haut vol,

– la formation des membres du GCG à cette technique.

Ce travail sur l’acoustique a permis de découvrir une nouvelle espèce de Pteronotus (Mormoopidés) qui est en cours de description. De plus, grâce à cette technique une nouvelle espèce (Lasiurus ega) présente dans les pays limitrophes (Suriname, Brésil) mais encore jamais observée en Guyane à pu être rajoutée à la liste des espèces présentes en Guyane. Ce qui fait 103 espèces en Guyane. D’autres espèces restent sans doute encore à découvrir.

Pteronotus sp. – Individu capturé sur le camp Atanaze sur le fleuve Approuague (c) Marguerite Delaval

L’épidémio-surveillance de la rage chez les chauves-souris constitue la deuxième activitée prenante de l’association. Le GCG travaille avec l’Institut Pasteur de Guyane pour l’étude de la rage Desmodine. La Guyane présente une situation épidémiologique particulière avec la transmission de la rage des chauves-souris hématophages (Desmodus rotundus ou vampire commun et Diaemus youngii vampire spécialisé sur les oiseaux) aux animaux domestiques et potentiellement à l’homme (un mort en 2008). Le GCG intervient pour capturer les vampires autour des élevages, ces vampires subissent un prélèvement de sang et de salive pour une recherche du virus de la rage. De plus, plusieurs colonies sont suivies plusieurs fois dans l’année où les individus sont marqués individuellement par des Pit tag.

Desmodus rotundus – Individu capturé sur la Grande Montagne Tortue – piste de Bélizon (c) Marguerite Delaval

Voilà donc en quelques lignes, quelques actions du GCG. Si des informations sur le GCG vous intéressent, les membres sont joignables et fédérés autour d’une liste de discussion (chiroguyane@yahoogroupes.fr) très dynamique. N’hésitez pas à nous rejoindre !

Marguerite et Vincent pour le GCC

Un référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditerranéenne – zoom sur les travaux de diplôme d’EPHE d’Alexandre Haquart

lundi, novembre 25th, 2013

Ce travail a été mené dans le cadre d’un Diplôme à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Son but est de fournir des indices et des chiffres de référence pour les évaluations et les suivis environnementaux. Un protocole pour l’évaluation de l’activité acoustique des Chiroptères relevée au cours de nuits complètes d’enregistrement est proposé. Ce référentiel s’appuie sur une base de données de près d’un million de fichiers d’enregistrements qui ont été collectés entre 2007 et 2011 sur près de 2000 points en France par les experts du bureau d’étude Biotope au moyen d’enregistreurs automatiques d’ultrasons de type Anabat et SM2BAT.

La détectabilité acoustique des chauves-souris est variable en fonction de leurs fréquences d’émissions et des conditions météo (température, humidité) mais également en fonction de facteurs méthodologiques tels que la qualité du matériel et le gain. En parallèle, la fiabilité d’identification des séquences acoustiques au niveau spécifique est grandement variable en fonction notamment des espèces, de la qualité des enregistrements, de la longueur et de la nature des séquences. La variabilité des résultats induite par ces biais est d’autant plus forte que l’unité de mesure est fine et précise, c’est pourquoi des unités de mesures stables face aux facteurs « abiotiques » sont recherchées. Deux indices sont proposés : le pourcentage des points où l’espèce est présente et le nombre de minute d’activité par nuit lorsque l’espèce est présente.

Les résultats d’activités sont présentés pour 30 espèces et groupes d’espèces de chiroptères en zone méditerranéenne. Les espèces qui se contactent le plus sont la Pipistrelle de Kuhl, la Pipistrelle commune et la Pipistrelle pygmée, elles se rencontrent sur environs 80% des points d’enregistrements, avec une moyenne de 50 à 60 minutes d’activité par nuit. La majorité des autres espèces sont contactées sur moins de 40% des points avec moins de 10 minutes d’activité par nuit lorsqu’elles sont présentes.

Une méthode est proposée pour tenter un parallèle entre l’activité des espèces et leurs effectifs de populations. Les résultats d’activité sont pondérés avec la distance de détectabilité des espèces (liée aux ultrasons) et les rayons d’actions connus des individus autour des colonies (liée à la biologie des espèces). D’après cette méthode, le nombre de chauves-souris en zone méditerranéenne serait proche de 10 millions d’individus (dont plus de 8 millions de Pipistrelles). La prise en compte de la détectabilité change l’ordre d’abondance observé entre les espèces. Une espèce très détectable comme le Molosse de Cestoni, se contacte fréquemment sur le terrain mais aurait les effectifs de population les plus faibles de la zone méditerranéenne. Les Rhinolophes, espèces très peu détectables, sont moins rares que les enregistrements ne le laissent paraitre.

Pour finir, une modélisation de l’effort d’échantillonnage est également réalisée afin d’évaluer l’effort nécessaire pour réaliser des inventaires complets. Il en ressort qu’une quinzaine de nuits d’enregistrements semblent fournir des inventaires satisfaisants.

Le document est téléchargeable sur http://www.le-vespere.org/Vesper_ressources.html

Alexandre pour le Chiroblog