Chiroblog

Trajectographie des chauves-souris par l’acoustique

16 juin 2014

Le projet Sonospot est développé par Biotope depuis 2011 dans le but de retracer les trajectoires de vol des chauves-souris, et ainsi avoir accès à une mine d’informations : hauteur, direction, vitesse de vol et même définir plus précisément le comportement (chasse, transit, réponse à un aménagement, évitement d’un véhicule, etc).

Les chiroptères offrent l’avantage d’émettre des cris très réguliers pour se repérer en vol, ce qui permet inversement de les localiser. Pour ce faire, plusieurs microphones captent les sons émis et les transmettent à des enregistreurs synchrones. Les décalages de temps entre chaque microphone sont mesurés afin de déterminer par un algorithme la position de l’animal dans l’espace.

Microphones positionnés sur un champ. Discret, le dispositif est parfaitement camouflé et peut rester en place plusieurs nuits sans surveillance (Photo : C. Roemer).

Cette méthode existe depuis plus de 20 ans (Aubauer, 1994). La nouveauté consiste ici à automatiser le processus, notamment grâce à SonoChiro, logiciel de tri automatique des cris de chauves-souris, développé et distribué par Biotope. Ce logiciel mesure les paramètres acoustiques qui permettront de calculer les décalages de temps.

Résultats

Trajectoire de Noctule de Leisler vue du dessus.

Hauteur de vol de Noctule de Leisler en fonction du temps, et sonagramme correspondant aux cris trajectographiés.

Les trajectoires réalisées permettent, sur une distance variant en fonction de la puissance d’émission des différentes espèces, de visualiser le comportement d’un individu dans un contexte précis. Ici, une Noctule de Leisler fait un plongeon de 12 mètres à une vitesse de 20 m/s, juste après un virage à 180°. Sur le sonagramme on peut voir le début d’un séquence de capture avec un buzz avorté.

Applications de Sonospot
Le projet a débuté dans un contexte où les collisions routières et éoliennes se sont avérées représenter l’un des plus grands facteurs de mortalité encourus par les chiroptères.

Sonospot permet d’enrichir l’expertise écologique à plusieurs niveaux :

• Une estimation plus objective des risques de collision en quantifiant le nombre d’individus potentiellement impactés et la durée d’exposition au risque dans le cadre de projets éoliens, routier, ferroviaires, et autres ;

• Une analyse fine du comportement des individus qui peut notamment permettre de tester l’efficacité d’aménagements à destination des chauves-souris notamment les passages sous-routiers, panneaux occultants, hop-over ;

• Une modélisation des volumes de détection qui permettra bientôt de traduire l’activité mesurée en densité d’individus et donc de mieux quantifier la taille des populations de chauves-souris, en lien avec la méthodologie Actichiro (Alexandre Haquart, Biotope, 2013).

Charlotte pour le Chiroblog

Références bibliographiques

Aubauer R (1994) Dreidimensionale Flugbahnverfolgung von Fledermäusen. DAGA.

Haquart A (2013) Actichiro : référentiel d’activité des chiroptères – Eléments pour l’interprétation des dénombrements de chiroptères avec les méthodes acoustiques en zone méditerranéenne française. EPHE.

Prédation de lichis par des chauves-souris frugivores à Madagascar

31 mai 2014

Le volume total de litchis sur le marché international est d’environ 100.000 tonnes par an. Un tiers de celui-ci va vers le marché européen et est fourni par l’Afrique du Sud et Madagascar. Madagascar occupe la troisième position des principaux pays producteurs de litchis après la Chine et l’Inde. 70% de sa récolte assure la demande européenne en litchis (Menlez, 2002). L’exportation de litchis constitue une source de devises importante pour Madagascar, génère un chiffre d’affaires d’environ 30 millions d’euros par an et fournit un revenu saisonnier pour 30.000 foyers environs (OMEF 2007). La production de litchis se trouve principalement dans la partie Est et Sud-Est de Madagascar où les conditions climatiques sont propices à la plantation de cette espèce.

Dans certaines régions de Madagascar, les chauves-souris frugivores (Pteropodidae) se nourrissent de litchis. Les niveaux de prédation infligent des dommages sur les récoltes et indiscutablement sur les revenus annuels des paysans. Ces espèces menacées et endémiques bénéficient d’une protection mais des persécutions se produisent. Ces dernières ont été confortés par le gouvernement maurien en dépit du fait que les chauves-souris soient protégées par des lois (Jenkins et Tatayah 2009). Dans les régions Est de Madagascar, les cultivateurs ont recours à plusieurs méthodes pour minimiser la prédation des chauves-souris sur les litchis comme la chasse et l’abatage par de longs bâtons des chauves-souris prenant les fruits de Dimocarpus longan (Andrianaivoarivelo et al ; 2007). Ces moyens de destructions sont communément utilisés depuis longtemps. Cependant, des recherches sont nécessaires pour mieux comprendre les différents facteurs influant la productivité des litchis puisque les chauves-souris frugivores ne sont pas seulement les causes des pertes en récolte mais il est possible que d’autres facteurs interviennent. A l’heure actuelle, aucune donnée n’est encore disponible que ce soit sur les facteurs abiotiques que biotiques (animaux frugivores) qui en fait constitue le but principal de la présente recherche.

