Chiroblog

Zoom sur le Groupe Chiroptères de Guyane

23 mars 2014

Le Groupe Chiroptère de Guyane (GCG) a été créée en 2008 par les quelques passionnés de chauves-souris vivant sur le territoire guyanais.

Bénéficiant des travaux remarquables réalisés dans les stations scientifiques au cœur de la forêt tropicale (Station des Nouragues et de Paracou) par d’illustres chercheurs comme André Brosset, Pierre Charles-Dominique, Nancy Simmons ou Robert Voss, le GCG poursuit des objectifs modestes mais oh combien importants : l’étude des peuplements, l’élaboration d’une clé de détermination moderne des chiroptères de Guyane, leur détermination bioacoustique (en partenariat avec la SFEPM, l’ONF et Biotope), le suivi épidémiologique de la rage (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane) et des études génétiques par criblages moléculaires et barcoding (en partenariat avec l’Institut Pasteur de Guyane).

L’étude bioacoustique des chiroptères de Guyane est une des activitée principale de l’association. Cette action est primordiale pour compléter les connaissances des chiroptères de Guyane, car si les espèces de sous-bois de la forêt tropicale sont faciles à capturer et aujourd’hui relativement bien identifiées (essentiellement des Phyllostomidés), il existe tout un cortège qui utilise l’espace aérien au dessus de la canopée (Molossidés, Emballonuridés, Vespertillionidés) pour lesquels les données de présence restent fragmentaires.

Ainsi ce programme poursuit 3 objectifs :

- la caractérisation acoustique de l’ensemble des espèces de chiroptères, en particulier de haut vol,

- la caractérisation de l’abondance relative des espèces de haut vol,

- la formation des membres du GCG à cette technique.

Ce travail sur l’acoustique a permis de découvrir une nouvelle espèce de Pteronotus (Mormoopidés) qui est en cours de description. De plus, grâce à cette technique une nouvelle espèce (Lasiurus ega) présente dans les pays limitrophes (Suriname, Brésil) mais encore jamais observée en Guyane à pu être rajoutée à la liste des espèces présentes en Guyane. Ce qui fait 103 espèces en Guyane. D’autres espèces restent sans doute encore à découvrir.

Pteronotus sp. - Individu capturé sur le camp Atanaze sur le fleuve Approuague (c) Marguerite Delaval

L’épidémio-surveillance de la rage chez les chauves-souris constitue la deuxième activitée prenante de l’association. Le GCG travaille avec l’Institut Pasteur de Guyane pour l’étude de la rage Desmodine. La Guyane présente une situation épidémiologique particulière avec la transmission de la rage des chauves-souris hématophages (Desmodus rotundus ou vampire commun et Diaemus youngii vampire spécialisé sur les oiseaux) aux animaux domestiques et potentiellement à l’homme (un mort en 2008). Le GCG intervient pour capturer les vampires autour des élevages, ces vampires subissent un prélèvement de sang et de salive pour une recherche du virus de la rage. De plus, plusieurs colonies sont suivies plusieurs fois dans l’année où les individus sont marqués individuellement par des Pit tag.

Desmodus rotundus - Individu capturé sur la Grande Montagne Tortue – piste de Bélizon (c) Marguerite Delaval

Voilà donc en quelques lignes, quelques actions du GCG. Si des informations sur le GCG vous intéressent, les membres sont joignables et fédérés autour d’une liste de discussion (chiroguyane@yahoogroupes.fr) très dynamique. N’hésitez pas à nous rejoindre !

Marguerite et Vincent pour le GCC

Micro-habitats d’arbres et chiroptères – zoom sur les travaux de thèse de Baptiste Regnery

12 mars 2014

Le groupe des chiroptères suscite de plus en plus d’intérêt dans la conservation de la biodiversité. En effet, les suivis à l’échelle de la France montrent désormais des tendances de déclin chez de nombreuses espèces, y compris des espèces communes. D’autre part, la longévité des chiroptères et leur position dans les réseaux trophiques, en font un taxon indicateur pour la gestion des espaces naturels ou semi-naturels.

Cependant, il est souvent difficile de mesurer directement l’ensemble des populations et communautés de chiroptères, pour des raisons techniques et/ou budgétaires. Pour cette raison, il est nécessaire de développer des indicateurs permettant d’estimer, de manière indirecte, l’état ou les pressions pesant sur les chiroptères. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés au possible rôle indicateur des micro-habitats d’arbre (ci-après « micro-habitats »). Les micro-habitats correspondent à des habitats de petite taille qui se développent sur les arbres vivants ou morts (e.g., bois mort sur pied, cavités d’arbres, décollements d’écorces ; Vuidot et al., 2011).

Exemple de micro-habitat.

Un protocole d’inventaire des micro-habitats d’arbre a été développé par E. Cosson (Groupe Chiroptères de Provence) et O. Ferreira (Office National des Forêts) (ONF, 2009). Le protocole permet de recenser les 10 principaux types de micro-habitat rencontrés en forêt : le bois mort sur pied, le bois mort au sol, les loges de pics, les cavités de Cerambyx, les autres cavités (cavités basses, intermédiaires, et hautes), les décollements d’écorces et fissurations, les champignons, et le lierre. Nous avons appliqué le protocole sur trois massifs forestiers dominés par le chêne vert et le chêne pubescent en région Provence-Alpes-Côte-D’azur. Ces massifs sont localisés à Saint-Paul-lès-Durance (1415 ha), Ribiers (126 ha), et Saint-Vincent-sur-Jabron (90 ha). Puis, nous avons complété l’inventaire des micro-habitats par des relevés d’autres caractéristiques de peuplement. Pour cela, nous avons mesuré 8 variables : surface terrière, densité de tiges, volume de bois mort, hauteur de peuplement, distribution des classes de diamètres, temps depuis la dernière coupe, nombre d’habitats, distance à la route.

