Nouvelles méthodes pour estimer le sex-ratio des colonies via l’acoustique : application chez le Petit rhinolophe

juin 22nd, 2018

Pourquoi s’intéresser au sex-ratio ? Pour bien comprendre la dynamique des populations de chauves-souris, il faut connaitre le sex-ratio. Pendant longtemps (pour simplifier), les colonies estivales étaient majoritairement considérées comme des colonies de femelles. C’était pratique car pour obtenir un indice sur l’état de reproduction de la colonie, il suffisait de faire un ratio de fécondité entre nombre d’adultes et nombre de jeunes. Une colonie A avec 30 adultes et 15 jeunes a un ratio de 0.5 jeune / adulte ; une colonie B avec 45 adultes et 15 jeunes avec un ratio de 0.33 jeune / adulte. On pourrait alors conclure que la colonie A (ou ses environs) est de meilleure qualité que la colonie B. Autrement dit, d’où vient le problème avec la colonie B, pourquoi la fécondité est si basse ? Est-ce que les terrains de chasse sont médiocres ? Est-ce que la température dans le gîte est trop basse ? Bref, on peut se poser plein de questions mais la première à se poser devrait être de savoir si réellement, le taux de fécondité dans la colonie B est moins bon que celui de la colonie A. Pour cela, il nous faut savoir si tous les adultes sont des femelles, et la réponse est non dans beaucoup de cas, d’où l’intérêt de considérer le sex-ratio.

Certain dirons qu’il suffit de faire une capture et on aura vite l’information. Certes mais chez les espèces pour lesquelles les mâles et les femelles émettent des signaux ultrasons à des fréquences légèrement différentes, il est possible d’utiliser uniquement l’acoustique pour obtenir un sex-ratio. Une espèce particulièrement intéressante pour tester cette approche est le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), espèce pour laquelle nous savons que les mâles émettent plus bas en fréquence que les femelles. Il existe cependant une zone de chevauchement entre la fréquence émise par les mâles et par les femelles, ce qui jusqu’à présent a limité l’utilisation de données acoustiques enregistrées de manière passive (à l’entrée du gîte par exemple) afin d’obtenir des infos sur le sex-ratio voir de sexer les individus de manière fiable.

Nous avons développé une approche qui utilise les calculs Bayésiens Approchés (Approximate Bayesian Computation, ABC en anglais) afin d’estimer le sex-ratio dans les conditions mentionnées ci-dessus. L’approche ABC infère les paramètres (sex-ratio, pic de fréquence des mâles, pic de fréquence des femelles, écart type intra-sexe du pic de fréquence) les plus probables compte tenu d’une distribution observée (jeux de données observées) en comparant des statistiques sommaires des données observées aux statistiques sommaires de données simulées. Cette méthode permet également, a posteriori, de sexer les enregistrements comme appartenant à un mâle ou à une femelle. Nous comparons également cette méthode avec une approche plus simple, dite d’exclusion, et validons le tout à l’aide de simulations mais également de jeux de données empiriques.

Dans cette étude, nous montrons que :

– L’approche ABC permet d’estimer de manière très précise les sex-ratios à partir d’enregistrements acoustiques passifs (Figure 1),

Fig4_FR-01

Figure 1 : Proportion de mâles estimée par la méthode ABC par rapport à la valeur simulée (valeur vraie), ceci pour 100, 500, 1000, 2500, 5000 et 10000 cris d’echolocation. La ligne en pointillés représente une correspondance parfaite entre les valeurs simulées et les valeurs estimées.

 

– La précision des estimations augmente avec le nombre d’enregistrements obtenus (Figure 2),

Fig5_FR-01

Figure 2 : Erreur quadratique moyenne (EQM) pour différents sex-ratios estimés par la méthode d’exclusion en utilisant des seuils de 95% (bleu), 99% (jaune), et 99,9% (vert), et via l’approche ABC (noir). Les blocs correspondent à différentes tailles d’échantillon comme indiqué. L’axe X représente le sex-ratio simulé (de 0 à 1 par pas de 0,05, mêmes données que la figure 1). L’erreur quadratique moyenne permet d’evaluer la perforamce des méthodes d’estimation du sex-ratio; plus l’EQM est faible et proche de zéro, plus l’estimateur est performant.

 

– Le pic de fréquence des mâles et des femelles est estimé de manière précise par l’approche ABC (Figure 3),

Fig3_FR-01

Figure 3 : Pic de fréquence moyenne pour les mâles (en haut, vraie valeur =106 kHz), les femelles (au milieu, vraie valeur =109 kHz) et écart type intra-sexe (identique pour les mâles et les femelles) du pic de fréquence (en bas, vraie valeur = 1 kHz). Valeurs estimées par la méthode ABC pour six tailles d’échantillon différentes (représentées par des blocs de gauche à droite). Les estimations sont majoritairement centrées autour de la valeur simulée avec une variance qui décroît lorsque la taille d’échantillon augmente.

 

– L’approche peut également être utilisée pour étudier les variations spatiales ou temporelles de sex-ratio,

– Le sexage des cris d’écholocation fourni de très bons résultats, d’autant plus que la différence de fréquence entre mâles et femelles est élevée (Figure 4),

R Graphics Output

Figure 4 : Influence du sex-ratio (proportion de mâles) sur le pourcentage global d’attribution correcte du sexe des cris d’echolocation lorsque la moyenne des pics de fréquence diffèrent de 1±5 kHz entre les mâles et les femelles. Par exemple, pour une différence moyenne de 1 kHz de pic de fréquence entre mâles et femelles (points noirs), et une proportion de mâles de 0.1, un peu plus de 90% des cris seront correctement sexés.

 

Les simulations, dont les résultats sont brièvement présentés ci-dessus, montrent que la méthode donne de très bons résultats. Nous avons testé cette approche pour 4 colonies de Petit rhinolophe (en Thuringe, Allemagne) et comparé le sex-ratio obtenu via l’approche acoustique ABC et une estimation obtenue via la génétique non-invasive en suivant les protocoles de Zarzoso-Lacoste et al. (2018). Sur les quatre colonies étudiées, le sex-ratio estimé par les deux méthodes était très similaire avec une différence maximale de 0.1, prouvant ainsi que cette approche fournit également de bons résultats pour des jeux de données empiriques.

Comme toute approche, il y a un ensemble de facteurs qui sont importants a considérer afin de réaliser ce genre d’étude, facteurs que nous discutons dans l’article bien plus en détails qu’ici. Si vous êtes intéressés par la méthode et de plus amples informations et résultats, nous vous invitons à lire l’article original : Lehnen et al. (2018). Cet article est disponible gratuitement en cliquant sur le lien disponible dans la référence ci-dessous.

Sébastien (au nom de tous les coauteurs).