L’étude a été menée pendant la saison humide du mois de Novembre 2007 et de Janvier 2008 dans deux localités différentes avec deux transects additionnels réalisés sur d’autres sites. Les investigations détaillées ont été réalisées à l’extrême Sud-est de Madagascar dans le Fokontany d’Amborabao (District de Tolagnaro, Région Anosy) entre le mois de Novembre et Décembre 2007 et au Centre Est de Madagascar au sein du District d’Anosibe An’Ala (Région Alaotra Mangoro) de Décembre 2007 à Janvier 2008. La première ligne de transect a été réalisé le long de la route nationale de la partie Est de l’île entre Vavatenina , Soanierana Ivongo et Brickaville ( Région d’Atsinanana et d’Analanjirofo). Les deux lignes de transects ont été menées en Novembre et Décembre 2008.

Les propriétaires des pieds de litchis rapportent que des facteurs abiotiques peuvent intervenir dans la productivité de litchis tels que l’insuffisance de précipitation, le faible taux d’humidité ou encore les vents violents pendant les développements des fruits. Les chauves-souris frugivores causent des dommages importants sur les litchis à Tolagnaro, un de nos quatre sites d’études. Les évaluations sont basées sur des interviews réalisées auprès des producteurs de litchis mais aussi en évaluant directement le nombre de fruits endommagés par les chauves-souris frugivores se trouvant sous les pieds des litchis. A Tolagnaro, le nombre de fruits endommagés par les chauves-souris par jour est en moyenne de 78 ± 140 (n = 11 pieds), ce qui représente environ 22.1 % à 64.0 % de la production. La perte est estimée entre 12.60$ et 21.50$ par pied. Les principaux facteurs probables influençant la gravité du conflit entre les producteurs de litchis et les chauves-souris frugivores sont : (i) la distance entre les gites des chauves-souris et les vergers (ii) le nombre de fruits portés par pied. Certains cultivateurs à Tolagnaro utilisent des épouvantails et cloches afin de dissuader les Pteropus rufus se nourrissant sur les litchis, mais aucune évidence n’a été trouvée dans l’autre site d’étude quant à la fiabilité de ces différentes méthodes utilisées pour minimiser les dommages induits par ces mammifères volants. Des investigations pour trouver des méthodes de contrôle non-destructives afin de minimiser les dommages occasionnés par les chauves-souris s’avèrent d’une grande priorité pour épargner ces espèces de toutes sortes de persécutions humaines.

Les traces de dents d’Eidolon dupreanum sur les fruits de litchis dans les vergers d’ Anosibe An’Ala
© Radosoa A. Andrianaivoarivelo.

Rousettus madagascariensis (Rousette de Madagascar)
© Radosoa A. Andrianaivoarivelo

Radosoa pour le Chiroblog

Références bibliographiques
Andrianaivoarivelo, R.A., Ramilijaona, O.R. and Andriafidison, D. (2007) Rousettus madagascariensis Grandidier 1929 feeding on Dimnocarpus longan in Madagascar. African Bat Conservation News, 11, 3-4.

Jenkins, R. K. B. and Tatayah, V. 2009. Flying foxes (pteropodidae: pteropus) in the western Indian ocean: a new regional initiative. Observations, discussions and updates. African Bat Conservation News. 21: 2-3.

Menzel, C. 2002. The lychee crop in Asia and the Pacific. Maroochy Research Station, Queensland Department of Primary Industries, po box 5083, scmc, nambour, qld. 4560, Australia, Rap Publication. 16: 108.

OMEF, 2007. Observatoire Malgache de l’Emploi et de la Formation professionnelle continue et entrepreneurial. Marché de la filière litchi. Source : PROSI Magasine, novembre 1998, N°358, Diversification Agricole.

 

Description d’une nouvelle espèce de Minioptère dans l’ouest Paléarctique

5 mai 2014

La dernière décennie a vu bon nombre de nouvelles espèces de Chiroptères décrites, y compris dans l’ouest du Paléarctique. Parmi ces espèces nouvellement décrites, une large majorité constitue ce que l’on appelle des espèces cryptiques, c’est-a-dire des espèces qui sont morphologiquement très proches d’une ou plusieurs autres espèces. Ces fortes similarités morphologiques sont les raisons pour lesquelles ces espèces ont échappées (au sens figuré du terme) aux taxonomistes traditionnels utilisant très souvent uniquement des caractères morphologiques pour identifier et différencier les espèces.

Dans l’étude tout juste publiée dans la Revue internationale Zootaxa, nous avons utilisé une approche intégrative combinant des analyses cranio-dentaires, des marqueurs moléculaires mitochondriaux et nucléaires ainsi que des données acoustiques pour démontrer la présence dans le genre Miniopterus d’une espèce cryptique en provenance du Maghreb. Cette espèce était auparavant reconnue en tant que Miniopterus schreibersii (Kuhl, 1817). Miniopterus maghrebensis sp. nov. est différencié de M. schreibersii sensu stricto sur la base de caractères crâniaux ainsi que des marqueurs moléculaires mitochondriaux et des microsatellites. Bien que de petites différences morphologiques externes et acoustiques aient été notées entre les deux espèces, ces critères à eux seuls ne permettent pas d’identifier de manière fiable les animaux sur le terrain. Sur la base d’identifications morphologiques et/ou génétiques de spécimens, M. maghrebensis sp. nov. s’étends du nord du Maroc jusqu’au sud des montagnes du Haut Atlas et au nord de la Tunisie. Cette nouvelle espèce cryptique est trouvée en sympatrie avec M. schreibersii s.str. près des régions côtières d’Afrique du Nord.

Le PDF de l’article entier avec entre autres des photos d’individus de la nouvelle espèce et des données acoustiques est disponible gratuitement en cliquant sur le lien suivant : http://www.mapress.com/zootaxa/2014/f/zt03794p124.pdf

Sébastien & Benjamin (au nom de tous les coauteurs).