Localisation des sites d’étude et plan d’échantillonnage. L’encadré présente le plan d’échantillonnage sur le site de Saint-Paul-lès-Durance avec les plots (cercles) et les arbres porteurs de micro-habitats (points). Regnery et al., 2013a.

Puis, nous avons complété les variables de micro-habitat et de peuplement par des inventaires quantitatifs des oiseaux et chiroptères. Au centre de chaque plot, nous avons effectué deux passages d’inventaire des chiroptères par l’enregistrement d’ultrasons à des périodes de pics d’activités (mises bas/allaitements et activités automnales précédant l’hibernation) (2 x 30 min ; 9-22 juin 2011 ; 21-29 septembre 2011). Les cris d’écholocation étaient détectés à l’aide de Tranquility Transect (Courtpan Design Ltd, UK) et enregistrés sur des Zoom H2 (Sampson Technologies, USA). L’identification était ensuite réalisée en laboratoire.

Détecteur Tranquility Transect relié à un enregistreur Zoom H2.

A l’échelle des espèces, nous avons considéré les densités d’activité de 5 espèces (espèces présentes sur au moins 10 plots). Parmi ces espèces, 2 espèces sont positivement corrélées avec la diversité des micro-habitats (la Pipistrelle de nathusius (Pipistrellus nathusii) et la Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus) – la Pipistrelle commune est également positivement corrélée à la densité de cavité de Cerambyx et la densité de bois mort sur pied). A l’échelle des communautés, la richesse spécifique des chiroptères est positivement corrélée avec plusieurs micro-habitats dont la diversité des micro-habitats, et la diversité spécifique est positivement corrélée avec la densité de cavités de Cerambyx.

Cavités de Cerambyx sur un Chêne pubescent.

Nous avons ensuite comparé les résultats obtenus des corrélations entre les micro-habitats et les chiroptères avec les résultats des corrélations entre les variables de peuplement et les chiroptères. Il est intéressant de remarquer que les variables de micro-habitats expliquent généralement mieux les variations de biodiversité que les variables de peuplements (voir pour plus de détails Regnery et al., 2013a).

Ces résultats apportent des premiers éléments sur les relations entre la distribution des micro-habitats dans un peuplement et les populations et communautés de chiroptères. Nous montrons notamment que deux paramètres semblent jouer un rôle important pour les chiroptères : la diversité de micro-habitats et les cavités de Cerambyx. A l’avenir, il serait intéressant d’approfondir ces recherches pour mieux comprendre quels sont les mécanismes en jeu. Concernant la diversité de micro-habitats, nous pourrions émettre l’hypothèse qu’une combinaison de micro-habitats est importante pour soutenir une abondance suffisante de proies (les micro-habitats étant utilisés par de nombreux insectes). Concernant les cavités de Cerambyx, les corrélations restent encore peu expliquées, même si l’hypothèse d’une utilisation des cavités de Cerambyx n’est pas à exclure (Pénicaud et Le Reste, 2011 ; E. Cosson, communication personnelle pour Pipistrellus sp. et la Nyctalus leisleri). Enfin, d’autres facteurs mériteraient d’être testés, simultanément aux micro-habitats, tels que la composition des peuplements ou encore la structure paysagère.

Baptiste pour le Chiroblog

Références bibliographiques
N.B. Les publications de Baptiste sont disponibles sur le site du Muséum de Paris.

ONF (Office National des Forêts), 2009. Recensement des Arbres Réservoirs de Biodiversité sur 1200 ha autour du site ITER (13 & 83).

ONF, 2010. Les arbres à conserver pour la biodiversité. Comment les identifier et les désigner ? Fiches techniques – Biodiversité n°3.

Pénicaud, P., Le Reste, G., 2011. Report of the National survey on tree roosts for bats. Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères. Mammifères sauvages n°61.

Regnery, C., Couvet., D., Kubarek, L., Julien, J.F., Kerbiriou, C., 2013a. Tree microhabitats as indicators of bird and bat communities in Mediterranean forests. Ecological Indicators 34, 221-230.

Regnery, B., Paillet, Y., Couvet, D., Kerbiriou, C., 2013b. Which factors influence the occurrence and density of tree microhabitats in Mediterranean oak forests? Forest Ecology & Management 295, 118-125.

Vuidot, A., Paillet, Y., Archaux, F., Gosselin, F., 2011. Influence of tree characteristics and forest management on tree microhabitats. Biological Conservation 144, 441–450.