Références bibliographiques

Lehnen L, Schorcht W, Karst I, Biedermann M, Kerth G, Puechmaille SJ (2018) Using Approximate Bayesian Computation to infer sex ratios from acoustic data. PLoS ONE, 13:e0199428. [Télécharger le PDF].

Zarzoso-Lacoste D, Jan P-L, Lehnen L, Girard T, Besnard A-L, Puechmaille SJ, Petit EJ (2018) Combining noninvasive genetics and a new mammalian sex-linked marker provides new tools to investigate population size, structure and individual behaviour: an application to bats. Molecular Ecology Resources, 18:217-228.

 

 

Sélection d’articles récents (Avril 2018)

avril 25th, 2018

Nous vous avons à nouveau compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois.

1. Gunnell GF, Smith R, Smith T (2017) 33 million year old Myotis (Chiroptera, Vespertilionidae) and the rapid global radiation of modern bats. PLoS ONE 12(3): e0172621 [lien vers l’article].

2. Medellin, R. A., Rivero, M., Ibarra, A., de la Torre, J. A., Gonzalez-Terrazas, T. P., Torres-Knoop, L., & Tschapka, M. (2018). Follow me: foraging distances of Leptonycteris yerbabuenae (Chiroptera: Phyllostomidae) in Sonora determined by fluorescent powder. Journal of Mammalogy [lien vers l’article].

3. Ar Gouilh, M., Puechmaille, S. J., Diancourt, L., Vandenbogaert, M., Serra-Cobo, J., Lopez Roïg, M., … Manuguerra, J.-C. (2018). SARS-CoV related Betacoronavirus and diverse Alphacoronavirus members found in western old-world. Virology, 517, 88–97 [lien vers l’article].

4. Teeling, E. C., Vernes, S. C., Dávalos, L. M., Ray, D. A., Gilbert, M. T. P., Myers, E., & Bat1K Consortium. (2018). Bat biology, genomes, and the Bat1K project: To generate chromosome-level genomes for all living bat species. Annual Review of Animal Biosciences, 6(1), 23–46 [lien vers l’article].

5. Fritze, M., & Puechmaille, S. J. (2018). Identifying unusual mortality events in bats: a baseline for bat hibernation monitoring and white-nose syndrome research. Mammal Review [lien vers le résumé].

6. Lintott, P. R., Davison, S., van Breda, J., Kubasiewicz, L., Dowse, D., Daisley, J., … Mathews, F. (2018). Ecobat: An online resource to facilitate transparent, evidence-based interpretation of bat activity data. Ecology and Evolution, 8(2), 935–941 [lien vers l’article].

7. Kerbiriou, C., Bas, Y., Le Viol, I., Lorrilliere, R., Mougnot, J., & Julien, J. F. (2018). Potential of bat pass duration measures for studies of bat activity. Bioacoustics, 1–16 [lien vers le résumé].

8. Millon, L., Colin, C., Brescia, F., & Kerbiriou, C. (2018). Wind turbines impact bat activity, leading to high losses of habitat use in a biodiversity hotspot. Ecological Engineering, 112, 51–54 [lien vers le résumé].

9. Zou, P., Fan, H., Lan, T., … Ma, J.Y. (2018). Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin. Nature. 556(7700):255-258 [lien vers le résumé].

10. African Chiroptera Report (2017) African Chiroptera Report. AfricanBats, African Chiroptera Project, Pretoria [lien vers l’article].

11. Andriollo T, Ruedi M (2018) Novel molecular tools to identify Plecotus bats in sympatry and a review of their distribution in Switzerland. Revue Suisse de Zoologie, 125, 61-72 [lien vers le résumé].

12. Hill AP, Prince P, Covarrubias EP, Doncaster CP, Snaddon JL, Rogers A (2018) AudioMoth: Evaluation of a smart open acoustic device for monitoring biodiversity and the environment. Methods in Ecology and Evolution [lien vers le résumé].

Sélection d’articles récents

novembre 20th, 2017

Nous vous avons à nouveau compilé une petite sélection d’articles scientifiques publiés ces derniers mois:

1. Hernández-Brito D., Caret M., Popa-Lisseanu A.G., Ibáñez C. & Tella J.L. (2014). Crowding in the city: Losing and winning competitors of an invasive bird. PLoS ONE9(6): e100593 [lien vers l’article].

2. Haarsma A.-J. & van der Graaf C. (2009). Halsbandparkieten, een bredeiging voor Rosse vleermuizen? De Levende Natuur 114: 10–13 [lien vers l’article].

3. Bas, Y., Bas, D. & Julien, J.-F. (2017). Tadarida: A toolbox for animal detection on acoustic recordings. Journal of Open Research Software [lien vers l’article].

4. López-Baucells, A., Rocha, R. & Fernández-Llamazares, Á. (2017). When bats go viral: negative framings in virological research imperil bat conservation. Mammal Review, in press [lien vers l’article].

5. O’Mara, M.T., Wikelski, M., Voigt, C.C., Ter Maat, A., Pollock, H.S., Burness, G., Desantis, L.M. & Dechmann, D.K.N. (2017). Cyclic bouts of extreme bradycardia counteract the high metabolism of frugivorous bats. eLife, 6, e26686 [lien vers l’article].

6. Roemer, C., Disca, T., Coulon, A. & Bas, Y. (2017). Bat flight height monitored from wind masts predicts mortality risk at wind farms. Biological Conservation, 215, 116-122 [lien vers l’article].

7. Greif, S., Zsebők, S., Schmieder, D. & Siemers, B.M. (2017). Acoustic mirrors as sensory traps for bats. Science, 357, 1045-1047 [lien vers le résumé].

8. Fleischer, T., Gampe, J., Scheuerlein, A. & Kerth, G. (2017). Rare catastrophic events drive population dynamics in a bat species with negligible senescence. Scientific Reports, 7, 7370 [lien vers l’article].

9. Pettit, J.L. & O’Keefe, J.M. (2017). Day of year, temperature, wind, and precipitation predict timing of bat migration. Journal of Mammalogy, in press [lien vers le résumé].

10. Jan, P.-L., Farcy, O., Boireau, J., Le Texier, E., Baudouin, A., Le Gouar, P., Puechmaille, S.J. & Petit, E.J. (2017). Which temporal resolution to consider when investigating the impact of climatic data on population dynamics? The case of the lesser horseshoe bat (Rhinolophus hipposideros). Oecologia, 184, 749-761 [lien vers le résumé].

11. López-Baucells, A., Puig-Montserrat, X., Torre, I., Freixas, L., Mas, M., Arrizabalaga, A. & Flaquer, C. (2017). Bat boxes in urban non-native forests: a popular practice that should be reconsidered. Urban Ecosystems, 20, 217-225 [lien vers le résumé].

12. Le Roux, M., Redon, M., Archaux, F., Long, J., Vincent, S. & Luque, S. (2017). Conservation planning with spatially explicit models: a case for horseshoe bats in complex mountain landscapes. Landscape Ecology, 1-17 [lien vers le résumé].