Référence bibliographique
Puechmaille SJ, Allegrini B, Benda P, Gürün K, Šrámek J, Ibañez C, Juste J, Bilgin R (2014) A new species of the Miniopterus schreibersii species complex (Chiroptera: Miniopteridae) from the Maghreb Region, North Africa. Zootaxa, 3794, 108-124.

 

Les Chiroptères des petites îles méditerannéennes

27 avril 2014

NB: Article faisant suite à la diffusion d’un poster aux 15ème Rencontres nationales chauves-souris de la SFEPM à Bourges les 15 & 16 mars 2014

Depuis 2005, le Conservatoire du Littoral a mis en place l’Initiative PIM pour les Petites Iles de Méditerranée. Il s’agit d’un programme international de promotion et d’assistance à la gestion des espaces insulaires méditerranéens. Son ambition est d’améliorer la connaissance sur ces sites parfois méconnus, en réalisant des inventaires et des suivis de la faune, de la flore, du patrimoine architectural et culturel, et d’accompagner les institutions et partenaires locaux dans la réalisation d’actions de préservation et la mise en œuvre d’une gestion effective de ces territoires d’exception.

Des centaines de notes naturalistes et de documents de gestion ont ainsi été produits, des dizaines de missions de terrain organisées aux quatre coins de la Méditerranée, près de 220 experts ont été mobilisés et de nombreuses opérations pour mieux sensibiliser décideurs, usagers et grand public à l’urgente nécessité de préserver les îles dans leurs dimensions marines et terrestres ont été actionnées.

Si, dans toute la Méditerranée, on dénombre près de 15 000 îles et îlots, le seul bassin occidental en compte plus de 1 200. Ainsi, ce ne sont pas moins de 273 PIM qui ont été recensées sur le territoire français dont 134 en Corse.

Répartition des PIM françaises

 

Parmi les PIM françaises, en 2013, ce sont seulement 9 îles qui ont fait l’objet d’inventaires chiroptérologiques.

Il a ainsi été mis en évidence que certaines espèces de chauve-souris fréquentent les petites îles méditerranéennes. En France, la première mention date de 1955 où V. Aellen signale, pour la première fois, la présence du Petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros sur l’île de Port-Cros (83).

Avec 13 espèces contactées, Port-Cros rassemble la plus grande richesse spécifique dénombrée à l’heure actuelle sur les PIM françaises, toute session d’inventaires confondue.

Nombre d’espèces contactées par île ou archipel inventorié

 

Les espèces les plus contactées sur les PIM françaises, toutes îles cumulées, sont : le Vespère de Savi Hypsugo savii, le Molosse de Cestoni Tadarida teniotis, et la Pipistrelle de Kuhl Pipistrellus kuhlii.

Proportion de contacts des différentes espèces fréquentant les PIM françaises

 

Certaines espèces pourraient avoir disparu comme le Petit rhinolophe (contacté en août 1955 sur Port-Cros et en novembre 1956 sur Porquerolles (Aellen, 1998)) pour lequel aucune donnée récente n’existe sur une PIM française.

Plusieurs chiroptères sont connus pour gîter sur certaines de ces PIM françaises. Ainsi, le Minioptère de Schreibers Miniopterus schreibersii occupe le monastère fortifié de l’abbaye de l’île Saint-Honorat (Bastélica & Allegrini, 2013). Des femelles allaitantes de Murin à oreilles échancrées Myotis emarginatus ont été observées regroupées dans l’ancienne cave à vin du village de Porquerolles (Médard & Guibert, 1996). Sur cette même île, un individu de Noctule de Leisler Nyctalus leisleri a été trouvé mort derrière un volet de la poste du village (Médard & Guibert, 1996 op. cit.). L’Oreillard gris Plecotus austriacus se reproduit sur Port-Cros et constitue des groupes d’élevage sur Porquerolles (Médard & Guibert, 1996 op. cit.). Celui-ci se retrouve également dans ses gîtes de mise-bas sur Porquerolles (Médard & Guibert, 1996 op. cit.). Enfin, une colonie de mise-bas d’environ 20 couples de Molosse de Cestoni a été découverte sur Port-Cros (Médard & Guibert, 1996 op. cit.).

Ailleurs, sur le bassin méditerranéen, il existe d’autres données de chiroptères contactés sur les PIM. En Albanie, le genre Plecotus a été observé en gîte sur l’île de Sazani. Sur cette même île, un crâne de Pipistrelle de Kuhl, récolté dans des pelotes de réjection d’Anthene noctua, a également été trouvé (Théou & Bego, 2013). En Italie, sur 47 îles considérées, un total de 16-17 chiroptères ont été recensés, avec un record de 15 espèces contactées sur l’archipel Toscan (Angelici et al., 2009). En Tunisie, des chiroptères (type Murin du Maghreb Myotis punicus) sont mentionnés dans la grotte du débarcadère sud des îles de Cani (Delaugerre & Ouni, 2010).