Des Rhinolophes troglodytes de 40 millions d’années découverts en Chine

3 mars 2014

C’est à Shanghuang, dans la Province de Jiangsu (Chine), qu’une équipe américaine et chinoise de paléontologues a découvert de nombreux fossiles de chauves-souris. Cette localité paléontologique est composée de plusieurs remplissages karstiques, c’est-à-dire des remplissages sédimentaires de grottes très anciennes qui ont piégé des chauves-souris et d’autres mammifères durant l’Éocène Moyen (soit des fossiles de 45 à 40 millions d’années). Le matériel fossile attribué aux chiroptères est exclusivement composé de dents isolées et de deux mandibules presque complètes. Une étude systématique réalisée par Anthony Ravel de l’Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier a permis d’identifier 4 espèces comprenant 1 Rhinolophidae bien déterminé, 2 rhinolophoïdes indéterminés et un possible Rhinopomatidae. Ce sont les plus anciens représentants de familles actuelles découvertes en Asie. En effet, jusqu’à présent, le continent asiatique était connu pour avoir révélé des faunes plus anciennes de chauves-souris mais qui étaient principalement composées de familles éteintes et archaïques (« Eochiroptera » ; Smith et al., 2007 ; Smith et al., 2012 ; Tong, 1997). L’absence de ces derniers à Shanghuang et la dominance des formes modernes présument d’un changement de la composition faunique des chauves-souris durant l’Éocène Moyen sur ce continent.

Avec 80% des fossiles qui lui sont attribués, le Rhinolophidae, Protorhinolophus shanghuangensis, domine largement la communauté de chiroptères de Shanghuang. Sa morphologie dentaire combine des caractères propres aux Rhinolophidae (par exemple, la présence d’une 3ème prémolaire inférieure vestigiale) avec des caractères que l’on retrouve chez les formes les plus primitives, ce qui souligne son aspect archaïque. Il est possible également de trouver des similitudes morphologiques avec un autre genre fossiles découvert dans les remplissages karstiques du Quercy (Sud-Ouest de la France) datés de l’Éocène Moyen tardif (environ -38 millions d’années). Les premières études descriptives de Vaylatsia suggéraient alors qu’il appartenait aux Hipposideridae (Sigé, 1990).

La morphologie est très proche entre les Hipposideridae et les Rhinolophidae, et en particulier pour les fossiles, ce qui rend les attributions systématiques très difficiles. Une analyse cladistique basée sur des caractères limités à la denture a permis de clarifier la dichotomie entre les fossiles appartenant à ces deux familles et de préciser la position du taxon de Shanghuang au sein de la phylogénie des Rhinolophoidea. Le genre européen Vaylatsia se retrouve alors très proche de l’actuel Rhinolophus et Protorhinolophus vient se positionner à la base des Rhinolophidae. Considérant la position phylogénétique du protorhinolophe chinois ainsi que son âge, il a été possible de proposer un scénario paléobiogéographique sur l’origine et la dispersion des Rhinolophidae. Ces derniers trouveraient leur origine en Asie et se seraient dispersés vers l’Europe durant l’Éocène Moyen. Cependant, cette hypothèse repose sur un registre fossile encore trop fragmentaire pour pouvoir être confirmé.

Parce qu’il a été retrouvé en abondance dans une localité karstique, Protorhinolophus était probablement cavernicole, tout comme les taxons éocènes européens. Ceci souligne une tendance que l’on trouve chez les chiroptères éocènes. En effet, les formes primitives se retrouvent pour la quasi-totalité dans des dépôts fluvio-lacustres ne permettant pas de les associer à un habitat cavernicole. Au contraire, les formes modernes se retrouvent presque exclusivement dans des dépôts karstiques comme les chiroptères de Shanghuang. Il est possible alors qu’un comportement cavernicole soit apparu avec l’émergence des chiroptères modernes mieux adaptés à ce type d’habitat.

Anthony pour le Chiroblog

Matériel dentaire fossile attribué à Protorhinolophus shanghuangensis.

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Anthony Ravel étudiant le matériel au Carnegie Museum of Natural History, Pittsburgh

 

Références bibliographiques:

Ravel, A., Marivaux, L., Qi, T., Wang, Y.-Q. & Beard, K. C. (2013). New chiropterans from the middle Eocene of Shanghuang (Jiangsu Province, Coastal China): new insight into the dawn horseshoe bats (Rhinolophidae) in Asia. Zoologica Scripta, 43, 1–23 [Lien vers l'abstract].

Smith, T., Rana, R. S., Missiaen, P., Rose, K. D., Sahni, A., Singh, H. & Singh, L. (2007). High bat (Chiroptera) diversity in the Early Eocene of India. Naturwissenschaften, 94, 1003–1009 [Télécharger le PDF].

Smith, T., Habersetzer, J., Simmons, N. B. & Gunnell, G. F. (2012). Systematics and paleobiogeography of early bats. In G. F. Gunnell & N. B. Simmons (Eds) Evolutionary History of Bats: Fossils, Molecules and Morphology (pp. 23–66). Cambridge: Cambridge University Press [Lien vers le livre].

Tong, Y. (1997). Middle Eocene small mammals from Liguanqiao Basin of Henan Province and Yuanqu Basin of Shanxi Province, Central China. Palaeontologica Sinica, 18, 26–256.

Sigé, B. (1990). Nouveaux chiroptères de l’Oligocène moyen des phosphorites du Quercy, France. Compte rendu de l’Académie des Sciences de Paris, 310, 1131–1137.

Ivermectine et chiroptères : quels risques ?