13. Froidevaux, J.S.P., Boughey, K.L., Barlow, K.E. & Jones, G. (2017). Factors driving population recovery of the greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) in the UK: implications for conservation. Biodiversity and Conservation, 1-21 [lien vers l’article].

14. Bartonička, T., Bandouchova, H., Berková, H., Blažek, J., Lučan, R., Horáček, I., Martínková, N., Pikula, J., Řehák, Z. & Zukal, J. (2017). Deeply torpid bats can change position without elevation of body temperature. Journal of Thermal Biology, 63, 119-123 [lien vers l’article].

 

Influence de la qualité des haies sur l’activité des chauves-souris à différentes échelles spatiales

novembre 8th, 2017

La biodiversité est menacée notamment par la perte des habitats et leur fragmentation. Le rôle des haies dans le maintien de la biodiversité est bien connu mais peu d’études ont montré l’importance des caractéristiques intrinsèques des haies et de la qualité des réseaux de haies à différentes échelles spatiales.

L’objectif de cet article est donc d’étudier, à différentes échelles spatiales du territoire, l’influence, sur l’activité des chauves-souris, de 3 indices de qualité des haies :

  • la densité des haies qui correspond à la somme de leurs longueurs en mètres à l’intérieur des zones tampons,
  • la diversité de structures des haies que nous avons calculé à partir de l’indice de Shannon (Shannon et Weaver, 1949) et d’une base de données décrivant les éléments linéaires du paysage dans cinq catégories: (1) alignement des arbres, (2) ripisylve, (3) des haies composées seulement des arbustes, (4) des haies boisées sans présence d’arbustes, (5) des haies composées de trois strates (arborées, arbustives et herbacée).
  • et la production de bois qui correspond à une mesure du volume de bois contenue par élément linéaire (en m3)

Matériels et méthodes

  • Site d’étude

Le site d’étude est situé dans l’estuaire de la Loire en zone Natura 2000 et est constitué principalement de prairies gérées de façon extensives avec un important réseau bocager. La Figure 1 représente la localisation des 51 points d’écoute dans le site d’étude. Nous avons réalisé 2 passages en 2011 un en juin et un fin août.

figure1

Figure 1 : Localisation des points d’écoute dans le site d’étude: (A) et agrandissement montrant les 3 distances à la haie étudiées (0m, 25m et 50m) (B)

  • Analyses acoustiques

A partir d’un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, afin d’obtenir un gradient de diversité de haies au sein du paysage, nous avons réalisé une étude acoustique (détecteur Tranquility Transect) où nous avons mesuré l’abondance d’activité des chauves-souris avec une méthode d’identification acoustique automatique (Vigie-Chiro) puis avec des vérifications individuelles.

  • Analyses statistiques

La Figure 2 présente les variables explicatives (Conditions d’échantillonnage, caractéristiques des sites, caractéristiques des haies, autocorrélation spatiale) et les variables de réponse qui sont de 2 types 1) Abondance d’activité de l’espèce et 2) Trait de la communauté (aériennes, glaneuses, etc).

figure2
Figure 2 : Variables explicatives. i dans la Figure 2 est la taille de la zone tampon considérée. En effet, nous avons étudié l’effet de ces différentes variables à différentes échelles spatiales dans un rayon de 50 m à 1000m autour du point d’écoute. Chaque résultat (estimate±SE) obtenu à une échelle donnée est représenté dans une figure reprenant toutes les échelles spatiales étudiées, donnant ainsi 1) la tendance (positif ou négatif) et 2) la significativité de cette tendance, ce qui est représenté par la Figure 3 :

figure3Figure 3 : Echelles spatiales d’étude

Résultats

9 taxa (potentiellement 14 espèces) ont été identifiée parmi lesquelles 3 espèces dominantes : Pipistrellus pipistrellus (48.5%), Pipistrellus kuhli (24.4%) et Pipistrellus nathusii (21.2%). En utilisant une approche basée sur les espèces et les traits (stratégie de chasse et spécialisation (CSI)), nous avons évalué la façon dont la qualité des haies influence l’activité des chauves-souris à différentes échelles spatiales (de 50 à 1000 m). En général, nos résultats montrent l’importance de la qualité des haies pour les chauves-souris, mais la force de l’association entre les taxons et les haies semblent varier considérablement parmi les espèces et les échelles spatiales. Bien que cela dépende des taxons, la production, la densité et la diversité structurelle des haies ont un effet globalement positif. Nos résultats suggèrent que ces effets sont généralement plus importants à grande échelle.

  • Production de bois des haies

L’activité des espèces est généralement corrélée positivement avec la production de bois des haies, et majoritairement l’effet détecté est plus fort à de grandes échelles spatiales (Figure 4A) sauf notamment pour les espèces glaneuses (Figure 4B).

figure4
La Figure 4A montre que : 1) à 1000 m, l’indice de production de bois a un effet positif (au-dessus de zéro), sur l’activité des espèces dites aériennes et significatif (indiqué par l’astérisque); 2) l’effet d’échelle, de 50 m à 1000 m, obtenu à partir d’une régression linéaire, est significatif (représenté par la ligne pointillée).

  • Densité des haies

Nos résultats montrent que plus la densité de haies est importante autour du point d’écoute, plus il y a de cris de chauves-souris enregistrés. Cet effet est observé à presque toutes les échelles spatiales et est généralement plus fort pour de larges échelles spatiales.

  • Diversité des structures des haies

L’effet de la diversité des structures des haies est plus faible à larges échelles spatiales. Un effet contrasté et opposé est observé pour les espèces aériennes et glaneuses. L’activité de ces dernières (sauf pour les Myotis) diminue avec une augmentation de la diversité structurale des haies à toutes les échelles alors que l’activité des espèces aériennes augmentent jusqu’à 500m puis diminue à plus larges échelles.

Conclusions – recommandations pour la gestion

Nos résultats montrent l’importante de la quantité de haies (indice de densité) et de la qualité des haies (indice de diversité structurale et indice de production de bois) mais également l’intérêt de développer des réseaux de haies composées d’arbres de grandes tailles et de différents types (importance de l’hétérogénéité des habitats et niches écologiques). De plus, au-delà des rôles écologiques des haies pour les déplacements, la chasse et comme habitat notamment pour les chiroptères, et des services écosystémiques qu’elles offrent, l’indice de production de bois des haies montre l’importance de conserver et d’encourager le maintien des gros arbres et des arbres âgés à l’échelle du paysage.

Une des perspectives de cette étude est d’analyser l’influence de la typologie des haies par des approches fonctionnelles et des approches spécifiques (autre article en préparation).