Or, dans la littérature, il est communément relaté que les chiroptères exploitent les éléments structurant le paysage, aussi appelés corridors écologiques, comme les haies, les alignements d’arbres, les lisières forestières, etc., dans le cadre de leurs déplacements entre leurs gîtes et leurs territoires de chasse ou, selon les espèces, comme zones d’alimentation (Limpens & Kapteyn, 1991 ; Verboom & Huitema, 1997 ; Oakeley & Jones, 1998 ; Russ & Montgomery, 2002 ; Downs & Racey, 2006). De plus, il a été mis en évidence que la dépendance aux éléments linéaires du paysage pour les chauvesouris varie d’une espèce à l’autre. Ainsi, les espèces de petite taille comme le Murin de Daubenton Myotis daubentonii ou encore la Pipistrelle commune Pipistrellus pipistrellus sont plus enclines à suivre de près ces linéaires tandis qu’il n’est pas rare de contacter des espèces de plus grande taille et de plus haut vol comme les Noctules Nyctalus sp. et Sérotines Eptesicus sp. traversant de larges étendues ouvertes (Limpens & Kapteyn, 1991 ; Verboom & Huitema, 1997).

Par conséquent, en l’absence de corridor et pour certaines d’éléments visuels permettant de les repérer (lumières, …), nous pouvons nous demander comment les chiroptères, et notamment les espèces de petite taille, repèrent-ils les PIM isolées en mer et parviennent-ils jusqu’à elles ?

Qui plus est, il apparaît naturel de s’interroger sur le rôle que peuvent jouer ces îles et îlots pour les chiroptères. S’agit-il de zones de repli / repos pendant les sessions de chasse, de territoires de chasse et/ou de secteurs préférentiels de gîte, du fait notamment du faible nombre de prédateurs potentiels ?

Enfin, cela nous amène à nous questionner sur l’intérêt pour la protection des chiroptères ou, du moins, de certaines espèces, des PIM en France, et de manière plus générale à l’échelle du bassin méditerranéen. Jouent-elles un rôle clé dans le cadre de leur conservation

 

Fiona, Céline et Benjamin pour le Chiroblog

 

Références bibliographiques :

Aellen V., 1998. Contribution à la connaissance des chauves-souris du sud-est de la France (Mammalia, Chiroptera). Le Rhinolophe, 13 : 53-56.

Angeli F. M., Laurenti A. & Nappi A., 2009. A checklist of the mammals of small italian islands. Hystrix, Italian Journal of Mammalogy, 20: 3-27.

Bastélica F. & Allegrini B., 2013. Inventaires chiroptérologiques de l’île Saint-Honorat (Archipel de Lérins). Note naturaliste PIM. 15 pages.

Delaugerre M. & Ouni R., 2010. Jouzour El Klebe ou îles de Cani (côte nord de la Tunisie): premières observations naturalistes avec une attention particulière pour la faune herpétologique. Note naturaliste initiative PIM 09. 31 pages.

Downs N.C. & Racey P.A. 2006. The use by bats of habitat features in mixed farmland in Scotland. Acta Chiropterologica 8: 169-185.

Limpens H. & Kapteyn K., 1991. Bats, their behaviour and linear landscape elements. Myotis 29: 39-48.

Médard P. & Guibert E., 1996. Chiroptères des îles de Port-Cros et Porquerolles (Archipel des îles d’Hyères, Var, France). Vie et Milieu, 46 (3-4) : 225-231.

Oakeley S.F. & Jones G. 1998. Habitat around maternity roosts of the 55 kHz phonic type of pipistrelle bats Pipistrellus pipistrellus. Journal of Zoology. 245 : 222-228.

Russ J.M. & Montgomery W.I. 2002. Habitat associations of bats in Northern Ireland: implications for conservation. Biological Conservation 108: 49-58.

Theou P. & Bego F., 2013. Etude des populations de chiroptères de l’île de Sazani. Note naturaliste Initiative PIM. 12 pages.

Verboom B. & Huitema H. 1997: The importance of linear landscape elements for the pipistrelle Pipistrellus pipistrellus and the serotine bat Eptesicus serotinus. – Landscape Ecology 12: 117-125.

Zoom sur le Groupe Chiroptères de Guyane

23 mars 2014

Le Groupe Chiroptère de Guyane (GCG) a été créée en 2008 par les quelques passionnés de chauves-souris vivant sur le territoire guyanais.

Bénéficiant des travaux remarquables réalisés dans les stations scientifiques au cœur de la forêt tropicale (Station des Nouragues et de Paracou) par d’illustres chercheurs comme André Brosset, Pierre Charles-Dominique, Nancy Simmons ou Robert Voss, le GCG poursuit des objectifs modestes mais oh combien importants : l’étude des peuplements, l’élaboration d’une clé de détermination moderne des chiroptères de Guyane, leur détermination bioacoustique (en partenariat avec la SFEPM, l’ONF et Biotope), le suivi épidémiologique de la rage (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane) et des études génétiques par criblages moléculaires et barcoding (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane).

L’étude bioacoustique des chiroptères de Guyane est une des activitée principale de l’association. Cette action est primordiale pour compléter les connaissances des chiroptères de Guyane, car si les espèces de sous-bois de la forêt tropicale sont faciles à capturer et aujourd’hui relativement bien identifiées (essentiellement des Phyllostomidés), il existe tout un cortège qui utilise l’espace aérien au dessus de la canopée (Molossidés, Emballonuridés, Vespertillionidés) pour lesquels les données de présence restent fragmentaires.

Ainsi ce programme poursuit 3 objectifs :

- la caractérisation acoustique de l’ensemble des espèces de chiroptères, en particulier de haut vol,

- la caractérisation de l’abondance relative des espèces de haut vol,

- la formation des membres du GCG à cette technique.

Ce travail sur l’acoustique a permis de découvrir une nouvelle espèce de Pteronotus (Mormoopidés) qui est en cours de description. De plus, grâce à cette technique une nouvelle espèce (Lasiurus ega) présente dans les pays limitrophes (Suriname, Brésil) mais encore jamais observée en Guyane à pu être rajoutée à la liste des espèces présentes en Guyane. Ce qui fait 103 espèces en Guyane. D’autres espèces restent sans doute encore à découvrir.