17 février 2014

L’ivermectine est une molécule antiparasitaire utilisée en médecine vétérinaire dans la prévention et le traitement de maladies liées à des parasites internes et externes chez les bovins, les ovins, les chevaux et les porcs. Elle est également utilisée ponctuellement chez les animaux de zoos ou les chèvres, lorsqu’aucun traitement adapté n’est autorisé pour ces espèces.

Mise sur le marché pour la première fois en France en 1981, cette molécule a rapidement trouvé un accueil favorable chez les éleveurs de bovins à viande (elle est interdite chez les femelles dont le lait est destiné à la consommation humaine) et les propriétaires de chevaux : elle permet avec un seul produit de traiter de nombreux parasites internes et externes, et ceci d’une façon simple : par voie orale chez les chevaux et les moutons, par injection chez les bovins, les ovins ou les porcs, ou par passage transcutané en appliquant le traitement sur la ligne du dos chez les vaches. Enfin, elle a une action longue, qui permet de ne pas manipuler les animaux trop souvent.

L’ivermectine présente l’inconvénient d’un point de vue écologique de se retrouver sous forme inchangée (donc active) dans les bouses ou les crottins des animaux traités. Cette excrétion peut durer un mois après le traitement, et une fois présente dans les bouses, l’ivermectine n’y est dégradée (principalement par les UV) qu’au bout de 6 jours. Pendant toute cette période, la molécule est donc toxique pour certains insectes.

Des études de laboratoire et de terrain ont montré que chez les Diptères, les larves sont très sensibles (mortalité observée jusqu’à 60 jours après traitement pour quelques espèces) et présentent des retards de développement. Certaines espèces présentent également une toxicité à l’âge adulte, principalement chez les jeunes ayant un fort besoin énergétique, et des anomalies de comportement reproducteur sont observées (retard de pontes…). Chez les Coléoptères, le même schéma se reproduit, avec une sensibilité moindre des adultes (Lumaret et al, 2012).

Enfin, la toxicité de l’ivermectine est également prouvée chez d’autres groupes tels que les tortues ou certains chiroptères. Dans les cas de toxicité aigüe (contact ponctuel avec le produit directement), des symptômes nerveux tels que paralysie et chutes ont pu être observés chez des chauves-souris frugivores traitées avec une goutte de médicament déposée sur la peau (DeMarco et al, 2002).

Dans le cas des Chiroptères, deux menaces sont donc à prendre en considération : la toxicité directe de la molécule, notamment par l’intermédiaire de l’ingestion d’insectes contaminés, et l’impact indirect lié à la baisse de la ressource alimentaire.

Aucune des deux n’a été réellement investiguée par des études scientifiques. Toutefois, un point laisse espérer un impact modéré. Des études ont été menées en Afrique du Sud (Krüger et Scholtz, 1998) et au Mexique (Basto-Estrella et al, 2013), qui montrent qu’il existe dans certaines conditions climatiques un impact réel de l’ivermectine à l’échelle de la structure des populations d’insectes d’une pâture recevant des animaux traités, mais que cet impact n’est plus observable un an après le traitement : chaque espèce d’insecte s’y retrouve en même quantité et en mêmes proportions qu’un an auparavant. L’impact de la molécule à long terme est donc faible.

Une autre étude a été menée pour évaluer l’impact de la baisse de ressource alimentaire liée à l’utilisation de la doramectine (molécule cousine de l’ivermectine) chez la Chevêche des Terriers, rapace nocturne insectivore américain (Floate et al, 2008). En comparant l’alimentation de l’espèce grâce aux pelotes de réjection et la toxicité pour les différentes espèces d’insectes grâce à des prélèvements de bouses, ils ont pu évaluer quelle part de son régime alimentaire pouvait être impactée par la toxicité de la doramectine. Ce type d’étude serait donc particulièrement intéressant à mettre en place dans le cas des Chiroptères.

Jade pour le Chiroblog

N.B. Jade a réalisé sa thèse de vétérinaire, le document est disponible au téléchargement.

Formule chimique de la molécule d »ivermectine (source Wikipédia)


Références bibliographiques:

DeMarco J.H., Heard D.J., Fleming G.J., Lock B.A., Scase T.J., (2002), Ivermectin Toxicosis after Topical Administration in Dog-Faced Fruit Bats (Cynopterus brachyotis). J. Zoo Wildlife Med. 33, 147-150.

Krüger K., Scholtz C.H., (1998b), Changes in the structure of dung insect communities after ivermectin usage in a grassland ecosystem. II. Impact of ivermectin under high-rainfall conditions. Acta Oecol. 19, 439-451.

Basto‐Estrella G.S., Rodríguez‐Vivas R.I., Delfín‐González H., Reyes‐Novelo E., (2013), Dung beetle (Coleoptera: Scarabaeinae) diversity and seasonality in response to use of macrocyclic lactones at cattle ranches in the mexican neotropics. Insect Conserv. Diver.

Floate K.D., Bouchard P., Holroyd G., Poulin R., Wellicome T.I., (2008), Does doramectin use on cattle indirectly affect the endangered burrowing owl. Rangeland Ecol. Manag. 61, 543-553.

Lumaret J.P., Errouissi F., Floate K., Römbke J., Wardhaugh K., (2012), A Review on the Toxicity and Non-Target Effects of Macrocyclic Lactones in Terrestrial and Aquatic Environments. Curr. Pharm. Biotechno. 13, 1004-1060.