Aurélie Lacoeuilhe, Nathalie Machon, Jean-Francois Julien et Christian Kerbiriou. Les quatre auteurs font partie du CESCO du Muséum d’Histoire Naturelle de Paris. Les auteurs remercient EDF pour le financement de cette étude.

Référence bibliographique
Lacoeuilhe, A., Machon, N., Julien, J. F., & Kerbiriou, C. 2016. Effects of hedgerows on bats and bush crickets at different spatial scales. Acta Oecologica, 71, 61-72.

La pollution lumineuse impacte plus fortement les chauves-souris de France que l’artificialisation des sols

septembre 17th, 2017

Le programme de suivi des chauves-souris mis en place par le Muséum d’Histoire Naturelle de Paris – le programme Vigie-Nature – permet d’évaluer l’état de santé des populations de chauves-souris en France. Créé en 2006, de nombreux bénévoles récoltent des données de présence de chauves-souris sur la base d’enregistrement des ultrasons. A partir de ces données, une équipe du Muséum a notamment étudié les impacts de la pollution lumineuse , l’agriculture intensive et l’artificialisation des sols sur les chauves-souris en France, en particulier les 4 espèces les plus suivies dans le programme : la pipistrelle commune, la pipistrelle de kuhl, la sérotine commune et la noctule de leisler.

Notre objectif était de déterminer si les effets de la pollution lumineuse sur ces espèces étaient négligeables au regard des autres pressions majeures qui menacent la biodiversité comme l’intensification de l’agriculture ou encore l’urbanisation.

Pour cela, nous avons mesuré autour de chacun des tronçons routiers :

  • la quantité de lumière ambiante la nuit à l’aide de couches satellites nocturnes
  • la proportion d’agriculture intensive
  • la proportion de surfaces imperméabilisées

vigichiro
Puis nous avons cherché à relier ces paramètres avec l’activité des quatre espèces de chauves-souris.

Bildschirmfoto 2016-09-06 um 09.11.12Figure 2. Impact relatif des surfaces imperméables (cercle plein), de la radiance moyenne (carré noir) et de l’agriculture intensive (cercle vide) à 4 échelles spatiales sur l’activité de la pipistrelle commune (a), et sur la probabilité de présence de la pipistrelle de kuhl (b), la noctule de leisler (c) et de la sérotine commune (d). Si les coefficients sont en dessous de la ligne horizontale en pointillé (à 0 sur l’axe des y), l’effet est négatif. Si les barres d’erreurs chevauchent cette ligne, alors cette effet n’est pas significatif.

Pour les quatre espèces, nous avons trouvé que la pollution lumineuse avait un effet négatif significatif, et que cet effet était plus fort que celui de l’artificialisation des sols.

Cela démontre que l’usage massif d’éclairage artificiel dans les paysages urbains ajoute une pression supplémentaire significative à celle de l’artificialisation des sols, et que l’on sous-estime sûrement les impacts de l’urbanisation sur la biodiversité en ne prenant pas en compte cette pollution associée aux activités humaines.

Par ailleurs, les 4 espèces suivies étaient jusque-là considérées comme « attirées » par la lumière car elles ont souvent été observées chassant les insectes sous les lampadaires. Nos travaux suggèrent que même si localement elles peuvent chasser sous des lampadaires, le réseau d’infrastructure lumineuse dans le paysage à des effets négatifs sur le reste de leurs activités et de leurs cycles biologiques (en affectant la disponibilité en gîtes favorables ou en gênant leurs mouvements dans le paysage par exemple).

Toutefois, il est important de noter que l’impact de la pollution lumineuse étaient moins important que celui de l’agriculture intensive, qui reste une pression négative majeure pour la biodiversité en France et dans le monde.

Clémentine Azam, Isabelle Le Viol, Jean-Francois Julien, Yves Bas et Christian Kerbiriou

Référence de l’article

Azam et al. 2016. Disentangling the relative effect of light pollution, impervious surfaces and intensive agriculture on bat activity with a national-scale monitoring program. Landscape ecology. doi:10.1007/s10980-016-0417-3

Liste de thèses sur les chauves-souris

juin 21st, 2017

Nous vous proposons ici une liste de thèses en cours ou bien déjà publiées sur les chauves-souris. Cette liste se limite aux chercheurs francophones qui ont conduit leurs travaux en France ou bien à l’étranger. Nous mettrons régulièrement cette liste à jour. Si nous en avons oublié ou si les informations sont erronées, merci de nous en informer à l’adresse suivante : mail.chiroblog@gmail.com

Thèses en cours (titres provisoires) :

Tommy Andriollo (débutée en 2015). Muséum d’Histoire Naturelle de Genève (Suisse).
‘Molecular ecology and conservation of the Alpine long-eared bat (Plecotus macrobullaris)‘.

Charlotte Roemer (débutée en 2015). MNHN-UPMC (France).
‘Écologie du mouvement à l’échelle locale chez les chiroptères et risques anthropiques de collision’.

Fabien Claireau (débutée en 2015). MNHN-UPMC (France).
‘Chiroptères et continuités écologiques’.

Julie Pauwels (débutée en 2015). MNHN-UPMC (France).
‘Pollution lumineuse et biodiversité – quels leviers d’action pour limiter les impacts de l’éclairage public sur la faune nocturne ?’

Patrick Wright (débutée en 2015). Université d’Exeter (Royaume-Uni).
‘Molecular approaches to improve the conservation of Bechstein’s bats’

Jérémy Froidevaux (débutée en 2014). Université de Bristol (Royaume-Uni).
‘Conservation des Chiroptères en milieu agricole : évaluation des mesures agro-environmentales’.

Kévin Barré (débutée en 2014). MNHN-UPMC (France).
‘Compenser l’éolien avec le monde agricole : un dispositif gagnant-gagnant basé sur des mesures d’équivalence de biodiversité’.

Clément Cechetto (débutée en 2014). University of Southern Denmark (Danemark).
‘Multimodal integration in echolocating bats’.

Pierre-Loup Jean (débutée en 2013). Rennes (France).
‘Dynamique des populations du Petit rhinolophe en forêt d’exploitation’.

Thèses soutenues :

Clémentine Azam (soutenue en 2016). MNHN-UPMC (France).
‘Impacts of light pollution on bat spatiotemporal dynamics in France : implications for outdoor light planning’.
[Résumé en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Yann Gager (soutenue en 2016). Université de Constance (Allemagne)
‘Causes and consequences of social foraging in a neotropical bat’.
[Thèse en anglais].

Arielle Salmier (soutenue en 2016). Guyane (France).
‘Réponse des chiroptères aux environnements : diversité virale et potential d’adaptation’.
[Résumé en français].

Laurent Tillon (soutenue en 2015). Université Toulouse 3 Paul Sabatier (France).
‘Utilisation des gîtes et des terrains de chasse par les Chiroptères forestiers, propositions de gestion conservatoire’.