Pteronotus sp. - Individu capturé sur le camp Atanaze sur le fleuve Approuague (c) Marguerite Delaval

L’épidémio-surveillance de la rage chez les chauves-souris constitue la deuxième activitée prenante de l’association. Le GCG travaille avec l’Institut Pasteur de Guyane pour l’étude de la rage Desmodine. La Guyane présente une situation épidémiologique particulière avec la transmission de la rage des chauves-souris hématophages (Desmodus rotundus ou vampire commun et Diaemus youngii vampire spécialisé sur les oiseaux) aux animaux domestiques et potentiellement à l’homme (un mort en 2008). Le GCG intervient pour capturer les vampires autour des élevages, ces vampires subissent un prélèvement de sang et de salive pour une recherche du virus de la rage. De plus, plusieurs colonies sont suivies plusieurs fois dans l’année où les individus sont marqués individuellement par des Pit tag.

Desmodus rotundus - Individu capturé sur la Grande Montagne Tortue – piste de Bélizon (c) Marguerite Delaval

Voilà donc en quelques lignes, quelques actions du GCG. Si des informations sur le GCG vous intéressent, les membres sont joignables et fédérés autour d’une liste de discussion (chiroguyane@yahoogroupes.fr) très dynamique. N’hésitez pas à nous rejoindre !

Marguerite et Vincent pour le GCC

Micro-habitats d’arbres et chiroptères – zoom sur les travaux de thèse de Baptiste Regnery

12 mars 2014

Le groupe des chiroptères suscite de plus en plus d’intérêt dans la conservation de la biodiversité. En effet, les suivis à l’échelle de la France montrent désormais des tendances de déclin chez de nombreuses espèces, y compris des espèces communes. D’autre part, la longévité des chiroptères et leur position dans les réseaux trophiques, en font un taxon indicateur pour la gestion des espaces naturels ou semi-naturels.

Cependant, il est souvent difficile de mesurer directement l’ensemble des populations et communautés de chiroptères, pour des raisons techniques et/ou budgétaires. Pour cette raison, il est nécessaire de développer des indicateurs permettant d’estimer, de manière indirecte, l’état ou les pressions pesant sur les chiroptères. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés au possible rôle indicateur des micro-habitats d’arbre (ci-après « micro-habitats »). Les micro-habitats correspondent à des habitats de petite taille qui se développent sur les arbres vivants ou morts (e.g., bois mort sur pied, cavités d’arbres, décollements d’écorces ; Vuidot et al., 2011).

Exemple de micro-habitat.

Un protocole d’inventaire des micro-habitats d’arbre a été développé par E. Cosson (Groupe Chiroptères de Provence) et O. Ferreira (Office National des Forêts) (ONF, 2009). Le protocole permet de recenser les 10 principaux types de micro-habitat rencontrés en forêt : le bois mort sur pied, le bois mort au sol, les loges de pics, les cavités de Cerambyx, les autres cavités (cavités basses, intermédiaires, et hautes), les décollements d’écorces et fissurations, les champignons, et le lierre. Nous avons appliqué le protocole sur trois massifs forestiers dominés par le chêne vert et le chêne pubescent en région Provence-Alpes-Côte-D’azur. Ces massifs sont localisés à Saint-Paul-lès-Durance (1415 ha), Ribiers (126 ha), et Saint-Vincent-sur-Jabron (90 ha). Puis, nous avons complété l’inventaire des micro-habitats par des relevés d’autres caractéristiques de peuplement. Pour cela, nous avons mesuré 8 variables : surface terrière, densité de tiges, volume de bois mort, hauteur de peuplement, distribution des classes de diamètres, temps depuis la dernière coupe, nombre d’habitats, distance à la route.

Localisation des sites d’étude et plan d’échantillonnage. L’encadré présente le plan d’échantillonnage sur le site de Saint-Paul-lès-Durance avec les plots (cercles) et les arbres porteurs de micro-habitats (points). Regnery et al., 2013a.

Puis, nous avons complété les variables de micro-habitat et de peuplement par des inventaires quantitatifs des oiseaux et chiroptères. Au centre de chaque plot, nous avons effectué deux passages d’inventaire des chiroptères par l’enregistrement d’ultrasons à des périodes de pics d’activités (mises bas/allaitements et activités automnales précédant l’hibernation) (2 x 30 min ; 9-22 juin 2011 ; 21-29 septembre 2011). Les cris d’écholocation étaient détectés à l’aide de Tranquility Transect (Courtpan Design Ltd, UK) et enregistrés sur des Zoom H2 (Sampson Technologies, USA). L’identification était ensuite réalisée en laboratoire.

Détecteur Tranquility Transect relié à un enregistreur Zoom H2.

A l’échelle des espèces, nous avons considéré les densités d’activité de 5 espèces (espèces présentes sur au moins 10 plots). Parmi ces espèces, 2 espèces sont positivement corrélées avec la diversité des micro-habitats (la Pipistrelle de nathusius (Pipistrellus nathusii) et la Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus) – la Pipistrelle commune est également positivement corrélée à la densité de cavité de Cerambyx et la densité de bois mort sur pied). A l’échelle des communautés, la richesse spécifique des chiroptères est positivement corrélée avec plusieurs micro-habitats dont la diversité des micro-habitats, et la diversité spécifique est positivement corrélée avec la densité de cavités de Cerambyx.

Cavités de Cerambyx sur un Chêne pubescent.