Sélection d’articles en Février

5 février 2014

Une nouvelle sélection d’articles scientifiques pour ce mois de Février :

- Une étude sur la transmission du virus de la rage en Amérique latine. A l’aide de simulations informatiques, les auteurs montrent que la dispersion du virus entre colonies, associé à des immunisations non-léthales, expliquent la maintenance du virus à des niveaux comparables à ceux observés dans la nature. Ces résultats expliquent la difficulté à se débarasser du virus par la destruction d’animaux, à moins d’une coordination géographique des efforts de contrôle [Téléchargez le PDF].

- Un article sur les permis de dérogation relatifs aux chauves-souris en Angleterre. Malgré la protection des chauves-souris, la majorité des gîtes ayant fait l’objet d’une licence ont conduit à la destruction des animaux. Les auteurs prônent un renforcement des mesures liées aux permis de dérogation, d’établir des suivis à posteriori et de s’assurer que les travaux sont en accord avec les obligations légales [lien vers le résumé].

Références bibliographiques
Blackwood, J. C., Streicker, D. G., Altizer, S., & Rohani, P. (2013). Resolving the roles of immunity, pathogenesis, and immigration for rabies persistence in vampire bats. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1308817110–. doi:10.1073/pnas.1308817110

Stone, E. L., Jones, G., & Harris, S. (2013). Mitigating the Effect of Development on Bats in England with Derogation Licensing. Conservation biology : the journal of the Society for Conservation Biology. doi:10.1111/cobi.12154

Rétrospective 2013

9 janvier 2014

2013 aura été une année faste pour le Chiroblog, avec 18 articles et 11 contributeurs. Tout d’abord, l’équipe du Chiroblog vous a déniché quelques publications scientifiques en Janvier, Avril et Octobre, agrémenté de nouvelles diverses et variées en Juillet et Octobre. La série sur les convergences évolutives a fait l’objet de trois nouveaux épisodes : « les Myotis ! », « la nectarivorie », « jusque dans les molécules ». Une brève synthèse sur les cris sociaux et leurre acoustique et un article sur le comportement mère/jeune pour les territoires de chasse ont été présentés.

La plate-forme naturaliste pour les chauves-souris d’Afrique, Afribats, a fait l’objet d’une courte présentation. Plusieurs projets de recherche français ont par ailleurs été mis à l’honneur. Dans un contexte africain, Antony a présenté ses découvertes paléontologiques en Tunisie et un article sur l’origine et la radiation des Chiroptères, Nicolas à quant à lui présenté ses résultats sur la systématique de chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans un contexte européen, Alexandre a présenté son référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditeranéenne et le projet de recherche sur la longévité, basés sur les Grands Murins en Bretagne a été présenté. A l’échelle française, Jihane nous a présenté l’opération Refuge pour les chauves-souris menée par la SFEPM.

Merci à tous les contributeurs et aux lecteurs pour leur intérêt !
L’appel à participation rédigé en Octobre 2013 reste valable en 2014 ! A vos claviers !

Yann pour le Chiroblog

Opération refuges pour les chauves-souris

16 décembre 2013

En France, un grand nombre de chauves-souris accomplit tout ou partie de son cycle de vie dans les éléments bâtis. Les combles, quelque soit leur volume, mais aussi les caves ou les interstices des murs sont des endroits privilégiés par les chauves-souris pour mettre bas, hiberner ou simplement séjourner pendant une ou plusieurs journées. Les jardins, petits ou grands peuvent également héberger des chauves-souris et constituent des terrains de chasse privilégiés, notamment dans les zones gagnées par l’urbanisation.

Il est possible, en adoptant quelques mesures simples, de favoriser l’installation des chiroptères chez soi, ou de favoriser les individus qui peuvent avoir déjà élu domicile dans une habitation. L’Opération Refuges a pour but de promouvoir ces initiatives, de délivrer des conseils techniques adaptés à la biologie des chauves-souris et de saluer les bonnes volontés qui souhaitent s’engager dans cette voie. Elle se présente comme un système de conventionnement, qui associe la Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères et un propriétaire : particulier, collectivité ou entreprise. Elle est soutenue dans chaque région par une structure locale de protection des chauves-souris qui peut apporter ses conseils et son savoir faire dans le domaine, et assurer si besoin le suivi des populations de chiroptères présentes sur le site.

Cette convention engage le propriétaire sur des points simples et peu contraignants, qui peuvent se révéler extrêmement bénéfiques pour les chauves-souris. Des propositions pour aller plus loin dans la protection de ces petits mammifères sont également formulées. Ainsi, si le propriétaire s’engage à limiter les dérangements aux animaux présents et à ne pas boucher les accès qui peuvent mener à sa cave ou son grenier, il lui est également possible d’installer des gîtes artificiels, ou d’adopter des pratiques d’entretien et de jardinage qui favoriseront les chauves-souris dans toute sa propriété. En cas de travaux, les experts régionaux seront là pour le conseiller et limiter les impacts sur les animaux.