Philippe Théou (soutenue en 2015). Université de Tirana (Albanie).
‘Bat populations in Albania: Structure and dynamic of populations’.
[Thèse en anglais] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Francois-Henri Fabianek (soutenue en 2015). Université de Laval (Canada).
‘Sélection de l’habitat diurne des chauves-souris dans un contexte d’aménagements sylvicoles en forêt boréale’.
[Thèse en français].

Fidel Botero-Castro (soutenue en 2014). Université de Montpellier II (France).
‘Systématique, phylogénie et évolution moléculaire des Phyllostomidae (Mammalia, Chiroptera): une approche mitogénomique comparative’.
[Résumé en français].

Aurélie Lacoeuilhe (soutenue en 2014). MNHN-UPMC (France).
‘Gestion de la biodiversité sur les sites anthropisés : de l’échelle des sites d’entreprises à celle du paysage’.
[Thèse en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Yohan Charbonnier (soutenue en 2014). (France).
‘Relations entre diversité des habitats forestiers et communautés de chiroptères à différentes échelles spatiales en Europe : implications pour leur conservation et le maintien de leur fonction de prédation.’
[Résumé en français].

Baptiste Régnery (soutenue en 2013). MNHN-UPMC (France).
‘Les mesures compensatoires pour la biodiversité: conception et perspectives d’application.’
[Thèse en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Pierline Tournant (soutenue en 2013). Université de Franche Comté (France).
‘Impact du paysage sur la distribution spatiale et génétique des colonies de petit Rhinolophe’
[Résumé en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Vuong Tan Tu (soutenue en 2013). MNHN-UPMC (France).
Phytogéographie comparée des chauves-souris (mammifères, chiroptères de l’Indochine).
[Résumé en français].

Anthony Ravel (soutenue en 2012). Université de Montpellier II (France).
‘Origine et radiation des chiroptères modernes : implication des faunes paléogènes d’Afrique du Nord et d’Asie du Sud’.
[Résumé en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Nicolas Nési (soutenue en 2012). MNHN-UPMC (France).
‘Systématique et phylogéographie des chauves-souris africaines de la sous-famille des Epomophorinae (Chiroptera, Pteropodidae)’.
[Résumé en français] et [Présentation des travaux de thèse sur le Chiroblog].

Audrey Lacroix (soutenue en 2012). Montpellier (France).
‘Découverte et caractérisation de nouveaux virus transmis par les chiroptères au Cambodge et au Laos’.
[Résumé en français].

Sébastien J. Puechmaille (soutenue en 2009). University College of Dublin (Irlande).
‘A molecular and ecological investigation into the evolutionary history of Craseonycteris thonglongyai.’
[Publication 1], [Publication 2] et [Publication 3].

Allowen Evin (soutenue en 2009). MNHN-UPMC (France).
‘Evolution phénotypique, phylogéographie et insularité des chauves-souris du bassin méditerrannéen occidental’.
[Résumé en français].

Meriadeg Ar Gouilh (soutenue en 2008). MNHN-UPMC (France).
‘Relations écologiques virus / chiroptères : Coronavirus, CoV-SRAS et autres virus de la chirofaune de Thailande : détection, caractérisation et écologie’.
[Résumé en français].

Xavier Pourrut (soutenue en 2008). Aix-Marseille II (France).
‘Implication des chauves-souris dans les épidémies de filovirus en Afrique : modalités de contamination de l’homme et des grands singes.’
[Résumé en français].

Benoît Stadelmann (soutenue en 2005). Université de Genève (Suisse).
‘Historical biogeography and speciation in the cosmopolitan genus Myotis (Chiroptera: Vespertilionidae).’

Emmanuel Cosson (soutenue en 2003). Université de Provence, Aix – Marseille I (France).
‘Etude phylogéographique d’une espèce vulnérable, le Murin de Capaccini (Myotis capaccinii Bonaparte 1837) et stratégies de conservation des populations résiduelles.’

Eric Petit (soutenue en 1998). Université Friedrich Alexander (Allemagne).
Structure et histoire post-glaciaire des populations de Noctule commune Nyctalus noctula (Chiroptera, Mammalia). Une analyse de colonies européennes utilisant des marqueurs génétiques mitochondriaux et nucléaires.’
[Publication 1], [Publication 2], [Publication 3] et [Publication 4].

– Jean-François Cosson (soutenue en 1994). Paris XI (France).
‘Dynamique de population et dispersion de la chauve-souris frugivore Carollia perspicillata en Guyane française.’
[Résumé en français].

La radiation des chauves-souris modernes, l’histoire d’une découverte inespérée en Afrique du Nord.

mai 24th, 2017

2009, un mois après le commencement de ma thèse sur les chiroptères fossiles éocènes, j’embarquais avec l’équipe de paléontologie de Montpellier et le géologue Gilles Merzeraud à bord d’un bateau en direction de la Tunisie. Nous avions alors pour objectif de retourner dans la région de Kasserine pour poursuivre les prospections et découvrir de nouveaux sites fossilifères datant de l’Eocène inférieur-moyen. L’une des localités, Chambi, datée à la limite fin Eocène inférieur − début Eocène moyen (Mebrouk et al.1997, Adaci et al. 2007 ; Coster et al. 2012), avait déjà révélé de rares fossiles de chiroptères : une dent et un fragment de mandibule appartenant à un Philisidae ancien Dizzya exultans et une dent fragmentaire appartenant à un Rhinolophoïde indéterminé (Sigé 1985). Nous y sommes donc retournés avec la ferme intention d’y découvrir de nouveaux fossiles de chiroptères et ainsi alimenter ma thèse qui en avait bien besoin. Arrivés in situ au flanc du djebel (mont en arabe) Chambi, à l’aide des indications relevées dans la bibliographie, nous avons pu retrouver le fameux banc de calcaire induré issu de dépôts fluvio-lacustres qui contenait ces fossiles.

Banc de calcaire lacustre fossilifère situé au flanc du djebel Chambi, région de Kasserine, Tunisie.

Banc de calcaire lacustre fossilifère situé au flanc du djebel Chambi, région de Kasserine, Tunisie.

En parcourant le niveau et en observant la surface de la roche, nous avons immédiatement décelé le potentiel du site. Nous avons alors prélevé plus d’une centaine de kilos de bloc rocheux.

Chantier de fouille dans les Gour Lazib (Algérie).

De retour à Montpellier et après traitement du sédiment par attaques acides−lavage−tamisage, plus de 500 spécimens de chiroptères fossiles furent découvert, sauvant par la même occasion mes trois années de thèse. Ces spécimens sont, par contre, essentiellement composés de dents isolées et de quelques fragments de mandibules. Un beau et passionnant puzzle m‘attendait.