Nous avons ensuite comparé les résultats obtenus des corrélations entre les micro-habitats et les chiroptères avec les résultats des corrélations entre les variables de peuplement et les chiroptères. Il est intéressant de remarquer que les variables de micro-habitats expliquent généralement mieux les variations de biodiversité que les variables de peuplements (voir pour plus de détails Regnery et al., 2013a).

Ces résultats apportent des premiers éléments sur les relations entre la distribution des micro-habitats dans un peuplement et les populations et communautés de chiroptères. Nous montrons notamment que deux paramètres semblent jouer un rôle important pour les chiroptères : la diversité de micro-habitats et les cavités de Cerambyx. A l’avenir, il serait intéressant d’approfondir ces recherches pour mieux comprendre quels sont les mécanismes en jeu. Concernant la diversité de micro-habitats, nous pourrions émettre l’hypothèse qu’une combinaison de micro-habitats est importante pour soutenir une abondance suffisante de proies (les micro-habitats étant utilisés par de nombreux insectes). Concernant les cavités de Cerambyx, les corrélations restent encore peu expliquées, même si l’hypothèse d’une utilisation des cavités de Cerambyx n’est pas à exclure (Pénicaud et Le Reste, 2011 ; E. Cosson, communication personnelle pour Pipistrellus sp. et la Nyctalus leisleri). Enfin, d’autres facteurs mériteraient d’être testés, simultanément aux micro-habitats, tels que la composition des peuplements ou encore la structure paysagère.

Baptiste pour le Chiroblog

Références bibliographiques
N.B. Les publications de Baptiste sont disponibles sur le site du Muséum de Paris.

ONF (Office National des Forêts), 2009. Recensement des Arbres Réservoirs de Biodiversité sur 1200 ha autour du site ITER (13 & 83).

ONF, 2010. Les arbres à conserver pour la biodiversité. Comment les identifier et les désigner ? Fiches techniques – Biodiversité n°3.

Pénicaud, P., Le Reste, G., 2011. Report of the National survey on tree roosts for bats. Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères. Mammifères sauvages n°61.

Regnery, C., Couvet., D., Kubarek, L., Julien, J.F., Kerbiriou, C., 2013a. Tree microhabitats as indicators of bird and bat communities in Mediterranean forests. Ecological Indicators 34, 221-230.

Regnery, B., Paillet, Y., Couvet, D., Kerbiriou, C., 2013b. Which factors influence the occurrence and density of tree microhabitats in Mediterranean oak forests? Forest Ecology & Management 295, 118-125.

Vuidot, A., Paillet, Y., Archaux, F., Gosselin, F., 2011. Influence of tree characteristics and forest management on tree microhabitats. Biological Conservation 144, 441–450.

Des Rhinolophes troglodytes de 40 millions d’années découverts en Chine

3 mars 2014

C’est à Shanghuang, dans la Province de Jiangsu (Chine), qu’une équipe américaine et chinoise de paléontologues a découvert de nombreux fossiles de chauves-souris. Cette localité paléontologique est composée de plusieurs remplissages karstiques, c’est-à-dire des remplissages sédimentaires de grottes très anciennes qui ont piégé des chauves-souris et d’autres mammifères durant l’Éocène Moyen (soit des fossiles de 45 à 40 millions d’années). Le matériel fossile attribué aux chiroptères est exclusivement composé de dents isolées et de deux mandibules presque complètes. Une étude systématique réalisée par Anthony Ravel de l’Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier a permis d’identifier 4 espèces comprenant 1 Rhinolophidae bien déterminé, 2 rhinolophoïdes indéterminés et un possible Rhinopomatidae. Ce sont les plus anciens représentants de familles actuelles découvertes en Asie. En effet, jusqu’à présent, le continent asiatique était connu pour avoir révélé des faunes plus anciennes de chauves-souris mais qui étaient principalement composées de familles éteintes et archaïques (« Eochiroptera » ; Smith et al., 2007 ; Smith et al., 2012 ; Tong, 1997). L’absence de ces derniers à Shanghuang et la dominance des formes modernes présument d’un changement de la composition faunique des chauves-souris durant l’Éocène Moyen sur ce continent.

Avec 80% des fossiles qui lui sont attribués, le Rhinolophidae, Protorhinolophus shanghuangensis, domine largement la communauté de chiroptères de Shanghuang. Sa morphologie dentaire combine des caractères propres aux Rhinolophidae (par exemple, la présence d’une 3ème prémolaire inférieure vestigiale) avec des caractères que l’on retrouve chez les formes les plus primitives, ce qui souligne son aspect archaïque. Il est possible également de trouver des similitudes morphologiques avec un autre genre fossiles découvert dans les remplissages karstiques du Quercy (Sud-Ouest de la France) datés de l’Éocène Moyen tardif (environ -38 millions d’années). Les premières études descriptives de Vaylatsia suggéraient alors qu’il appartenait aux Hipposideridae (Sigé, 1990).

La morphologie est très proche entre les Hipposideridae et les Rhinolophidae, et en particulier pour les fossiles, ce qui rend les attributions systématiques très difficiles. Une analyse cladistique basée sur des caractères limités à la denture a permis de clarifier la dichotomie entre les fossiles appartenant à ces deux familles et de préciser la position du taxon de Shanghuang au sein de la phylogénie des Rhinolophoidea. Le genre européen Vaylatsia se retrouve alors très proche de l’actuel Rhinolophus et Protorhinolophus vient se positionner à la base des Rhinolophidae. Considérant la position phylogénétique du protorhinolophe chinois ainsi que son âge, il a été possible de proposer un scénario paléobiogéographique sur l’origine et la dispersion des Rhinolophidae. Ces derniers trouveraient leur origine en Asie et se seraient dispersés vers l’Europe durant l’Éocène Moyen. Cependant, cette hypothèse repose sur un registre fossile encore trop fragmentaire pour pouvoir être confirmé.