Une fois la convention signée, le propriétaire se voit attribuer le label « Refuge pour les chauves-souris » et dispose des différents outils de communication pour mener au mieux cet engagement en faveur de la biodiversité : plaquette, guide technique, autocollant longue durée, et panneau à fixer (moyennant une participation symbolique). Il est ainsi possible d’afficher fièrement son engagement pour les chauves-souris et d’assurer à travers cette opération la promotion de la nature dans tout un quartier. Dans les zones urbaines ou les habitations modernes, ces Refuges seront d’une grande importance pour la conservation de ces animaux. A terme, les différents Refuges ainsi créés pourraient constituer un maillage dense de gîtes et de jardins favorables aux chauves-souris, et contribuer à l’amélioration de l’état des populations de certaines espèces rares.

Devenir Refuge pour les chauves-souris est une démarche simple, qui vous permet de bénéficier de conseils réguliers de la part de spécialistes régionaux et d’intégrer un réseau efficace et dynamique de protection des chauves-souris. Pour ce faire, il suffit de prendre contact avec la SFEPM ou la structure qui relaie l’opération dans votre région et signifier votre désir de constituer un refuge sur votre propriété. L’opération débutée en 2011 compte déjà 207 refuges, dont une centaine en Bretagne.

Pour plus d’informations, rendez-vous sur le site internet de l’opération Refuges pour les Chauves-souris.

Jihane pour le Chiroblog

Afribats: une plate-forme naturaliste internet sur les chauves-souris d’Afrique

9 décembre 2013

AfriBats est une plate-forme naturaliste collaborative qui a pour sujet les chauves-souris d’Afrique. C’est un réseau coordonné par Jakob Fahr et endorsé par l’UICN Bat Specialist Group et Bat Conservation International. Le but de ce projet est de mobiliser les connaissances des amateurs et professionnels pour mieux connaître et mieux protéger les Chiroptères Africains. Le continent Africain et les îles environnantes comptant presque de 300 espèces mais leur distribution géographique reste très peu connue. Plus d’un tiers des espèces sont menacées, avec la perte d’habitats, le dérangement et la destruction des gîtes, la chasse pour la viande de gibier, l’utilisation des terres et des pesticides. Les données collectées dans le cadre du projet sont des éléments précieux pour la conduite de projets scientifiques et d’actions de conservation.

De nombreuses fonctionnalités sont disponibles sur le réseau AfriBats, notamment des cartes de distribution de l’UICN et des fiches espèces. Une des particularités du projet est le fonctionnement en plate-forme collaborative. Vous pouvez mettre en ligne vos clichés et vos enregistrements acoustiques de chauves-souris, les géolocaliser à l’aide des coordonnées GPS ou sur une carte. De plus, vous pouvez ajouter de nombreuses informations parallèles sur les observations (habitat, décompte, sexe, âge, longueur d’avant-bras et masse corporelle). En cas de doute sur l’identification, un outil basé sur les cartes de répartition – l’Identotron – suggère des identifications potentielles. En parallèle, la communauté AfriBats peut être sollicitée pour affiner votre observation, par exemple d’identification au niveau du genre à une identification au niveau spécifique.

Pour rejoindre le réseau et partager vos données, vous pouvez créer un nouveau compte ou vous enregistrer avec votre compte Google, Facebook, Flickl, Yahoo ou Twitter. Vous pouvez alors ajouter vos clichés depuis le disque dur ou depuis vos comptes Facebook, Flick ou Yahoo. Des applications pour iPhone et Androïd sont également disponibles. Si vous l’autorisez, les clichés seront partagés sur l’Encyclopedia of Life (Eol) et les données partagés sur le Global Biodiversity Information Facility (GBIF). En résumé, cette plate-forme naturaliste constitue un outil unique pour favoriser la diffusion des données et des connaissances, dans l’intérêt du grand public et aussi de la recherche scientifique.

Pour plus d’informations, téléchargez le flyer ou rendez-vous sur le site internet d’Afribats.

Yann & Jakob pour le Chiroblog

Epomophorus gambianus (Burkina Faso) (c) Jakob Fahr

Myotis welwitschii (Guinée) (c) Piotr Naskrecki

Pipistrellus tenuipinnis (Côte d’Ivoire) (c) Jakob Fahr

Mops condylurus (Bénin) (c) Jakob Fahr

Un référentiel d’activité acoustique des chauves-souris méditerranéenne – zoom sur les travaux de diplôme d’EPHE d’Alexandre Haquart

25 novembre 2013

Ce travail a été mené dans le cadre d’un Diplôme à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Son but est de fournir des indices et des chiffres de référence pour les évaluations et les suivis environnementaux. Un protocole pour l’évaluation de l’activité acoustique des Chiroptères relevée au cours de nuits complètes d’enregistrement est proposé. Ce référentiel s’appuie sur une base de données de près d’un million de fichiers d’enregistrements qui ont été collectés entre 2007 et 2011 sur près de 2000 points en France par les experts du bureau d’étude Biotope au moyen d’enregistreurs automatiques d’ultrasons de type Anabat et SM2BAT.

La détectabilité acoustique des chauves-souris est variable en fonction de leurs fréquences d’émissions et des conditions météo (température, humidité) mais également en fonction de facteurs méthodologiques tels que la qualité du matériel et le gain. En parallèle, la fiabilité d’identification des séquences acoustiques au niveau spécifique est grandement variable en fonction notamment des espèces, de la qualité des enregistrements, de la longueur et de la nature des séquences. La variabilité des résultats induite par ces biais est d’autant plus forte que l’unité de mesure est fine et précise, c’est pourquoi des unités de mesures stables face aux facteurs « abiotiques » sont recherchées. Deux indices sont proposés : le pourcentage des points où l’espèce est présente et le nombre de minute d’activité par nuit lorsque l’espèce est présente.