Échantillon du matériel retrouvé à Chambi (Tunisie) et au Glib Zegdou (Algérie)

L’étude de ce matériel, associé à des spécimens provenant d’une autre localité sub-contemporaine d’Algérie (Glib Zegdou, dans la région des Gour Lazib, Hammada du Dra), est maintenant publiée dans Géodiversitas, la revue du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris (Ravel et al. 2016). Ce nouveau matériel nous permet d’apprécier l’étonnante diversité morphologique des chiroptères d’Afrique du Nord en place dès la fin de l’Eocène inférieur. Ces chiroptères se distinguent par leur morphologie des formes archaïques que l’on retrouve sur les autres continents à la même époque (i.e., Onychonycteridae Simmons et al., 2008, Icaronycteridae Jepsen, 1966, Archaeonycteridae Revilliod, 1917, Hassianycteridae Habersetzer & Storch, 1987, Palaeochiropterygidae Revilliod, 1917 et Tanzanycteridae Gunnell et al., 2003). Une approche systématique a permis d’identifier dix nouveaux taxons en plus des deux espèces de Philisidae déjà connues (Ravel et al. 2015). Cette nouvelle faune montre de nombreuses similitudes avec les faunes abondantes plus récentes issues des karsts éocènes du Quercy dans le Sud-Ouest de la France (Maitre 2008 ; Maitre et al. 2014). Il est possible d’attribuer ces espèces à 5 familles modernes de chiroptères (dont 4 actuelles) : un Necromantidae (?Necromantis fragmentum Ravel, n. sp.), deux Hipposideridae Miller, 1907 (?Palaeophyllophora tunisiensis Ravel, n. sp. et Hipposideros (Pseudorhinolophus) africanum Ravel, n. sp.), trois Emballonuridae Gervais in de Castelnau, 1855 (Vespertiliavus kasserinensis Ravel, n. sp., ?Vespertiliavus aenigma Ravel, n. sp., et Pseudovespertiliavus parva Ravel n. gen., n. sp.), un Nycteridae (Khoufechia gunnelli Ravel n. gen., n. sp.) ainsi qu’un Ves­pertilionidae indéterminé. Deux autres taxons, Chambinycteris pusilli Ravel n. gen., n. sp. et Drakonycteris glibzegdouensis Ravel n. gen., n. sp., présentent une morphologie dentaire originale, ce qui ne permet pas de les attribuer de manière formelle à des familles connues.

L’étude est complétée par deux analyses cladistiques qui ont permis de clarifier la position phylogénétiques des taxons les mieux documentés et de proposer des scénarios de dispersion pour certains groupes. Les résultats mettent en évidence un axe majeur de dispersion des chiroptères Hipposi­deridae et Emballonuridae depuis l’Afrique du Nord vers le Sud de l’Europe durant l’Éocène moyen. A l’inverse, les Nycteridae, comprenant Chambinycteris pusilli Ravel n. gen., n. sp., semblent avoir une histoire bien ancrée en Afrique. La présence d’une telle concentration de fossiles et d’une telle diversité dans des dépôts fluvio-lacustres est surprenante pour des formes modernes cavernicoles jusque-là presque exclusivement inféodées aux dépôts karstiques (présence d’anciennes cavités ; Maitre 2014). Cependant une telle agrégation de restes appartenant à des chauves-souris cavernicoles peut s’expliquer par le lessivage d’un réseau ancien de grottes après une montée des eaux.

Anthony Ravel pour le Chiroblog

Article de référence :

Ravel A, Adaci M, Bensalah M, Charruault A-L, Essid EM, Ammar HK, Marzougui W, Mahboubi M, Mebrouk F, Merzeraud G, Vianney-Liaud M, Tabuce R & Marivaux L (2016). Origine et radiation initiale des chauves-souris modernes : nouvelles découvertes dans l’Éocène d’Afrique du Nord. Geodiversitas, 38 (3), 355-434. http://dx.doi.org/10.5252/g2016n3a3

Références bibliographiques :

Adaci M, Tabuce R, Mebrouk F, Bensalah M, Fabre P-H, Hautier L, Jaeger J-J, Lazzari V, Mahboubi M, Marivaux L, Otero O, Peigné S & Tong H (2007). Nouveaux sites à vertébrés paléogènes dans la région des Gour Lazib (Sahara nord-occidental, Algérie). Comptes Rendus Palevol, 6, 535-544. http://dx.doi.org/10.1016/j.crpv.2007.09.001

Coster P, Benammi M, Mahboubi M, Tabuce R, Adaci M, Marivaux L, Bensalah M, Mahboubi S, Mahboubi A, Mebrouk F, Maameri C & Jaeger J-J (2012). Chronology of the Eocene continental deposits of Africa: magnetostratigraphy and biostratigraphy of the El Kohol and Glib Zegdou Formations. Geological Society of America Bulletin, 124, 1590-1606. http://dx.doi.org/10.1130/B30565.1

Maitre E, Sigé B & Escarguel G (2008). A new family of bats in the Paleogene of Europe: Systematics and implications for the origin of emballonurids and rhinolophoids. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie, Abhandlungen, 250, 199-216. http://dx.doi.org/10.1127/0077-7749/2008/0250-0199

Maitre E (2014). Western European middle Eocene to early Oligocene Chiroptera: systematics, phylogeny and paleoecology based on new material from the Quercy (France). Swiss journal of Palaeontology, 133, 141-242. http://dx.doi.org/10.1007/s13358-014-0069-3

Mebrouk F, Mahboubi M, Bessedik M & Feist M (1997). L’apport des charophytes à la stratigraphie des formations continentales paléogènes de l’Algérie. Geobios, 30 (2), 171-177. http://dx.doi.org/10.1016/S0016-6995(97)80221-5

Ravel A, Adaci M, Bensalah M, Mahboubi M, Mebrouk F, Essid EM, Marzougui W, Ammar HK, Charruault A-L, Lebrun R, Tabuce R, Vianey-Liaud M & Marivaux L (2015). New philisids (Mammalia, Chiroptera) from the Early- Middle Eocene of Algeria and Tunisia: new insight into the phylogeny, paleobiogeography and paleoecology of the Philisidae. Journal of Systematic Palaeontology, 13 (8), 691-709. http://dx.doi.org/10.1080/14772019.2014.941422

Sigé B. (1985). Les chiroptères Oligocènes du Fayum, Égypte. Geologica et Palaeontologica, 19, 161-189.

 

Petite rétrospective de l’année 2016

janvier 3rd, 2017

Au cours de l’année 2016, après une petite rétrospective de l’année 2015, nous vous avons proposé une sélection de sept articles originaux sur des sujets aussi variés que:
la migration de la Pipistrelle de Nathusius.
des inventaires acoustiques en Nouvelle-Calédonie
la pollution lumineuse et l’extinction nocturne des lampadaires
une nouvelle population de Grandes Noctules en Aveyron
la migration des chauves-souris en Europe
les chauves-souris du Burkina-Faso
la prédiction des terrains de chasse en Camargue par des modèles informatiques
sans oublier deux sélections d’articles scientifiques, une première en Mars et une seconde en Octobre.