Parce qu’il a été retrouvé en abondance dans une localité karstique, Protorhinolophus était probablement cavernicole, tout comme les taxons éocènes européens. Ceci souligne une tendance que l’on trouve chez les chiroptères éocènes. En effet, les formes primitives se retrouvent pour la quasi-totalité dans des dépôts fluvio-lacustres ne permettant pas de les associer à un habitat cavernicole. Au contraire, les formes modernes se retrouvent presque exclusivement dans des dépôts karstiques comme les chiroptères de Shanghuang. Il est possible alors qu’un comportement cavernicole soit apparu avec l’émergence des chiroptères modernes mieux adaptés à ce type d’habitat.

Anthony pour le Chiroblog

Matériel dentaire fossile attribué à Protorhinolophus shanghuangensis.

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Anthony Ravel étudiant le matériel au Carnegie Museum of Natural History, Pittsburgh

 

Références bibliographiques:

Ravel, A., Marivaux, L., Qi, T., Wang, Y.-Q. & Beard, K. C. (2013). New chiropterans from the middle Eocene of Shanghuang (Jiangsu Province, Coastal China): new insight into the dawn horseshoe bats (Rhinolophidae) in Asia. Zoologica Scripta, 43, 1–23 [Lien vers l'abstract].

Smith, T., Rana, R. S., Missiaen, P., Rose, K. D., Sahni, A., Singh, H. & Singh, L. (2007). High bat (Chiroptera) diversity in the Early Eocene of India. Naturwissenschaften, 94, 1003–1009 [Télécharger le PDF].

Smith, T., Habersetzer, J., Simmons, N. B. & Gunnell, G. F. (2012). Systematics and paleobiogeography of early bats. In G. F. Gunnell & N. B. Simmons (Eds) Evolutionary History of Bats: Fossils, Molecules and Morphology (pp. 23–66). Cambridge: Cambridge University Press [Lien vers le livre].

Tong, Y. (1997). Middle Eocene small mammals from Liguanqiao Basin of Henan Province and Yuanqu Basin of Shanxi Province, Central China. Palaeontologica Sinica, 18, 26–256.

Sigé, B. (1990). Nouveaux chiroptères de l’Oligocène moyen des phosphorites du Quercy, France. Compte rendu de l’Académie des Sciences de Paris, 310, 1131–1137.

Ivermectine et chiroptères : quels risques ?

17 février 2014

L’ivermectine est une molécule antiparasitaire utilisée en médecine vétérinaire dans la prévention et le traitement de maladies liées à des parasites internes et externes chez les bovins, les ovins, les chevaux et les porcs. Elle est également utilisée ponctuellement chez les animaux de zoos ou les chèvres, lorsqu’aucun traitement adapté n’est autorisé pour ces espèces.

Mise sur le marché pour la première fois en France en 1981, cette molécule a rapidement trouvé un accueil favorable chez les éleveurs de bovins à viande (elle est interdite chez les femelles dont le lait est destiné à la consommation humaine) et les propriétaires de chevaux : elle permet avec un seul produit de traiter de nombreux parasites internes et externes, et ceci d’une façon simple : par voie orale chez les chevaux et les moutons, par injection chez les bovins, les ovins ou les porcs, ou par passage transcutané en appliquant le traitement sur la ligne du dos chez les vaches. Enfin, elle a une action longue, qui permet de ne pas manipuler les animaux trop souvent.

L’ivermectine présente l’inconvénient d’un point de vue écologique de se retrouver sous forme inchangée (donc active) dans les bouses ou les crottins des animaux traités. Cette excrétion peut durer un mois après le traitement, et une fois présente dans les bouses, l’ivermectine n’y est dégradée (principalement par les UV) qu’au bout de 6 jours. Pendant toute cette période, la molécule est donc toxique pour certains insectes.

Des études de laboratoire et de terrain ont montré que chez les Diptères, les larves sont très sensibles (mortalité observée jusqu’à 60 jours après traitement pour quelques espèces) et présentent des retards de développement. Certaines espèces présentent également une toxicité à l’âge adulte, principalement chez les jeunes ayant un fort besoin énergétique, et des anomalies de comportement reproducteur sont observées (retard de pontes…). Chez les Coléoptères, le même schéma se reproduit, avec une sensibilité moindre des adultes (Lumaret et al, 2012).

Enfin, la toxicité de l’ivermectine est également prouvée chez d’autres groupes tels que les tortues ou certains chiroptères. Dans les cas de toxicité aigüe (contact ponctuel avec le produit directement), des symptômes nerveux tels que paralysie et chutes ont pu être observés chez des chauves-souris frugivores traitées avec une goutte de médicament déposée sur la peau (DeMarco et al, 2002).

Dans le cas des Chiroptères, deux menaces sont donc à prendre en considération : la toxicité directe de la molécule, notamment par l’intermédiaire de l’ingestion d’insectes contaminés, et l’impact indirect lié à la baisse de la ressource alimentaire.