Les résultats d’activités sont présentés pour 30 espèces et groupes d’espèces de chiroptères en zone méditerranéenne. Les espèces qui se contactent le plus sont la Pipistrelle de Kuhl, la Pipistrelle commune et la Pipistrelle pygmée, elles se rencontrent sur environs 80% des points d’enregistrements, avec une moyenne de 50 à 60 minutes d’activité par nuit. La majorité des autres espèces sont contactées sur moins de 40% des points avec moins de 10 minutes d’activité par nuit lorsqu’elles sont présentes.

Une méthode est proposée pour tenter un parallèle entre l’activité des espèces et leurs effectifs de populations. Les résultats d’activité sont pondérés avec la distance de détectabilité des espèces (liée aux ultrasons) et les rayons d’actions connus des individus autour des colonies (liée à la biologie des espèces). D’après cette méthode, le nombre de chauves-souris en zone méditerranéenne serait proche de 10 millions d’individus (dont plus de 8 millions de Pipistrelles). La prise en compte de la détectabilité change l’ordre d’abondance observé entre les espèces. Une espèce très détectable comme le Molosse de Cestoni, se contacte fréquemment sur le terrain mais aurait les effectifs de population les plus faibles de la zone méditerranéenne. Les Rhinolophes, espèces très peu détectables, sont moins rares que les enregistrements ne le laissent paraitre.

Pour finir, une modélisation de l’effort d’échantillonnage est également réalisée afin d’évaluer l’effort nécessaire pour réaliser des inventaires complets. Il en ressort qu’une quinzaine de nuits d’enregistrements semblent fournir des inventaires satisfaisants.

Le document est téléchargeable sur http://www.le-vespere.org/Vesper_ressources.html

Alexandre pour le Chiroblog

Systématique et phylogéographie des chauves-souris frugivores d’Afrique (Chiroptera, Epomophorinae) – zoom sur les travaux de thèse de Nicolas Nesi

11 novembre 2013

Les Pteropodidae (ou Megachiroptères) constituent l’une des familles les plus diversifiées de chiroptères (environ 190 espèces). Ils présentent des caractéristiques morphologiques particulières telles qu’une face avec un museau allongé, de grands yeux, et de petites oreilles qui les distinguent facilement des autres chauves-souris. Cette famille contient les plus grandes chauves-souris connues (Pteropus vampyrus, envergure 1.7 m) mais également des espèces relativement petites (Syconycteris hobbit, avant-bras 50 mm). Contrairement aux autres chauves-souris qui s’orientent la nuit grâce à un système d’écholocation (« Microchiroptère »), les Pteropodidae possèdent une très bonne vision nocturne grâce à une membrane réfléchissante située au fond de l’œil qui amplifie la lumière (tapetum lucidum). Seul le genre Rousettus vivant dans les grottes, dispose d’un système d’écholocation qui repose sur l’émission d’ultrasons créés par des claquements de langue. Toutes les espèces de ce groupe ont un régime alimentaire frugivore et/ou nectarivore et sont présentent dans les régions tropicales et subtropicales de l’Ancien monde, de l’Afrique à l’Australie et les îles du Pacifique en passant par l’Inde et le Sud-Est asiatique.

En Afrique sub-saharienne on trouve 24 espèces de Pteropodidae appartenant à la sous-famille africaines des Epomophorinae plus 3 espèces appartenant à la sous-famille des Rousettinae. Les caractéristiques les plus remarquables des Epomophorinae sont la présence de plis palataux qui correspondent aux formes que prend la peau au niveau du palais. Le pattern des plis palataux est unique pour la grande majorité des espèces d’Epomophorinae ce qui permet leur identification sur le terrain (Bergmans, 1987 ; Fig. 1).


Figure 1: Plis palataux d’Epomops franqueti

La seconde particularité chez ce groupe est la présence de caractères sexuels secondaires chez les mâles adultes. Chez les espèces appartenant à la tribu des Epomophorini, les caractères sexuels secondaires correspondent à des touffes de poils colorées et érectiles au niveau des épaules (sauf chez H. monstrosus) et à des sacs pharyngaux utilisés pour émettre de puissants cris ressemblant aux chants des grenouilles durant la parade nuptiale (Fig. 2). Pour les espèces appartenant à la tribu des Myonycterini ils se traduisent par une collerette de poils colorés entourant le cou de l’animal (Fig. 3). Comme chez de nombreux autres groupes de chauves-souris, les Epomophorinae ont été associées à la circulation sauvage de virus émergents chez l’homme (Coronaviridae, Paramyxoviridae et Filoviridae notamment). Plus particulièrement, trois d’entre elles (Epomops franqueti, Hypsignathus monstrosus et Myonycteris torquata) ont été identifiées comme porteuses du virus de la fièvre hémorragique Ebola responsable de plusieurs épidémies humaines en Afrique centrale au cours des dernières décennies (Leroy et al., 2005).

Figure 2: Epomops buettikoferi male adulte (Epomophorini, Côte d’Ivoire) avec ses épaulettes déployées.