Un grand merci à tous les auteurs – Célia Colin, Clémentine Azam, Yannick Beucher, Marcus Fritze, Malika Kangoye, Jocelyn Fonderflick, Clarisse Brochier, Emmanuel Cosson et Delphine Quékenborn– pour leur contribution !

Nous vous rappelons que le Chiroblog est une plate-forme participative, un simple e-mail à l’adresse mail.chiroblog@gmail.com et l’équipe vous donnera accès aux coulisses du blog pour la rédaction de vos articles ! Plusieurs articles sont déjà en relecture.

Merci de votre intérêt pour les chiroptères et à très bientôt sur le Chiroblog.

Pour l’équipe du Chiroblog,
Yann, Sébastien et Mériadeg

Des modèles informatiques pour prédire les terrains de chasse des chauves-souris en Camargue

décembre 3rd, 2016

Au cours de la dernière décennie, les modèles d’habitat potentiels (Habitat Suitability Models, HSMs), ou modèles de distribution d’espèces (Species Distribution Models, SDMs), ont reçu une attention considérable dans les études de conservation et ont généré un large éventail d’applications. Ces modèles ont été utilisés à la fois pour identifier les variables environnementales qui influençent la distribution des espèces et aussi pour prédire leurs distributions en fonction de différentes variables. Ces modèles ont été utilisés jusqu’à présent principalement pour prédire des distributions à large échelle. Ils peuvent cependant être également utilisés à des échelles spatiales plus fines pour répondre à des objectifs de conservation.

Dans le cadre du programme Life+ ChiroMed, nous avons évalué la faisabilité d’utiliser ce type de modèle pour prédire la distribution des terrains de chasse de deux espèces de chiroptère, le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) et le Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus). Nous avons suivi par télémétrie 34 Grands Rhinolophe et 29 Murins à oreilles échancrées provenant de deux colonies de parturition mixtes situées en Camargue et séparées de 21.5 km.

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Une équipe de radio-tracking en poste

 

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Murin à oreille échancrées

L’étude avait pour objectifs (1) de caractériser la sélection des terrains de chasse de ces deux espèces (2) de produire des cartes prédictives des terrains de chasse autour des deux colonies de parturition, (3) d’analyser la performance prédictive de quatre modèles d’analyse statistique (Mahalanobis distance, ENFA, MADIFA et MaxEnt), et (4) d’évaluer la faisabilité de prédire la distribution des terrains de chasse d’une colonie à partir des données obtenues sur une seconde colonie indépendante.

Notre étude montre que les quatre modèles testés permettent de générer des cartes prédictives des terrains de chasse potentiels spécifiques à chaque espèce de façon relativement fiable, sur la base de la configuration du paysage environnant chaque colonie. Parmi les 17 variables d’habitats sélectionnés, les ripisylves, les boisements et la distance à la colonie jouent un rôle clé dans la sélection des terrains de chasse des deux espèces. MaxEnt apparait comme le modèle le plus performant pour prédire la distribution potentielle des terrains de chasse autour de chaque colonie, même à partir de données télémétriques obtenues de façon indépendante sur d’autre colonies.

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Carte prédictive des terrains de chasse potentiels autour d’une colonie de parturition de Grand Rhinolophe obtenue avec la méthode MaxEnt. La carte a été construite en utilisant 70% des localisations obtenues par télémétrie, tandis que les 30% restantes (cercles blancs) ont été utilisées pour tester la performance prédictive du modèle. Les nuances de gris indiquent les probabilités d’être un terrain de chasse potentiel, allant de 0 (faible probabilité en gris clair) à 1 (forte probabilité en noir)

Les études de télémétrie pour étudier la sélection des terrains de chasse des chiroptères ont connu un développement important ces dernières années. Comme de nombreuses espèces de chauves-souris sont menacées par la perte d’habitats, les modèles prédictifs de distribution d’habitat potentiel peuvent être des outils utiles pour définir où et comment protéger les terrains de chasse autour des colonies de parturition. Cependant, ces modèles mériteraient d’être testés sur d’autres espèces de chiroptère et dans d’autres contextes paysagers afin de mieux évaluer leur pertinence pour prédire et caractériser la sélection des terrains de chasses autour des colonies de parturition.

Jocelyn Fonderflick, Clémentine Azam, Clarisse Brochier, Emmanuel Cosson et Delphine Quékenborn
Traduction de l’anglais par Yann Gager et Jocelyn Fonderflick

Référence de l’article

Fonderflick et al. 2015. Testing the relevance of using spatial modeling to predict foraging habitat suitability around bat maternity: A case study in Mediterranean landscape. Biological Conservation, 192, 120-129.

Remerciements

Un grand merci à Jean-Michel Bompar pour son cliché de murin à oreille échancrées, au Groupe Chiroptères de Provence et au Life+ ChiroMed

Version anglaise
Habitat suitability models (HSMs) have so far been used mainly to study broad-scale patterns of species distribution based on environmental variables; however, they can also be applied to address conservation needs at finer scales. In this study, we evaluated the feasibility of using HSMs based on presence-only data to predict bat foraging habitat suitability around maternity roosts using radio-tracking location data. We radio-marked 34 Rhinolophus ferrumequinum and 29 Myotis emarginatus from two mixed-species maternity roosts (21.5 km apart) in a Mediterranean landscape. We generated foraging habitat suitability maps for the two species and the two colonies incorporating 17 land cover variables as well as distance from the maternity roosts. We then compared the performance of four presence-only models: Mahalanobis distance, ENFA, MADIFA and MaxEnt. Our study found that all four models generated foraging habitat suitability maps that performed well at predicting the species-specific quality of foraging habitat based on the configuration of the landscape. Riparian vegetation, woodland and distance from roosts play a key role in foraging habitat selection around colonies both for R. ferrumequinum and M. emarginatus. MaxEnt was the model that best predicted suitable foraging hab- itats. These are also the best models at predicting foraging habitat suitability with relatively good performance around another colony maternity roost using independent radio-tracking locations. Because many bat species are threatened by foraging habitat loss, habitat suitability modeling offers a useful tool in defining appropriate conservation guidelines that protect foraging habitats around bat maternity roosts.

Les chauves-souris du Burkina-Faso

novembre 13th, 2016

Les chauves-souris sont des espèces très peu étudiées au Burkina Faso. Nos connaissances sur ces espèces sont très limitées. Très peu de données sont disponibles sur leur diversité, leur distribution et leur mode de vie. Afin de mieux connaître ces animaux, nous avons pensé qu’il était nécessaire d’étudier d’abord leur diversité et leur répartition géographique. Pour ce faire, des chauves-souris ont été capturées avec des filets japonais et les données ajoutées à celles déjà disponibles pour l’analyse de leur diversité. Des cartes de distribution de chaque espèce ont été élaborées à partir des différentes localités dans lesquelles les espèces ont été capturées ou observées ce qui a permis l’analyse de la répartition géographique de chaque espèce à travers le pays.