Aucune des deux n’a été réellement investiguée par des études scientifiques. Toutefois, un point laisse espérer un impact modéré. Des études ont été menées en Afrique du Sud (Krüger et Scholtz, 1998) et au Mexique (Basto-Estrella et al, 2013), qui montrent qu’il existe dans certaines conditions climatiques un impact réel de l’ivermectine à l’échelle de la structure des populations d’insectes d’une pâture recevant des animaux traités, mais que cet impact n’est plus observable un an après le traitement : chaque espèce d’insecte s’y retrouve en même quantité et en mêmes proportions qu’un an auparavant. L’impact de la molécule à long terme est donc faible.

Une autre étude a été menée pour évaluer l’impact de la baisse de ressource alimentaire liée à l’utilisation de la doramectine (molécule cousine de l’ivermectine) chez la Chevêche des Terriers, rapace nocturne insectivore américain (Floate et al, 2008). En comparant l’alimentation de l’espèce grâce aux pelotes de réjection et la toxicité pour les différentes espèces d’insectes grâce à des prélèvements de bouses, ils ont pu évaluer quelle part de son régime alimentaire pouvait être impactée par la toxicité de la doramectine. Ce type d’étude serait donc particulièrement intéressant à mettre en place dans le cas des Chiroptères.

Jade pour le Chiroblog

N.B. Jade a réalisé sa thèse de vétérinaire, le document est disponible au téléchargement.

Formule chimique de la molécule d »ivermectine (source Wikipédia)


Références bibliographiques:

DeMarco J.H., Heard D.J., Fleming G.J., Lock B.A., Scase T.J., (2002), Ivermectin Toxicosis after Topical Administration in Dog-Faced Fruit Bats (Cynopterus brachyotis). J. Zoo Wildlife Med. 33, 147-150.

Krüger K., Scholtz C.H., (1998b), Changes in the structure of dung insect communities after ivermectin usage in a grassland ecosystem. II. Impact of ivermectin under high-rainfall conditions. Acta Oecol. 19, 439-451.

Basto‐Estrella G.S., Rodríguez‐Vivas R.I., Delfín‐González H., Reyes‐Novelo E., (2013), Dung beetle (Coleoptera: Scarabaeinae) diversity and seasonality in response to use of macrocyclic lactones at cattle ranches in the mexican neotropics. Insect Conserv. Diver.

Floate K.D., Bouchard P., Holroyd G., Poulin R., Wellicome T.I., (2008), Does doramectin use on cattle indirectly affect the endangered burrowing owl. Rangeland Ecol. Manag. 61, 543-553.

Lumaret J.P., Errouissi F., Floate K., Römbke J., Wardhaugh K., (2012), A Review on the Toxicity and Non-Target Effects of Macrocyclic Lactones in Terrestrial and Aquatic Environments. Curr. Pharm. Biotechno. 13, 1004-1060.

Sélection d’articles en Février

5 février 2014

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois de Février :

- Une étude sur la transmission du virus de la rage en Amérique latine. A l’aide de simulations informatiques, les auteurs montrent que la dispersion du virus entre colonies, associé à des immunisations non-léthales, expliquent la maintenance du virus à des niveaux comparables à ceux observés dans la nature. Ces résultats expliquent la difficulté à se débarasser du virus par la destruction d’animaux, à moins d’une coordination géographique des efforts de contrôle [Téléchargez le PDF].

- Un article sur les permis de dérogation relatifs aux chauves-souris en Angleterre. Malgré la protection des chauves-souris, la majorité des gîtes ayant fait l’objet d’une licence ont conduit à la destruction des animaux. Les auteurs prônent un renforcement des mesures liées aux permis de dérogation, d’établir des suivis à posteriori et de s’assurer que les travaux sont en accord avec les obligations légales [lien vers le résumé].

Références bibliographiques
Blackwood, J. C., Streicker, D. G., Altizer, S., & Rohani, P. (2013). Resolving the roles of immunity, pathogenesis, and immigration for rabies persistence in vampire bats. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1308817110–. doi:10.1073/pnas.1308817110

Stone, E. L., Jones, G., & Harris, S. (2013). Mitigating the Effect of Development on Bats in England with Derogation Licensing. Conservation biology : the journal of the Society for Conservation Biology. doi:10.1111/cobi.12154

Rétrospective 2013

9 janvier 2014

2013 aura été une année faste pour le Chiroblog, avec 18 articles et 11 contributeurs. Tout d’abord, l’équipe du Chiroblog vous a déniché quelques publications scientifiques en Janvier, Avril et Octobre, agrémenté de nouvelles diverses et variées en Juillet et Octobre. La série sur les convergences évolutives a fait l’objet de trois nouveaux épisodes : « les Myotis ! », « la nectarivorie », « jusque dans les molécules ». Une brève synthèse sur les cris sociaux et leurre acoustique et un article sur le comportement mère/jeune pour les territoires de chasse ont été présentés.

La plate-forme naturaliste pour les chauves-souris d’Afrique, Afribats, a fait l’objet d’une courte présentation. Plusieurs projets de recherche français ont par ailleurs été mis à l’honneur. Dans un contexte africain, Antony a présenté ses découvertes paléontologiques en Tunisie et un article sur l’origine et la radiation des Chiroptères, Nicolas à quant à lui présenté ses résultats sur la systématique de chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans un contexte européen, Alexandre a présenté son référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditeranéenne et le projet de recherche sur la longévité, basés sur les Grands Murins en Bretagne a été présenté. A l’échelle française, Jihane nous a présenté l’opération Refuge pour les chauves-souris menée par la SFEPM.

Merci à tous les contributeurs et aux lecteurs pour leur intérêt !
L’appel à participation rédigé en Octobre 2013 reste valable en 2014 ! A vos claviers !

Yann pour le Chiroblog


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