Figure 3: Myonycteris leptodon male adulte (Myonycterini, Côte d’Ivoire) avec sa collerette.

Mon sujet de thèse a portée l’étude des relations évolutives des chauves-souris africaine de la sous-famille des Epomophorinae et sur l’analyse phylogéographique des espèces distribuées en Afrique de l’Ouest et Afrique centrale. Les objectifs étaient de faciliter l’identification des chauves-souris par l’approche des codes-barres moléculaires (Barcode), de mieux comprendre leur évolution, avec un intérêt tout particulier pour la positon phylogénétique des taxons étudiés en virologie, et de tester la structuration géographique des espèces.

Au cours de ce travail, deux gènes mitochondriaux (Cytb et CO1) ont été séquencés pour 1142 spécimens collectés dans plusieurs pays d’Afrique (République centrafricaine, Gabon, Cameroun, Côte d’Ivoire, RDC…). L’analyse de ces données et la comparaison avec le signal du génome nucléaire ont révélé que les codes-barres mitochondriaux ne sont pas efficaces pour distinguer les huit espèces actuellement reconnues dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus (voir Nesi et al. 2011). Ils permettent cependant de caractériser les 18 autres espèces d’Epomophorinae, ainsi que plusieurs sous-espèces. Le pattern mitochondrial polyphylétique trouvée dans le complexe Epomophorus / Epomops dobsonii / Micropteropus et l’étude des flux de gènes sous un modèle d’isolation/migration (IM) ont suggéré des évènements passées et/ou actuel d’hybridation inter-spécifique et une spéciation « en cours » chez la radiation de ce complexe.

Une reconstruction phylogénétique reposant sur 13 gènes (plus de 11000 nt) et un échantillonnage taxonomique comprenant 47 spécimens représentant la quasi-totalité des espèces africaines connues, a mis en évidence plusieurs clades robustes et fiables, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle classification des chauves-souris frugivores d’Afrique. Dans sa nouvelle définition, la sous-famille Epomophorinae contient six tribus (Epomophorini, Myonycterini, Plerotini, Rousettini, Scotonycterini et Stenonycterini) au lieu des quatre initialement reconnues. Stenonycteris est reconnus comme un genre différent du genre Rousettus et définie la nouvelle tribu des Stenonycterini incluant une seule espèce, S. lanosus. Ce résultat suggère que l’écholocation chez les Pteropodidae aurait été acquise de manière indépendante chez le genre Rousettus et le genre Stenonycteris, probablement en lien avec leur mode de vie cavernicole, ou bien que ce caractère fut perdu chez l’ancêtre commun de la tribu des Epomophorini et des Myonycterini probablement suite au changement d’un mode de vie cavernicole à forestier.

Des changements taxonomiques ont été décrits dans la plupart des genres (Myonycteris, Megaloglossus, Scotonycteris). Par exemple l’espèce Myonycteris leptodon a été réhabilitée et une nouvelle espèce, Megaloglossus azagnyi a été décrite en Afrique de l’Ouest (Nesi et al. 2013). Les analyses phylogéographiques ont révélé que la plupart des espèces présentaient une forte structuration entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique centrale, à l’exception de quatre espèces possédant une meilleure capacité de dispersion : Hypsignathus monstrosus, grâce à sa grande taille ; Epomophorus gambianus, Micropteropus pusillus et Nanonycteris veldkampii, en raison de leur adaptation à la savane. Nos résultats ont montré que les différentes espèces d’Epomophorinae, et notamment les réservoirs du virus Ebola, ont évolué différemment face aux changements climatiques du Plio-Pléistocène.

Nicolas pour le Chiroblog

Filet utilisé pour la capture des chauves-souris frugivores en forêt tropicales (Epomops).

Références bibliographiques

Bergmans, W., (1988). Taxonomy and Biogeography of African fruit bats (Mammalia, Megachiroptera). 1. General introduction; Material and Methods; Results: The genus Epomophorus Bennett, 1836. Beaufortia, 38, 75-146.

Javier, J. B., Alvarez, Y., Tabarés, E., Garrido-Pertierra, A., Ibáñez, C., Bautista, J.M., (1999). Phylogeography of African fruitbats (Megachiroptera). Molecular Phylogenetics and Evolution, 13, 596-604.

Leroy, E., Kumulungui, B., Pourrut, X., Rouquet, P., Hassanin, A., Yaba, P., Délicat, A., Paweska, J.T., Gonzalez, J-P., Swanepoel, R. (2005). Fruit bat as reservoirs of Ebola virus. Nature, 438, 575-6.

Nesi, N., Nakouné, E., Cruaud, C., & Hassanin, A. (2011). DNA barcoding of African fruit bats (Mammalia, Pteropodidae). The mitochondrial genome does not provide a reliable discrimination between Epomophorus gambianus and Micropteropus pusillus. Comptes rendus biologies, 334(7), 544–54.

Nesi, N., Kadjo, B., Pourrut, X., Leroy, E., Pomgombo Shongo C., Cruaud C., Hassanin A., (2013). Molecular systematics and phylogeography of the tribe Myonycterini (Mammalia, Pteropodidae) inferred from mitochondrial and nuclear markers. Molecular phylogenetics and Evolution, 66, 126-37.


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