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Filet de capture des chauves-souris

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La détermination des chauves-souris capturées peut commencer

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Chauves-souris dans des sachets de capture

Trois mille quatre cent quatre-vingt (3 480) spécimens répartis dans 166 localités et appartenant à 51 espèces (Annexe 1) ont été examinés. Les espèces examinées se répartissent entre 24 genres et 9 familles. Les insectivores ont une plus grande diversité spécifique comparée à celle des frugivores qui comptent une seule famille, celle des Pteropodidae (7 espèces). Chez les Insectivores, on compte 44 espèces réparties dans 8 familles dont celles des Vespertilionidae (17), suivi des Hipposideridae (7), des Molossidae (6), des Nycteridae (5), des Emballonuridae (3), des Rhinolophidae (3), des Rhinopomatidae (2) et des Megadermatidae (1). Epomophorus gambianus, Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii sont les trois frugivores les plus couramment rencontrées. Quant aux insectivores, ce sont Scotophilus leucogaster, Hipposideros ruber et Neoromicia guineensis.

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Les 9 familles de chauves-souris rencontrées au Burkina Faso

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Colonie d’Eidolon helvum

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Micropteropus pusillus

La distribution des espèces a montré que les chauves-souris sont présentes dans toutes les zones de végétation au Burkina Faso. Les Pteropodidae, les Hipposideridae, les Emballonuridae, les Nycteridae et les Molossidae sont les familles qui ont été localisées dans toutes les zones de végétation au Burkina Faso. Les Rhinolophidae sont absentes de la zone Nord-sahélienne mais sont présentes dans les autres zones de végétation. Les Vespertilionidae sont absentes dans la zone Sud-sahélienne mais sont présentes dans les autres zones de végétation. La famille des Rhinopomatidae, quant à elle, est présente aux extrémités Nord et Sud tandis que la famille des Megadermatidae n’est connue que de la partie Sud du pays.

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Carte de distribution

La richesse spécifique montre une différence entre la zone sahélienne et la zone soudanienne. Elle augmente globalement du Nord vers le Sud avec une richesse maximale dans l’extrême Sud-ouest. 18 espèces sont répertoriées dans la zone sahélienne tandis que 49 sont présentes dans la zone soudanienne. Elle montre également que la zone Sud-soudanienne se distingue des autres zones climatiques. 47 espèces y sont présentes tandis que 27 sont présentes dans la zone Nord-soudanienne. La zone Nord-sahélienne compte 15 espèces. La plus faible richesse spécifique a été répertoriée dans la zone Sud-sahélienne qui compte 9 espèces.

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Carte de richesse spécifique

Malika Kangoye (texte et photos)

Remerciements
Ce travail est dédié à la mémoire du professeur Elisabeth K.V. Kalko. Nous tenons à remercier le projet BIOTA West (Biodiversity Monitoring Transect Analysis) qui a financé cette étude. Nous remercions également le Ministère de l’Environnement ainsi que les chauffeurs et les techniciens qui nous ont accompagnés sur le terrain et aidés à la capture des chauves-souris. Nous remercions Jakob Fahr pour la confirmation de l’identification des espèces et Laurent Granjon pour les données qu’il nous a fournies. Ce travail a été réalisé à l’Université Ouaga I Pr Joseph Ki-Zerbo au Burkina Faso avec le soutien du Centre National de l’Information de l’Orientation Scolaire, Professionnelle et des Bourses (CIOSPB). Je tiens à les remercier de m’avoir encadrée et de m’avoir soutenue financièrement.

Annexe 1
Liste des 51 espèces de chauves-souris recensées au Burkina-Faso

Emballonuridae
Coleura afra (Peters, 1852)
Taphozous nudiventris (Cretzschmar, 1830)
Taphozous perforatus (E. Geoffroy St.-Hilaire, 1818)

Hipposideridae
Asellia tridens (E. Geoffroy St.-Hilaire, 1813)
Hipposideros abae
(J.A. Allen, 1917)
Hipposideros caffer (Sundevall, 1846)
Hipposideros cyclops (Temminck, 1853)
Hipposideros jonesi (Hayman, 1947)
Hipposideros ruber (Noack, 1893)
Hipposideros vittatus (Peters, 1852)

Megadermatidae
Lavia frons (E. Geoffroy St.-Hilaire, 1810)

Molossidae
Chaerephon major (Trouessart, 1897)
Chaerephon nigeriae (Thomas, 1913)
Chaerephon pumilus (Cretzschmar, 1826)
Mops condylurus (A. Smith, 1833)
Mops demonstrator (Thomas, 1903)
Mops midas (Sundevall, 1843)

Nycteridae
Nycteris gambiensis (K. Andersen, 1912)
Nycteris grandis (Peters, 1865)
Nycteris hispida (Schreber, 1774)
Nycteris macrotis (Dobson, 1876)
Nycteris thebaica (E. Geoffroy St.-Hilaire, 1818)

Pteropodidae
Eidolon helvum (Kerr, 1792)
Epomophorus gambianus (Ogilby, 1835)
Hypsignathus monstrosus H. Allen, 1862
Lissonycteris angolensis (Bocage, 1898)
Micropteropus pusillus (Peters, 1868)
Nanonycteris veldkampii (Jentink, 1888)
Rousettus aegyptiacus (E. Geoffroy St.-Hilaire, 1810)

Rhinolophidae
Rhinolophus alcyone
(Temminck, 1853)
Rhinolophus fumigatus (Rüppell, 1842)
Rhinolophus landeri (Martin, 1838)

Rhinopomatidae
Rhinopoma cystops (Thomas, 1903)
Rhinopoma microphyllum (Brünnich, 1782)

Verspertilionidae
Glauconycteris variegata (Tomes, 1861)
Myotis bocagii (Peters, 1870)
Neoromicia capensis (A. Smith, 1829)
Neoromicia guineensis (Bocage, 1889)
Neoromicia nana (Peters, 1852)
Neoromicia rendalli (Thomas, 1889)
Neoromicia somalica (Thomas, 1901)
Nycticeinops schlieffenii (Peters, 1859)
Pipistrellus deserti (Thomas, 1902)
Pipistrellus inexspectatus (Aellen, 1959)
Pipistrellus nanulus (Thomas, 1904)
Pipistrellus rusticus (Tomes, 1861)
Scotoecus albofuscus (Thomas, 1890)
Scotoecus hirundo (de Winton, 1899)
Scotophilus dinganii (A. Smith, 1833)
Scotophilus leucogaster (Cretzschmar, 1826)
Scotophilus viridis (Peters, 1852)